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- PDB-1qxx: CRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF TONB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qxx
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF TONB
要素TonB protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TonB Dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / energy transducer activity / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / siderophore transport / transmembrane transporter complex / plasma membrane protein complex / cell envelope / cell outer membrane ...receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / energy transducer activity / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / siderophore transport / transmembrane transporter complex / plasma membrane protein complex / cell envelope / cell outer membrane / transmembrane transport / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / intracellular iron ion homeostasis / protein domain specific binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TolA/TonB C-terminal domain / TonB / : / TonB polyproline region / Gram-negative bacterial TonB protein / : / TonB C-terminal domain profile. / TonB, C-terminal / Gram-negative bacterial TonB protein C-terminal / TonB/TolA, C-terminal ...TolA/TonB C-terminal domain / TonB / : / TonB polyproline region / Gram-negative bacterial TonB protein / : / TonB C-terminal domain profile. / TonB, C-terminal / Gram-negative bacterial TonB protein C-terminal / TonB/TolA, C-terminal / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Koedding, J. / Howard, P. / Kaufmann, L. / Polzer, P. / Lustig, A. / Welte, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Dimerization of TonB is not essential for its binding to the outer membrane siderophore receptor FhuA of Escherichia coli.
著者: Koedding, J. / Howard, P. / Kaufmann, L. / Polzer, P. / Lustig, A. / Welte, W.
履歴
登録2003年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TonB protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5641
ポリマ－8,5641
非ポリマー00
水55831
1
A: TonB protein

A: TonB protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1282
ポリマ－17,1282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_675-x+1,-y+2,z1
Buried area6230 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area10360 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.580, 61.580, 121.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
詳細The second part of the dimer is generated by symmetry operations in P6422

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要素

#1: タンパク質 TonB protein


分子量: 8563.893 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 164-239 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: TONB / プラスミド: pET30a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02929
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.42 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Sodium formiate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月22日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→26.44 Å / Num. all: 5019 / Num. obs: 4052 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.68 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 19.32
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 3.56 / Num. unique all: 409 / Rsym value: 0.463 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IHR

1ihr


解像度: 2.7→26.44 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 202 -RANDOM
Rwork0.267 ---
all-5019 --
obs-4052 97.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→26.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数601 0 0 31 632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr.m.s. deviation bond length0.02
X-RAY DIFFRACTIONr.s.m. deviation bond angel1.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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