PDB-3o46: Crystal structure of the PDZ domain of MPP7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o46

タイトル

Crystal structure of the PDZ domain of MPP7

要素

MAGUK p55 subfamily member 7

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) /

pdz domain (PDZドメイン) /

structural genomics consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

MPP7-DLG1-LIN7 complex / protein localization to adherens junction / bicellular tight junction assembly / establishment of cell polarity / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / lateral plasma membrane / bicellular tight junction / RAC2 GTPase cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / Zhong, N. / Guan, X. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. ...

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of the PDZ domain of MPP7
著者: Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / Zhong, N. / Guan, X. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.

履歴

登録	2010年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o46.cif.gz	47.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o46.ent.gz	36.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o46.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/3o46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/3o46	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ce8-1 3dfe-2 2pls-1 4etu-d 3dfe-1 2bsy-d 1o67-1 1vqr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MAGUK p55 subfamily member 7

10.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MAGUK p55 subfamily member 7

ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.616, 66.616, 46.475
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-33- HOH
2	1	A-49- HOH

#1: タンパク質	MAGUK p55 subfamily member 7 分子量: 10102.445 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ Domain (UNP residues 135-225) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPP7 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q5T2T1
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.26 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG-1500, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
2	100	1
1	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID		1	0.97904
回転陽極			RIGAKU FR-E DW	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2010年6月17日
RIGAKU RAXIS	2	IMAGE PLATE	2010年6月13日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97904	1
2	1.5418	1

反射

解像度: 1.3→40 Å / Num. obs: 28982 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.041 / Χ²: 1.566 / Net I/σ(I): 14.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.3-1.32	5.5	0.751	2847	1.66	100
1.32-1.35	5.5	0.663	2815	1.599	99.8
1.35-1.37	5.5	0.522	2882	1.61	99.9
1.37-1.4	5.5	0.421	2844	1.514	100
1.4-1.43	5.5	0.369	2821	1.491	99.9
1.43-1.46	5.6	0.32	2850	1.453	99.9
1.46-1.5	5.6	0.231	2899	1.41	99.9
1.5-1.54	5.6	0.189	2812	1.43	100
1.54-1.59	5.6	0.159	2852	1.419	100
1.59-1.64	5.6	0.128	2801	1.389	100
1.64-1.7	5.6	0.101	2904	1.441	100
1.7-1.76	5.6	0.084	2837	1.409	100
1.76-1.84	5.7	0.068	2877	1.459	100
1.84-1.94	5.7	0.054	2835	1.587	100
1.94-2.06	5.7	0.053	2809	2.031	100
2.06-2.22	5.6	0.049	2885	2.329	100
2.22-2.45	5.6	0.04	2849	1.918	100
2.45-2.8	5.5	0.03	2865	1.429	100
2.8-3.53	5.8	0.027	2837	1.419	100
3.53-40	5.5	0.025	2800	1.308	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.3→33.308 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / WR_factor R_free: 0.195 / WR_factor R_work: 0.192 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 1.195 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY . The structure was originally solved using data measured with the same crystal on a copper rotating anode. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1908	1449	5.009 %	RANDOM
R_work	0.1839	-	-	-
obs	0.184	28929	99.807 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso max: 44.67 Å² / B_iso mean: 12.991 Å² / B_iso min: 9.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.584 Å²	0.292 Å²	0 Å²
2-	-	0.584 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.876 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→33.308 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	617	0	13	69	699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	700
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	493
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.679	1.987	963
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.921	3	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.733	5	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.165	25	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.9	15	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.682	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.902	1.5	453
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.565	1.5	185
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.973	2	749
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.989	3	247
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.028	4.5	203
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.413	3	1193

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.238	114	0.217	2020	2137	99.86
1.334-1.37	0.221	103	0.196	1972	2075	100
1.37-1.41	0.164	131	0.169	1877	2012	99.801
1.41-1.453	0.21	96	0.166	1866	1964	99.898
1.453-1.501	0.165	113	0.145	1785	1900	99.895
1.501-1.553	0.185	84	0.152	1745	1832	99.836
1.553-1.612	0.207	84	0.155	1689	1774	99.944
1.612-1.677	0.151	76	0.153	1647	1725	99.884
1.677-1.752	0.188	75	0.158	1565	1641	99.939
1.752-1.837	0.168	73	0.159	1496	1571	99.873
1.837-1.936	0.206	74	0.157	1421	1497	99.866
1.936-2.053	0.187	60	0.155	1337	1399	99.857
2.053-2.194	0.156	84	0.155	1257	1342	99.925
2.194-2.369	0.122	47	0.15	1199	1246	100
2.369-2.594	0.203	55	0.187	1093	1151	99.739
2.594-2.898	0.187	37	0.2	1007	1045	99.904
2.898-3.342	0.192	53	0.215	856	909	100
3.342-4.083	0.199	34	0.195	752	786	100
4.083-5.731	0.206	35	0.196	581	619	99.515
5.731-33.308	0.31	21	0.324	315	360	93.333

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