[日本語] English
万見
- PDB-3o3k: Crystal structure of AF1382 from Archaeoglobus fulgidus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o3k
タイトルCrystal structure of AF1382 from Archaeoglobus fulgidus
要素Uncharacterized protein AF_1382
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / sulfur phasing / SECSG / Protein Structure Initiative
機能・相同性Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein AF_1382
機能・相同性情報
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Sulfur SAD / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhu, J.-Y. / Zhao, M. / Fu, Z.-Q. / Yang, H. / Chang, J. / Xu, H. / Chen, L. / Rose, J.P. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure of the Archaeoglobus fulgidus orphan ORF AF1382 determined by sulfur SAD from a moderately diffracting crystal.
著者: Zhu, J.Y. / Fu, Z.Q. / Chen, L. / Xu, H. / Chrzas, J. / Rose, J. / Wang, B.C.
履歴
登録2010年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年7月4日Group: Database references
改定 1.32012年9月19日Group: Database references
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein AF_1382


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1591
ポリマ－11,1591
非ポリマー00
水57632
1
A: Uncharacterized protein AF_1382

A: Uncharacterized protein AF_1382


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3182
ポリマ－22,3182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.540, 53.540, 41.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-97-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein AF_1382


分子量: 11159.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF_1382 / プラスミド: pDEST-527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RPX / 参照: UniProt: O28889
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 % / 解説: THE LAST REPRESENTS MERGED DATA SET
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: USING 1.0 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (2.8 MG/ML) AND SOLUTION CONTAING 0.1M SODIUM CITRATE/CITRIC ACID PH 5.5, 0.1M SODIUM CHLORIDE, 0.1M LITHIUM ...詳細: USING 1.0 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (2.8 MG/ML) AND SOLUTION CONTAING 0.1M SODIUM CITRATE/CITRIC ACID PH 5.5, 0.1M SODIUM CHLORIDE, 0.1M LITHIUM SULPHATE, 30% V/V PEG 400, Microbatch, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月12日 / 詳細: ROSENBAUM
放射モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 5325 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25 % / Biso Wilson estimate: 37.5 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 124.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 17.4 / Num. unique all: 5325 / Rsym value: 0.254 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SGXPROモデル構築
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SGXPRO位相決定
精密化構造決定の手法: Sulfur SAD / 解像度: 2.3→37.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 160315.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 536 5.3 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 5325 98.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.7117 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20 Å20 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----2.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数740 0 0 32 772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.922.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 88 5.3 %
Rwork0.327 1558 -
obs--96.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る