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- PDB-3o4y: Crystal structure of CAD domain of the Plasmodium Vivax CDPK, PVX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o4y
タイトルCrystal structure of CAD domain of the Plasmodium Vivax CDPK, PVX_11610
要素Calcium-dependent protein kinase 3
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...: / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Weadge, J. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R. ...Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Weadge, J. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of CAD domain of the Plasmodium Vivax CDPK, PVX_11610
著者: Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Weadge, J. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R. / Amani, M.
履歴
登録2010年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-dependent protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9185
ポリマ－22,6511
非ポリマー2674
水1,35175
1
A: Calcium-dependent protein kinase 3
ヘテロ分子

A: Calcium-dependent protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,83610
ポリマ－45,3022
非ポリマー5348
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area17940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.106, 84.858, 85.757
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-200-

PO4

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要素

#1: タンパク質 Calcium-dependent protein kinase 3


分子量: 22650.818 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 425-602 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: PVX_119610 / プラスミド: PET15mlh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PET15 / 参照: UniProt: A5KBB4
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20 % PEG 3350, 0.2 M NH4diHPO4, 5 mM MgCl2, 20% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 16607 / Num. obs: 16607 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 25.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 0.953 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.85-1.887.30.6083.068220.758100
1.88-1.927.30.5428210.822100
1.92-1.957.30.4578110.791100
1.95-1.997.40.3588300.795100
1.99-2.047.40.3028040.842100
2.04-2.087.30.2328180.863100
2.08-2.147.40.2168130.807100
2.14-2.197.40.1828380.842100
2.19-2.267.30.1278190.825100
2.26-2.337.40.1198050.828100
2.33-2.417.40.1018290.799100
2.41-2.517.40.0838270.816100
2.51-2.637.40.0768330.835100
2.63-2.767.30.0678230.853100
2.76-2.947.30.0618280.985100
2.94-3.167.30.0618291.331100
3.16-3.487.20.0598441.776100
3.48-3.997.20.0458501.49100
3.99-5.0270.038610.976100
5.02-506.70.0359021.02999.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3k21

3k21


解像度: 2.2→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / WRfactor Rfree: 0.2791 / WRfactor Rwork: 0.2344 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.804 / SU B: 16.158 / SU ML: 0.171 / SU R Cruickshank DPI: 0.0545 / SU Rfree: 0.0527 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2753 488 4.9 %RANDOM
Rwork0.2346 ---
obs0.2366 9969 99.73 %-
all-9995 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 24.57 Å2 / Biso mean: 7.4221 Å2 / Biso min: 2.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.03 Å20 Å20 Å2
2--26.14 Å20 Å2
3----10.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1369 0 13 75 1457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221496
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3471.9672021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9132467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5995187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.72425.12878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.98515276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.607159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5141.5909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1971.5369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76821462
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6423587
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4624.5559
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.70132506
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 36 -
Rwork0.249 672 -
all-708 -
obs-819 98.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.96895.81870.38242.1011-2.558823.7480.02830.03640.35740.0965-0.07610.0216-0.19850.64970.04780.4333-0.0695-0.17030.1773-0.15580.6046.416523.7604-32.5085
29.4178-3.3546.56014.1379-4.347841.6163-0.08270.17870.2167-0.3919-0.474-0.26310.11050.54440.55660.2453-0.0533-0.03260.1882-0.06390.29617.862922.1696-11.0156
36.5737-1.6087-6.17993.00651.926419.0129-0.1532-0.0053-0.3110.3543-0.2388-0.07580.6150.23980.3920.2267-0.0844-0.09770.1186-0.05720.24658.910323.548611.1958
44.46871.3426-1.62678.5313.44026.90010.3128-0.3924-0.39170.2273-0.0175-0.79410.31960.4439-0.29520.3569-0.111-0.18770.1936-0.07160.34473.395115.136221.6042
56.07910.1621-0.90894.6729-0.22259.2924-0.2098-0.0814-0.5225-0.00930.0045-0.12880.5123-0.20310.20540.3623-0.1052-0.08730.1036-0.08940.3175-5.67189.749116.8041
620.1194-2.853-6.531715.2475-4.622925.47310.02070.5785-0.4826-0.2472-0.02820.04750.69810.13380.00750.3928-0.1049-0.12710.1761-0.13380.2561-8.74613.28527.5862
72.19734.696-0.644930.75152.14043.1828-0.09960.1935-0.4481-0.86880.1799-0.13890.30810.1913-0.08030.2681-0.0666-0.13250.1525-0.08770.26030.896915.861311.0394
819.48254.90424.34678.57864.83286.0174-0.1373-0.18730.84730.0471-0.00080.6367-0.4099-0.22540.1380.2495-0.043-0.07320.1142-0.02440.22865.112733.314412.9152
90.0939-0.03080.19360.91510.45823.4252-0.03570.1572-0.09730.0260.2243-0.17880.24660.3336-0.18860.2174-0.1238-0.10720.3768-0.18490.292519.816326.05231.4154
107.52520.3409-4.98232.5779-0.217611.3921-0.38070.1317-0.0262-0.440.36990.0937-0.36960.02930.01080.2829-0.1676-0.09840.2587-0.0710.181813.945434.7617-2.0849
119.68828.78422.585813.39542.70495.8074-0.1501-0.04680.6629-0.7605-0.01161.1884-0.2647-0.45230.16170.2518-0.1128-0.16480.3284-0.08180.27314.812333.44294.8618
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2A21 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3A37 - 51
4X-RAY DIFFRACTION4A52 - 65
5X-RAY DIFFRACTION5A69 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6A91 - 100
7X-RAY DIFFRACTION7A104 - 118
8X-RAY DIFFRACTION8A119 - 125
9X-RAY DIFFRACTION9A126 - 168
10X-RAY DIFFRACTION10A169 - 189
11X-RAY DIFFRACTION11A190 - 195

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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