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- PDB-3o7a: Crystal structure of PHF13 in complex with H3K4me3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o7a
タイトルCrystal structure of PHF13 in complex with H3K4me3
要素
  • H3K4ME3 HISTONE 11MER-PEPTIDE
  • PHD finger protein 13 variant
キーワードPROTEIN BINDING / PHF13 / ZINC FINGER / PHD DOMAIN / NUCLEAR PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K9me2/3 reader activity / chromatin-protein adaptor activity / mitotic chromosome condensation / : / regulation of DNA repair / chromosome segregation / structural constituent of chromatin / nucleosome / mitotic cell cycle / protein heterodimerization activity ...histone H3K9me2/3 reader activity / chromatin-protein adaptor activity / mitotic chromosome condensation / : / regulation of DNA repair / chromosome segregation / structural constituent of chromatin / nucleosome / mitotic cell cycle / protein heterodimerization activity / cell division / DNA damage response / chromatin binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
PHF13, PHD finger / PhD finger domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. ...PHF13, PHD finger / PhD finger domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHD finger protein 13 / PHD finger protein 13 / Histone H3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Bian, C.B. / Lam, R. / Xu, C. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: PHF13 is a molecular reader and transcriptional co-regulator of H3K4me2/3.
著者: Chung, H.R. / Xu, C. / Fuchs, A. / Mund, A. / Lange, M. / Staege, H. / Schubert, T. / Bian, C. / Dunkel, I. / Eberharter, A. / Regnard, C. / Klinker, H. / Meierhofer, D. / Cozzuto, L. / ...著者: Chung, H.R. / Xu, C. / Fuchs, A. / Mund, A. / Lange, M. / Staege, H. / Schubert, T. / Bian, C. / Dunkel, I. / Eberharter, A. / Regnard, C. / Klinker, H. / Meierhofer, D. / Cozzuto, L. / Winterpacht, A. / Di Croce, L. / Min, J. / Will, H. / Kinkley, S.
履歴
登録2010年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年6月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHD finger protein 13 variant
B: H3K4ME3 HISTONE 11MER-PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5755
ポリマ－7,3522
非ポリマー2233
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area4270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)21.232, 44.334, 60.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PHD finger protein 13 variant


分子量: 6058.175 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 250-301 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59FB6, UniProt: Q86YI8*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド H3K4ME3 HISTONE 11MER-PEPTIDE


分子量: 1293.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q92133
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5; 1.5M Na-Citrate, PEG400 6%, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97941 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97941 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→50 Å / Num. all: 7142 / Num. obs: 6772 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.032

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3O70

3o70


解像度: 1.67→35.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 1.872 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2243 334 4.7 %RANDOM
Rwork0.1832 ---
all0.1851 ---
obs0.1851 6772 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.66 Å2 / Biso mean: 20.8941 Å2 / Biso min: 7.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→35.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数467 0 8 60 535
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.022482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5861.949648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56422.520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.0991583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.409154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021345
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6961.5290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7572471
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7043192
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3614.5177
LS精密化 シェル解像度: 1.665→1.709 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 23 -
Rwork0.216 477 -
all-500 -
obs--98.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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