PDB-3ob7: Human Thymidylate Synthase R163K with Cys 195 covalently modified...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ob7

タイトル

Human Thymidylate Synthase R163K with Cys 195 covalently modified by Glutathione

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Gibson, L.M. / Celeste, L.R. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structures of human thymidylate synthase R163K with dUMP, FdUMP and glutathione show asymmetric ligand binding.
著者: Gibson, L.M. / Celeste, L.R. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L.

履歴

登録	2010年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ob7.cif.gz	291.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ob7.ent.gz	235.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ob7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ob7_validation.pdf.gz	1004.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ob7_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3ob7_validation.xml.gz	61.7 KB	表示
CIF形式データ	3ob7_validation.cif.gz	82 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/3ob7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/3ob7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h9kSC 3hb8C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wrn-2 6gko-d 2rda-3 5x5d-2 1hzw-d 5x5a-2 3h9k-3 3hb8-2 5x5a-3 4xse-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#212 - 2017年8月
グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

E: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

180 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

C: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Thymidylate synthase

E: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	201.798, 123.106, 99.928
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.750, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / TSase / TS 分子量: 35734.926 Da / 分子数: 5 / 変異: R163K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS, OK/SW-cl.29 / プラスミド: pTSO80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TX61- / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.68 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 100mM Tris pH9.0,20mM BME, 3mM KH2PO4, 10-20% PEG 4000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 278K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 0.92 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.65→45.46 Å / Num. all: 63295 / Num. obs: 49621 / % possible obs: 78.4 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 2.468 / Net I/σ(I): 15

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.65-2.74	1.8	0.368	1715	0.907	1	27.3
2.74-2.85	2.2	0.335	2725	0.97	1	43.2
2.85-2.98	2.4	0.287	3605	1.067	1	57.1
2.98-3.14	2.6	0.219	4758	1.18	1	75.5
3.14-3.34	2.7	0.158	5745	1.382	1	90.9
3.34-3.6	2.8	0.12	6171	2.041	1	97.8
3.6-3.96	2.8	0.094	6258	2.742	1	99
3.96-4.53	2.8	0.069	6265	3.495	1	98.7
4.53-5.71	2.7	0.064	6172	3.833	1	97.9
5.71-50	2.7	0.046	6207	3.463	1	96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SERGUI	SERGUI	データ収集
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3H9K

3h9k

解像度: 2.75→45.46 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.79 / FOM work R set: 0.7407 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2926	4563	8 %	Random
R_work	0.2344	-	-	-
all	-	46360	-	-
obs	-	45049	78.7 %	-

溶媒の処理

B_sol: 49.2094 Å²

原子変位パラメータ

B_iso max: 168.91 Å² / B_iso mean: 90.928 Å² / B_iso min: 20.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	37.576 Å²	0 Å²	8.813 Å²
2-	-	-14.686 Å²	0 Å²
3-	-	-	-22.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→45.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11326	0	55	64	11445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.558
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.033	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.007	3
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	3.458	2.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.535	3.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.75-2.77	0.3616	42	0.4219	301	343
2.77-2.79	0.4529	34	0.39	313	347
2.79-2.81	0.6346	34	0.4011	321	355
2.81-2.83	0.4367	42	0.4302	363	405
2.83-2.85	0.4455	49	0.3877	394	443
2.85-2.87	0.4511	44	0.4171	407	451
2.87-2.89	0.5191	39	0.4087	419	458
2.89-2.91	0.492	54	0.4203	443	497
2.91-2.94	0.4757	70	0.4184	528	598
2.94-2.96	0.3588	52	0.3731	503	555
2.96-2.99	0.4449	69	0.4063	529	598
2.99-3.01	0.5511	66	0.3851	610	676
3.01-3.04	0.5204	67	0.3737	629	696
3.04-3.07	0.4475	75	0.3576	674	749
3.07-3.1	0.404	63	0.3575	671	734
3.1-3.13	0.356	88	0.3328	707	795
3.13-3.16	0.3685	87	0.3106	754	841
3.16-3.19	0.383	75	0.3197	798	873
3.19-3.23	0.3547	93	0.3028	858	951
3.23-3.26	0.3869	85	0.3109	868	953
3.26-3.3	0.3398	100	0.3073	860	960
3.3-3.34	0.3951	102	0.3061	953	1055
3.34-3.38	0.392	102	0.3138	869	971
3.38-3.42	0.3825	107	0.3047	928	1035
3.42-3.46	0.3236	114	0.3117	967	1081
3.46-3.51	0.4011	124	0.2971	978	1102
3.51-3.56	0.3222	126	0.2823	947	1073
3.56-3.62	0.3133	114	0.268	1003	1117
3.62-3.67	0.2764	119	0.2584	959	1078
3.67-3.73	0.3303	121	0.2695	990	1111
3.73-3.8	0.2578	130	0.2336	948	1078
3.8-3.87	0.3349	99	0.2562	1012	1111
3.87-3.94	0.2928	92	0.2338	959	1051
3.94-4.02	0.2941	101	0.2365	997	1098
4.02-4.11	0.2828	101	0.2175	1025	1126
4.11-4.2	0.3041	125	0.2267	973	1098
4.2-4.31	0.2941	99	0.2186	1004	1103
4.31-4.43	0.2533	129	0.1957	999	1128
4.43-4.56	0.2579	119	0.1819	999	1118
4.56-4.7	0.233	108	0.174	977	1085
4.7-4.87	0.2556	103	0.2049	1004	1107
4.87-5.07	0.2783	93	0.202	1021	1114
5.07-5.3	0.3307	104	0.2073	1018	1122
5.3-5.58	0.281	105	0.2181	1026	1131
5.58-5.92	0.304	108	0.2129	1014	1122
5.92-6.38	0.2818	113	0.2233	999	1112
6.38-7.02	0.2547	135	0.1979	989	1124
7.02-8.04	0.2265	114	0.1758	1013	1127
8.04-10.13	0.1969	119	0.1668	1021	1140
10.13-500.01	0.2476	109	0.211	944	1053

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.paramlydia	protein.toplydia
X-RAY DIFFRACTION	2	dna-rna_rep.param	dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	ion.param	ion.top
X-RAY DIFFRACTION	5	gsh.param	gsh.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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