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- PDB-3ob1: Crystal structure of c-Cbl TKB domain in complex with double phos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ob1
タイトルCrystal structure of c-Cbl TKB domain in complex with double phosphorylated Spry2 peptide
要素
  • 12-meric peptide from Protein sprouty homolog 2
  • E3 ubiquitin-protein ligase CBL
キーワードLigase/signaling Protein / protein-peptide complex / double phosphorylation / complex / E3 ubiquitin ligase / Spry2 / phosphorylation / Ligase-signaling Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule end / negative regulation of cell projection organization / negative regulation of lens fiber cell differentiation / lung growth / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / animal organ development / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis ...microtubule end / negative regulation of cell projection organization / negative regulation of lens fiber cell differentiation / lung growth / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / animal organ development / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / regulation of Rap protein signal transduction / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / bud elongation involved in lung branching / flotillin complex / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / negative regulation of Ras protein signal transduction / Regulation of KIT signaling / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / inner ear morphogenesis / mast cell degranulation / Interleukin-6 signaling / response to starvation / response to testosterone / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / establishment of mitotic spindle orientation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / cell fate commitment / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / protein monoubiquitination / FLT3 signaling by CBL mutants / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / protein autoubiquitination / ephrin receptor binding / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / ERK1 and ERK2 cascade / phosphotyrosine residue binding / negative regulation of protein ubiquitination / Regulation of signaling by CBL / Negative regulation of FGFR3 signaling / negative regulation of angiogenesis / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / EGFR downregulation / protein serine/threonine kinase activator activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / response to activity / Spry regulation of FGF signaling / response to gamma radiation / Negative regulation of MET activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / sensory perception of sound / Constitutive Signaling by EGFRvIII / cellular response to nerve growth factor stimulus / RING-type E3 ubiquitin transferase / receptor tyrosine kinase binding / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / SH3 domain binding / ruffle membrane / male gonad development / cytokine-mediated signaling pathway / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / ubiquitin protein ligase activity / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Clathrin-mediated endocytosis / actin cytoskeleton / growth cone / microtubule cytoskeleton / ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to ethanol / cellular response to hypoxia / cytoskeleton / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein ubiquitination / cilium / positive regulation of cell migration / cadherin binding / membrane raft / negative regulation of cell population proliferation / focal adhesion / calcium ion binding / DNA damage response / positive regulation of gene expression / symbiont entry into host cell / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction
類似検索 - 分子機能
: / Sprouty / Sprouty protein (Spry) / Sprouty (SPR) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl ...: / Sprouty / Sprouty protein (Spry) / Sprouty (SPR) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / UBA-like superfamily / EF-hand / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Recoverin; domain 1 / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / SH2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein sprouty homolog 2 / E3 ubiquitin-protein ligase CBL
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sun, Q. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Additional serine/threonine phosphorylation reduces binding affinity but preserves interface topography of substrate proteins to the c-Cbl TKB domain
著者: Sun, Q. / Jackson, R.A. / Ng, C. / Guy, G.R. / Sivaraman, J.
履歴
登録2010年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 12-meric peptide from Protein sprouty homolog 2
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7482
ポリマ－39,7482
非ポリマー00
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.092, 122.092, 55.689
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-32-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド 12-meric peptide from Protein sprouty homolog 2 / Spry-2


分子量: 1555.411 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 49-60 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43597
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase CBL / Signal transduction protein CBL / Proto-oncogene c-Cbl / Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene ...Signal transduction protein CBL / Proto-oncogene c-Cbl / Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene / RING finger protein 55


分子量: 38192.090 Da / 分子数: 1 / 断片: c-Cbl TKB domain, residues 25-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P22681, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 % / Mosaicity: 0.68 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M K/Na tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER PROTEUM X8 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 31335 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.02-2.094.80.4630491.02998.1
2.09-2.185.60.39731111.01199.2
2.18-2.2760.3513093199.3
2.27-2.396.70.29731081.01399.3
2.39-2.547.40.23831281.02999.7
2.54-2.748.40.18831191.04999.6
2.74-3.029.50.14631351.0499.8
3.02-3.45120.09531751.02299.9
3.45-4.3514.90.06831711.01999.9
4.35-5016.60.05132460.949100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BUM

3bum


解像度: 2.2→49.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 9.186 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22296 1235 5.1 %RANDOM
Rwork0.18095 ---
obs0.18303 24185 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.91 Å2 / Biso mean: 26.064 Å2 / Biso min: 3.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å2-0.16 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2524 0 0 162 2686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222592
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7361.9663505
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6875304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.39223.387124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.65215461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8361518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211963
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0221.51529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.02222475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.31831063
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3324.51030
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 85 -
Rwork0.209 1666 -
all-1751 -
obs--99.21 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -56.595 Å / Origin y: 14.627 Å / Origin z: 0.278 Å
111213212223313233
T0.0311 Å20.0016 Å20.0194 Å2-0.0121 Å2-0.0074 Å2--0.028 Å2
L0.2353 °20.0017 °2-0.0085 °2-0.367 °2-0.1391 °2--0.1671 °2
S-0.0155 Å °0.025 Å °-0.0289 Å °-0.0291 Å °-0.025 Å °-0.0421 Å °0.0345 Å °-0.0129 Å °0.0406 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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