[日本語] English
万見
- PDB-4kpp: Crystal Structure of H+/Ca2+ Exchanger CAX -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kpp
タイトルCrystal Structure of H+/Ca2+ Exchanger CAX
要素Putative uncharacterized protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transport / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium/calcium exchanger membrane region / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / OLEIC ACID / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Sodium/calcium exchanger membrane region domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nishizawa, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the counter-transport mechanism of a H+/Ca2+ exchanger.
著者: Nishizawa, T. / Kita, S. / Maturana, A.D. / Furuya, N. / Hirata, K. / Kasuya, G. / Ogasawara, S. / Dohmae, N. / Iwamoto, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2013年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年8月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,22311
ポリマ－90,0312
非ポリマー2,1919
水1,38777
1
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6954
ポリマ－45,0161
非ポリマー6793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5287
ポリマ－45,0161
非ポリマー1,5126
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.954, 97.386, 71.233
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / membrane transporter


分子量: 45015.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: AF0251, AF_0251 / プラスミド: pET22c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: O29988
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 85分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 10% pentaerythritol propoxylate(5/4 PO/OH), 100mM MES-NaOH, 100mM NH4Cl, 10mM CaCl2, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月13日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 33675 / Num. obs: 33675 / % possible obs: 87.7 % / Biso Wilson estimate: 29.53 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→30.712 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.66 / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 21.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 1678 5 %
Rwork0.2019 --
obs0.2038 33570 87.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.767 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.51 Å2 / Biso mean: 35.9865 Å2 / Biso min: 9.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3796 Å20 Å21.1085 Å2
2---3.1979 Å20 Å2
3---1.8183 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.712 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5942 0 89 77 6108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0146165
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7228382
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491041
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041004
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8942108
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.36770.33621310.26012495262682
2.3677-2.44410.3011400.22882676281689
2.4441-2.53140.25651450.20662761290692
2.5314-2.63270.26341490.19472809295893
2.6327-2.75240.24311480.18422813296193
2.7524-2.89740.22361520.17432900305296
2.8974-3.07880.24921540.1882919307396
3.0788-3.31630.23671540.19182924307897
3.3163-3.64950.2213960.19831831192760
3.6495-4.17650.21661290.19622448257780
4.1765-5.25760.23861210.20592306242776
5.2576-30.71440.20951590.21243010316997
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.70630.29860.07210.53070.77331.001-0.0004-0.0601-0.0289-0.0081-0.05680.01410.1367-0.0457-0.00120.1994-0.0108-0.02340.2286-0.01130.165738.407315.6677175.7699
21.5823-0.4329-0.01451.1122-0.02840.8581-0.0278-0.0928-0.0670.04630.0628-0.03710.0767-0.03240.00010.1619-0.0305-0.00420.1615-0.00670.164660.626316.3359179.1799
30.1105-0.1187-0.14810.05420.21991.4935-0.148-0.04250.11990.0102-0.2408-0.51110.51410.0898-0.25780.24960.0217-0.06780.2401-0.02230.375674.769.5905180.6209
40.3336-0.3532-0.06020.4238-0.22620.9917-0.0730.03660.12870.13280.10830.12020.05450.04090.05130.1102-0.0180.02850.1711-0.04760.180619.058619.2421156.5975
51.36510.8892-0.43371.014-0.42221.0205-0.02180.11150.1015-0.06120.12820.03640.0036-0.06230.02510.11-0.0148-0.00020.1114-0.01810.081236.471921.7865140.5589
60.6785-0.0350.16240.0677-0.0990.1281-0.16270.18750.1964-0.05820.0324-0.11840.192-0.0834-0.04980.3188-0.07350.0380.1641-0.00350.16546.85129.81131.6796
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:61 or resseq 189:238)A2 - 61
2X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:61 or resseq 189:238)A189 - 238
3X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 62:188 or resseq 239:356)A62 - 188
4X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 62:188 or resseq 239:356)A239 - 356
5X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 357:396)A357 - 396
6X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 2:58 or resseq 189:238)B2 - 58
7X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 2:58 or resseq 189:238)B189 - 238
8X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 65:186 or resseq 239:356)B65 - 186
9X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 65:186 or resseq 239:356)B239 - 356
10X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 357:395)B357 - 395

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る