[日本語] English
万見
- PDB-3oe1: Pyruvate decarboxylase variant Glu473Asp from Z. mobilis in compl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oe1
タイトルPyruvate decarboxylase variant Glu473Asp from Z. mobilis in complex with reaction intermediate 2-lactyl-ThDP
要素Pyruvate decarboxylase
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate decarboxylase / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent enzyme / : / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding ...: / Thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent enzyme / : / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TDL / Pyruvate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.985 Å
データ登録者Meyer, D. / Neumann, P. / Parthier, C. / Tittmann, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Double duty for a conserved glutamate in pyruvate decarboxylase: evidence of the participation in stereoelectronically controlled decarboxylation and in protonation of the nascent ...タイトル: Double duty for a conserved glutamate in pyruvate decarboxylase: evidence of the participation in stereoelectronically controlled decarboxylation and in protonation of the nascent carbanion/enamine intermediate .
著者: Meyer, D. / Neumann, P. / Parthier, C. / Friedemann, R. / Nemeria, N. / Jordan, F. / Tittmann, K.
履歴
登録2010年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyruvate decarboxylase
B: Pyruvate decarboxylase
C: Pyruvate decarboxylase
D: Pyruvate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,24014
ポリマ－243,9054
非ポリマー2,33510
水22,6271256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29030 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area62370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.493, 165.356, 95.869
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.930, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細the biological assembly is represented by the tetramer in the asymetric unit

-
要素

#1: タンパク質
Pyruvate decarboxylase / PDC


分子量: 60976.297 Da / 分子数: 4 / 変異: E473D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / 遺伝子: pdc, ZMO1360 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06672, pyruvate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-TDL / 3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-2-(1-CARBOXY-1-HYDROXYETHYL)-5-(2-{[HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}ETHYL)-4-METHYL-1,3-THIAZOL-3-IUM / 2-LACTYLTHIAMIN DIPHOSPHATE


分子量: 513.376 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N4O10P2S
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10-12% PEG 1500 ,50 mM MES, 5 mM citrate, 0.5 mM thiamine diphosphate, 3 mM magnesium sulfate, 2.5 mg/mL protein , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9841 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→20 Å / Num. obs: 128527 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 30.921 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 16.57
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.98-2.10.1795.8458861852983.3
2.1-2.250.138.9618442110097.9
2.25-2.420.09811.8551361788997.1
2.42-2.650.07914.4544261730396.5
2.65-2.960.06118492591553595.6
2.96-3.40.04523.5421041326494.4
3.4-4.140.03628.8360011125492.5
4.14-5.720.03432.128026860091.1
5.72-100.03135.114156422389.8
10-200.02539.6275883085.5
20-30
30

