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- PDB-3o4l: Genetic and structural basis for selection of a ubiquitous T cell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o4l
タイトルGenetic and structural basis for selection of a ubiquitous T cell receptor deployed in Epstein-Barr virus
要素
  • (T-CELL RECEPTOR, ...) x 2
  • BSLF2/BMLF1 protein
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC I / Immunoglobulin / Antigen Presentation / Immune Recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / alpha-beta T cell receptor complex / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / mRNA transport / immunoglobulin complex, circulating ...symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / alpha-beta T cell receptor complex / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / mRNA transport / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / complement activation, classical pathway / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen binding / response to bacterium / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / antibacterial humoral response / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / host cell cytoplasm / learning or memory / blood microparticle / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / regulation of DNA-templated transcription / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus ICP27-like / Herpesvirus transcriptional regulator family / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like ...Herpesvirus ICP27-like / Herpesvirus transcriptional regulator family / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BSLF2/BMLF1 protein / T cell receptor alpha chain constant / T cell receptor beta constant 1 / Beta-2-microglobulin / mRNA export factor ICP27 homolog / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Miles, J.J. / Bulek, A.M. / Cole, D.K. / Gostick, E. / Schauenburg, J.A. / Dolton, G. / Venturi, V. / Davenport, M.P. / Tan, M.P. / Burrows, S.R. ...Miles, J.J. / Bulek, A.M. / Cole, D.K. / Gostick, E. / Schauenburg, J.A. / Dolton, G. / Venturi, V. / Davenport, M.P. / Tan, M.P. / Burrows, S.R. / Wooldridge, L. / Price, D.A. / Rizkallah, P.J. / Sewell, A.K.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2010
タイトル: Genetic and structural basis for selection of a ubiquitous T cell receptor deployed in Epstein-Barr virus infection.
著者: Miles, J.J. / Bulek, A.M. / Cole, D.K. / Gostick, E. / Schauenburg, A.J. / Dolton, G. / Venturi, V. / Davenport, M.P. / Tan, M.P. / Burrows, S.R. / Wooldridge, L. / Price, D.A. / Rizkallah, P.J. / Sewell, A.K.
履歴
登録2010年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Refinement description
改定 1.32021年10月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年12月27日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: BSLF2/BMLF1 protein
D: T-CELL RECEPTOR, ALPHA CHAIN
E: T-CELL RECEPTOR, BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,97824
ポリマ－94,0985
非ポリマー1,88119
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14450 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area38260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.080, 122.500, 82.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The contents of the asymmetric unit constitute one complete biological assembly.

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WLS4
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11853.319 Da / 分子数: 1 / Mutation: K111C / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド BSLF2/BMLF1 protein


分子量: 920.191 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 286-294 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: A7UMS0, UniProt: Q3KSU1*PLUS

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T-CELL RECEPTOR, ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 T-CELL RECEPTOR, ALPHA CHAIN


分子量: 21960.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#5: タンパク質 T-CELL RECEPTOR, BETA CHAIN


分子量: 27412.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01850*PLUS

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非ポリマー , 4種, 353分子

#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.16 M Ca Acetate, 0.08 M Na Cacodylate, 12.5% PEG 8000, 20% Glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月27日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→61.25 Å / Num. all: 31817 / Num. obs: 31817 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.9 % / Rsym value: 0.163 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.54-2.617.90.8320.91750522220.83295.1
2.61-2.688.20.6831.11855922690.683100
2.68-2.768.20.5971.31816522190.59799.9
2.76-2.848.20.5051.51764921590.50599.9
2.84-2.938.10.4111.81704920930.41199.9
2.93-3.048.10.3262.31644820230.32699.8
3.04-3.158.10.2562.91581019490.256100
3.15-3.288.10.2043.71537718990.204100
3.28-3.438.10.1714.31459318100.17199.9
3.43-3.5980.1465.11399317450.14699.8
3.59-3.796.70.14551007415000.14591.5
3.79-4.027.50.1245.91150215300.12498.7
4.02-4.297.90.0878.51180714980.08799.9
4.29-4.647.80.07210.11084713820.07299.9
4.64-5.087.80.06910.3988512730.069100
5.08-5.687.60.07310894411750.07399.9
5.68-6.567.90.0799.5822910380.079100
6.56-8.037.80.06511.669808910.065100
8.03-11.367.50.03917.554417210.039100
11.36-61.256.70.03516.628204210.03598.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.479 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.497 / Cor.coef. Io to Ic: 0.52

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
GDAデータ収集
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P5E

2p5e


解像度: 2.54→61.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.833 / WRfactor Rfree: 0.261 / WRfactor Rwork: 0.1936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7883 / SU B: 27.238 / SU ML: 0.274 / SU R Cruickshank DPI: 0.2811 / SU Rfree: 0.3704 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2962 1603 5 %RANDOM
Rwork0.2207 ---
obs0.2245 31773 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100 Å2 / Biso mean: 27.6561 Å2 / Biso min: 4.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2---0.98 Å20 Å2
3---1.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→61.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6618 0 113 334 7065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0216890
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2331.9449343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.756311281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.7165820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.95423.947342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.696151110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.2161545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.39524116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.47821653
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.44136652
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.09842774
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7462691
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.56936795
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.606 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 112 -
Rwork0.297 2105 -
all-2217 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2963-0.2580.13840.3143-0.15180.48340.00290.00870.0011-0.00360.00520.0002-0.0075-0.0106-0.00820.0219-0.00430.00310.0051-0.00890.057419.020242.408717.616
20.316-0.2752-0.57283.12580.96761.1172-0.0362-0.00520.0114-0.11420.04450.02140.02950.013-0.00830.01960.0128-0.00510.0225-0.00720.068818.77015.443915.2426
30.6823-0.0833-0.10351.0503-0.23510.9389-0.0328-0.0209-0.0852-0.00550.02570.07880.082-0.0550.00710.01710.00080.00910.0089-0.00430.06534.29920.664224.2631
40.36640.70070.07911.79670.09740.0247-0.01750.0424-0.00130.01450.0088-0.1567-0.01390.01450.00870.03790.00650.0090.02240.02690.075836.969167.737119.9042
51.0964-0.1167-0.87621.35910.20112.07450.0249-0.10420.04670.05510.0065-0.1027-0.0950.1427-0.03140.0151-0.009-0.01010.0328-0.00460.015140.0838101.166826.1606
60.5188-0.2084-0.15191.23510.83711.2805-0.00910.0081-0.01410.1065-0.03140.06460.0504-0.01550.04050.0272-0.00210.00460.0020.00280.052615.202768.902529.9109
70.53430.3292-0.39060.4718-0.4130.83240.0170.01120.0118-0.0088-0.00860.0215-0.00220.0059-0.00840.0260.00890.00290.0054-0.0090.050323.2297.745525.9887
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 181
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A182 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 113
6X-RAY DIFFRACTION5D114 - 201
7X-RAY DIFFRACTION6E1 - 113
8X-RAY DIFFRACTION7E114 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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