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- PDB-3o9p: The structure of the Escherichia coli murein tripeptide binding p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o9p
タイトルThe structure of the Escherichia coli murein tripeptide binding protein MppA
要素Periplasmic murein peptide-binding protein
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN/PEPTIDE / oligopeptide binding proteins / murein tripeptide / periplasmic protein / PEPTIDE BINDING PROTEIN-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-associated peptide transport / tripeptide transport / oligopeptide binding / tripeptide import across plasma membrane / dipeptide transport / heme transmembrane transport / peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / protein transport ...peptidoglycan-associated peptide transport / tripeptide transport / oligopeptide binding / tripeptide import across plasma membrane / dipeptide transport / heme transmembrane transport / peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle ...Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-ALA-GAMMA-D-GLU-MESO-DIAMINOPIMELIC ACID / Periplasmic murein peptide-binding protein MppA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Maqbool, A. / Levdikov, V.M. / Blagova, E.V. / Wilkinson, A.J. / Thomas, G.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Compensating Stereochemical Changes Allow Murein Tripeptide to Be Accommodated in a Conventional Peptide-binding Protein.
著者: Maqbool, A. / Levdikov, V.M. / Blagova, E.V. / Herve, M. / Horler, R.S. / Wilkinson, A.J. / Thomas, G.H.
履歴
登録2010年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月14日Group: Database references
改定 1.32011年9月21日Group: Database references
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic murein peptide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6896
ポリマ－58,0371
非ポリマー6525
水6,089338
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Periplasmic murein peptide-binding protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,13236
ポリマ－348,2196
非ポリマー3,91230
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area8440 Å2
ΔGint-787 kcal/mol
Surface area115610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.074, 165.074, 38.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic murein peptide-binding protein


分子量: 58036.570 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-537 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b1329, JW1322, mppA, ynaH / プラスミド: pET-YSBLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P77348
#2: 化合物 ChemComp-MHI / L-ALA-GAMMA-D-GLU-MESO-DIAMINOPIMELIC ACID / (2S,6R)-6-アミノ-2-[(L-Ala-D-γGlu-)アミノ]ヘプタン二酸


分子量: 390.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26N4O8
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 20% PEG3350, 50mM zinc acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.935
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月11日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 34597 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.06→2.1 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 33.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z23

2z23


解像度: 2.07→41.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.385 / SU ML: 0.116 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21813 1743 5 %RANDOM
Rwork0.17195 ---
obs0.17429 32850 100 %-
all-32851 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.863 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→41.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4038 0 31 338 4407
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0224176
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022800
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8961.9565696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02236865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1755510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.59325.053190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.31815689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9741518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02805
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.09242554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.12341012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3864149
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.10781622
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.858101546
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.073→2.126 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 74 -
Rwork0.251 1697 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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