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZPD

1zpd


解像度: 1.985→19.584 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2456 6426 5 %RANDOM
Rwork0.1942 ---
all0.1968 128524 --
obs0.1968 128524 94.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.424 Å2 / ksol: 0.307 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 137.8 Å2 / Biso mean: 26.392 Å2 / Biso min: 6.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.985→19.584 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16955 0 144 1256 18355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00417488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92423804
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562651
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033096
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.76259
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9851-2.00760.35241200.26892262238253
2.0076-2.03120.29932130.24894031424493
2.0312-2.05590.3142230.23714238446199
2.0559-2.08190.31442220.23424235445798
2.0819-2.10930.29362250.22264270449598
2.1093-2.13820.30372200.22134170439098
2.1382-2.16870.29582260.21534296452298
2.1687-2.2010.24732190.20334173439298
2.201-2.23530.24882240.20234244446898
2.2353-2.27190.29252180.20464173439197
2.2719-2.3110.24162210.19354200442197
2.311-2.3530.26382210.1914184440597
2.353-2.39820.26232230.20374242446597
2.3982-2.4470.2922190.20834165438497
2.447-2.50010.27182210.20454203442497
2.5001-2.55820.26392190.1944156437597
2.5582-2.6220.26032180.19164140435896
2.622-2.69270.24882200.18964188440897
2.6927-2.77180.27142170.19994120433796
2.7718-2.8610.24852170.20044126434396
2.861-2.96290.26662170.20154119433695
2.9629-3.08110.22912170.1864118433595
3.0811-3.22070.2452150.17944085430095
3.2207-3.38970.23662140.18064067428194
3.3897-3.60090.21362130.17194038425193
3.6009-3.87690.18682100.17114002421292
3.8769-4.26340.20892110.16524010422192
4.2634-4.8720.19512090.16913964417391
4.872-6.10720.23672090.19343967417691
6.1072-19.58530.22252050.20693912411789
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0164-0.0082-0.02460.72330.16620.6224-0.0255-0.02730.0724-0.03020.0282-0.0268-0.08070.13510.00660.0281-0.005-0.0240.0764-0.00230.120214.203816.283710.8872
20.20470.06580.1340.47220.12330.2174-0.0169-0.06660.1199-0.2266-0.05490.4125-0.1269-0.09150.06780.10210.0498-0.16470.0185-0.01750.3763-18.209630.73121.6715
30.07950.04820.11490.19640.01380.39630.0489-0.0497-0.15530.0183-0.10270.3979-0.099-0.19880.05510.10910.07780.00650.2346-0.16760.4517-25.704636.615830.3089
40.5541-0.3839-0.05110.63760.11160.1802-0.0577-0.04840.04720.1869-0.02260.197-0.0063-0.09110.0750.06240.02460.01720.0469-0.02690.1643-8.27324.412129.7469
50.20830.2601-0.10070.46010.15250.5859-0.03550.0043-0.06310.0989-0.02770.19690.1269-0.08070.07820.0735-0.00630.04890.0649-0.01090.1877-6.9301-4.012920.879
60.6415-0.37110.15520.47580.06080.4934-0.0389-0.1026-0.10660.1976-0.032-0.0930.41650.0676-0.02040.2030.1617-0.03830.0760.0260.10225.5051-20.09627.0129
70.4972-0.03210.43590.1141-0.13140.47670.0139-0.2753-0.05720.31850.182-0.16670.1828-0.1179-0.1550.22160.0041-0.18680.14580.01450.17333.58253.901750.2642
80.6412-0.18910.30450.47530.07980.2109-0.0819-0.1661-0.0150.23650.0798-0.09950.06710.0893-0.01030.1430.0625-0.03130.1322-0.01010.071215.45046.010238.7474
90.05280.03540.11380.69460.39880.4845-0.04290.0644-0.05060.07190.0451-0.01590.06620.0751-0.00580.04580.00740.00170.0719-0.01070.13513.83-16.356-3.3409
100.22410.10520.060.81170.6080.472-0.07620.0537-0.06860.3897-0.21620.43140.3402-0.18050.28560.2572-0.15220.25230.0948-0.13150.5258-19.0717-29.90745.3126
110.3354-0.0846-0.41820.7997-0.05581.0688-0.01420.2054-0.11260.03890.03280.38840.0727-0.0111-0.00910.1394-0.054-0.08790.1137-0.16340.543-26.6399-35.3403-23.1037
120.2785-0.05740.02180.72360.39580.38-0.07140.1752-0.1695-0.0841-0.11730.3830.0891-0.14160.17830.0566-0.0565-0.02050.0991-0.11360.3021-8.5631-23.8833-22.4489
130.165-0.10070.08720.33720.34520.7477-0.02430.03950.0054-0.1123-0.09860.2273-0.1381-0.06090.13650.05360.0017-0.07910.0611-0.02750.1847-6.564.4956-13.6551
140.59880.444-0.15540.45750.11510.5573-0.03980.1960.08-0.22960.0924-0.1872-0.31190.1781-0.06020.2138-0.09490.02140.17030.01190.155726.357319.6833-19.4525
150.68990.89160.26981.19660.36920.1127-0.02380.16770.0113-0.1633-0.02930.0072-0.1686-0.05220.06220.5013-0.0007-0.14070.4887-0.09250.363131.7846-5.4789-44.411
160.3968-0.0259-0.23920.52470.19860.4207-0.03610.186-0.0172-0.20570.0315-0.0845-0.09340.0763-0.00840.095-0.0497-0.00760.1155-0.01750.038415.6821-6.211-31.278
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1:185)A1 - 185
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 186:348)A186 - 348
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 349:362)A349 - 362
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 363:600)A363 - 600
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resid 1:185)B1 - 185
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and (resid 186:348)B186 - 348
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and (resid 349:362)B349 - 362
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resid 363:600)B363 - 600
9X-RAY DIFFRACTION9chain C and (resid 1:185)C1 - 185
10X-RAY DIFFRACTION10chain C and (resid 186:348)C186 - 348
11X-RAY DIFFRACTION11chain C and (resid 349:362)C349 - 362
12X-RAY DIFFRACTION12chain C and (resid 363:600)C363 - 600
13X-RAY DIFFRACTION13chain D and (resid 1:185)D1 - 185
14X-RAY DIFFRACTION14chain D and (resid 186:348)D186 - 348
15X-RAY DIFFRACTION15chain D and (resid 349:362)D349 - 362
16X-RAY DIFFRACTION16chain D and (resid 363:600)D363 - 600

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る