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- PDB-3o5c: Cytochrome c Peroxidase BccP of Shewanella oneidensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o5c
タイトルCytochrome c Peroxidase BccP of Shewanella oneidensis
要素Cytochrome c551 peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Diheme cytochrome / Hydrogen Peroxide
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / peroxidase activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Di-c-type haem protein, MauG/cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / : / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily ...Di-c-type haem protein, MauG/cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / : / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Diheme cytochrome c5 peroxidase CcpA
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seidel, J. / Einsle, O.
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2011
タイトル: Investigation of the Electron Transport Chain to and the Catalytic Activity of the Diheme Cytochrome c Peroxidase CcpA of Shewanella oneidensis.
著者: Schutz, B. / Seidel, J. / Sturm, G. / Einsle, O. / Gescher, J.
履歴
登録2010年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Database references
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c551 peroxidase
B: Cytochrome c551 peroxidase
C: Cytochrome c551 peroxidase
D: Cytochrome c551 peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,23717
ポリマ－140,0554
非ポリマー5,18213
水23,5641308
1
A: Cytochrome c551 peroxidase
B: Cytochrome c551 peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5748
ポリマ－70,0272
非ポリマー2,5466
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8930 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area23180 Å2
手法PISA
2
C: Cytochrome c551 peroxidase
D: Cytochrome c551 peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6649
ポリマ－70,0272
非ポリマー2,6367
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9230 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area23130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.840, 81.220, 85.920
Angle α, β, γ (deg.)113.96, 102.10, 90.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome c551 peroxidase


分子量: 35013.746 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 23-333 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
遺伝子: ccpA, SO_2178 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EF24
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: reduced with sodium dithionite, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月28日
放射モノクロメーター: Ge(111) triangular bent compressing 7 Fankuchen cut
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40.5 Å / Num. all: 200196 / Num. obs: 106139 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 10.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 6.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3HQ6

3hq6


解像度: 1.8→40.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 7.322 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25695 5345 5 %RANDOM
Rwork0.19759 ---
all0.20055 200196 --
obs-100779 93.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.729 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20.01 Å20.04 Å2
2---0.05 Å20.01 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9419 0 354 1308 11081
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02210098
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2322.07513830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.892316542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.81451233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.83325.208409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.672151613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.1931532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02111155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4211.56151
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1131.52458
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7129952
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.27433947
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.94.53875
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 364 -
Rwork0.267 6798 -
obs-100779 85.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14380.0415-0.3350.7543-0.16621.32430.0077-0.1115-0.08680.0713-0.03070.01780.02930.09360.02310.0119-0.0005-0.00590.01450.00640.0233-0.11650.3163-1.8113
20.7118-0.0014-0.50440.40860.01091.60310.03790.14080.1062-0.06710.004-0.0005-0.1315-0.0532-0.04190.03420.0111-0.00230.03980.00940.0369-12.307517.9342-25.804
31.3408-0.01640.37820.6495-0.07391.38990.00230.20620.1365-0.0948-0.0283-0.0021-0.0210.11040.0260.01770.00130.00810.03550.01670.032425.2666-29.3923-8.8128
40.7260.10780.48560.43810.19711.64260.0449-0.1256-0.09710.0978-0.00310.01520.1473-0.0631-0.04180.0426-0.01090.00410.02950.00790.042412.8987-46.168915.8828
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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