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万見
- PDB-3od4: Crystal Structure of Factor Inhibiting HIF-1 Alpha Complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3od4
タイトルCrystal Structure of Factor Inhibiting HIF-1 Alpha Complexed with Inhibitor
要素Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE / ASPARAGINYL HYDROXYLASE / DIOXYGENASE / TRANSCRIPTION / METAL-BINDING / HIF / IRON / HYDROXYLATION / OXYGENASE / NUCLEUS / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / positive regulation of vasculogenesis / carboxylic acid binding / ankyrin repeat binding ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / positive regulation of vasculogenesis / carboxylic acid binding / ankyrin repeat binding / Notch binding / oxygen sensor activity / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Helix Hairpins ...Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
8-hydroxyquinoline-5-carboxylic acid / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者King, O.N.F. / Bashford-Rogers, R. / Maloney, D.J. / Jadhav, A. / Heightman, T.D. / Simeonov, A. / Clifton, I.J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Factor Inhibiting HIF-1 Alpha Complexed with Inhibitor
著者: King, O.N.F. / Bashford-Rogers, R. / Maloney, D.J. / Jadhav, A. / Heightman, T.D. / Simeonov, A. / Clifton, I.J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2010年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,23910
ポリマ－40,3281
非ポリマー9119
水2,630146
1
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
ヘテロ分子

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,47920
ポリマ－80,6572
非ポリマー1,82218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area3130 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area32440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.400, 86.400, 147.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-397-

HOH

21A-421-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1


分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FIH1, HIF1AN / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9NWT6, peptide-aspartate beta-dioxygenase

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非ポリマー , 5種, 155分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-8XQ / 8-hydroxyquinoline-5-carboxylic acid / 5-カルボキシ-8-ヒドロキシキノリン


分子量: 189.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H7NO3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.89 % / Mosaicity: 0.61 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.75M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES PH 7.5, 2% PEG 400, 2MM ZNCL2, 0.1MM LIGAND , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月14日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→74.513 Å / Num. all: 29076 / Num. obs: 29076 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 44.5 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.329.20.7310.691.13828741470.2380.7310.693.1100
2.32-2.469.20.4690.4431.83632239560.1530.4690.4434.5100
2.46-2.639.20.3290.3112.53408837160.1070.3290.3116100
2.63-2.849.10.2160.2043.73169334730.0710.2160.2048.7100
2.84-3.119.10.1320.1245.92917432200.0440.1320.12413.3100
3.11-3.488.90.0870.0828.22611429230.0290.0870.08218.7100
3.48-4.028.80.0770.0728.72287825980.0260.0770.07224.9100
4.02-4.928.30.0780.0737.81857822310.0270.0780.07328.399.9
4.92-6.968.20.060.05710.21443217700.0210.060.05727.8100
6.96-42.66780.0410.03915836510420.0140.0410.03930.298

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→38.639 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2117 1444 5.14 %Random
Rwork0.1758 ---
all0.1776 28069 --
obs0.1776 28069 96.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.062 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 175.97 Å2 / Biso mean: 62.83 Å2 / Biso min: 29.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8993 Å2-0 Å20 Å2
2---2.8993 Å2-0 Å2
3---5.7986 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.639 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2797 0 54 146 2997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1674059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0851104
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2001-2.27870.26691300.222473260391
2.2787-2.36990.2751340.19912480261492
2.3699-2.47780.21371470.17922587273495
2.4778-2.60840.20711460.1792589273596
2.6084-2.77170.23511350.18182630276597
2.7717-2.98570.24841590.1832661282098
2.9857-3.2860.24611570.19822698285599
3.286-3.76110.2221390.15932754289399
3.7611-4.73730.15161440.139128062950100
4.7373-38.64520.20181530.17762947310099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0923-0.05420.07480.0297-0.05180.107-0.52160.19360.47710.3667-0.57140.2717-1.15290.26730.00181.211-0.3259-0.25811.0493-0.04841.26097.386727.211910.1394
21.96570.3107-0.10244.62821.0253.2147-0.1297-0.1366-0.0224-0.1021-0.00420.3780.2494-0.1319-0.00030.4447-0.0696-0.20240.22170.02190.334916.56222.257521.0049
30.19090.1144-0.08160.0783-0.01750.1292-0.4202-2.40230.04770.9067-0.30621.3283-0.1076-0.9785-0.00211.0350.0493-0.08140.9823-0.11850.899223.198831.672245.5275
41.04080.88131.21131.8045-0.05382.6731-0.1291-0.5014-0.17671.00880.00380.53971.1622-0.5137-0.00051.057-0.21290.08510.50860.1180.528811.98413.72236.9301
50.33650.89940.293.45641.75242.8939-0.0094-0.0958-0.03170.22960.1686-0.07080.18530.2548-0.00060.515-0.0065-0.15550.2070.01310.362724.120722.215923.2494
61.53061.13260.27831.76180.0942.16970.0722-0.14960.0644-0.04960.0430.444-0.2597-0.1410.00020.59320.0028-0.10790.2549-0.01010.407721.957942.416232.0792
70.4967-0.5312-0.01364.63230.79464.542-0.0627-0.2225-0.0845-0.11850.1682-0.19090.14280.2699-0.00020.4936-0.0159-0.12330.1997-0.00260.331823.828726.023622.8255
83.74221.18461.72563.21540.16491.36910.0376-0.0099-0.29590.05540.1898-0.36020.46480.404-0.00030.4197-0.0035-0.02220.42-0.08630.379139.197943.294435.7837
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 8:24)A8 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 25:100)A25 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 101:118)A101 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 119:161)A119 - 161
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 162:224)A162 - 224
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 225:261)A225 - 261
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 262:306)A262 - 306
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 307:349)A307 - 349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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