PDB-3o2f: Structure of the N-domain of GRP94 bound to the HSP90 inhibitor PU-H54

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o2f

タイトル

Structure of the N-domain of GRP94 bound to the HSP90 inhibitor PU-H54

要素

Endoplasmin

キーワード

chaperone/inhibitor / Hsp90 Heat-shock Proteins / chaperone-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Trafficking and processing of endosomal TLR / Scavenging by Class A Receptors / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Post-translational protein phosphorylation / sarcoplasmic reticulum lumen / ERAD pathway / ATP-dependent protein folding chaperone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / unfolded protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Canis lupus familiaris (イヌ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seidler, P.M. / Gewirth, D.T.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Paralog-selective Hsp90 inhibitors define tumor-specific regulation of HER2.
著者: Patel, P.D. / Yan, P. / Seidler, P.M. / Patel, H.J. / Sun, W. / Yang, C. / Que, N.S. / Taldone, T. / Finotti, P. / Stephani, R.A. / Gewirth, D.T. / Chiosis, G.

履歴

登録	2010年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月11日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月20日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月23日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o2f.cif.gz	198.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o2f.ent.gz	160.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3o2f_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3o2f_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3o2f_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	3o2f_validation.cif.gz	30.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/3o2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/3o2f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3o0iC 2fwy C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vyw-1 4gkh-16 4eos-1 1fin-1 2p4e-d 4fev-8 1h25-2 4fx3-2 3eoc-2 1h1q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (13) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoplasmin

B: Endoplasmin

ヘテロ分子

54 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.960, 65.686, 85.453
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endoplasmin / Heat shock protein 90 kDa beta member 1 / 94 kDa glucose-regulated protein / GRP-94 分子量: 26514.012 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 69-286, 328-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: GRP94, HSP90B1, TRA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P41148
#2: 化合物	ChemComp-P54 / 8-[(2,4-dimethylphenyl)sulfanyl]-3-pent-4-yn-1-yl-3H-purin-6-amine 分子量: 337.442 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₉N₅S
#3: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.57 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 2-fold molar excess PU-H54, 14-17% isopropanol, 300-375 mM MgCl2, 0.1-1% glycerol, 100 mM HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 45178 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 18.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→32.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.287 / SU ML: 0.145 / SU R Cruickshank DPI: 0.1691 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	2251	5 %
R_work	0.234	-	-
obs	0.236	45178	99.7 %

溶媒の処理

溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	0 Å²	-0.26 Å²
2-	-	-0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→32.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3417	0	70	216	3703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	3545
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.445	1.973	4797
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.278	5	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.013	25.548	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.963	15	607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.168	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	565
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2581
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.605	1.5	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.054	2	3545
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.007	3	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.013	4.5	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.382	166	-
R_work	0.303	3122	-
obs	-	-	99.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.7325	6.2983	-9.7076	14.444	-9.2827	21.0616	-0.2371	-0.0847	-0.4276	-0.0454	-0.1572	-1.0145	0.334	1.425	0.3942	0.1446	-0.0704	-0.0191	0.6751	0.0366	0.528	31.766	23.57	10.948
2	1.4575	0.2516	1.5599	3.8366	-0.1932	3.2943	-0.0711	-0.0886	-0.0271	0.1013	0.0314	0.3142	-0.0681	0.0033	0.0398	0.0884	-0.0166	0.1291	0.2882	-0.0097	0.222	3.227	16.684	6.149
3	19.5273	-14.512	9.2515	19.9617	-0.2602	9.4244	0.6456	1.962	0.5791	-2.0714	0.1019	-1.2535	-0.7806	2.22	-0.7475	0.3443	-0.2548	0.1977	1.1089	-0.1916	1.0925	25.33	21.013	-1.333
4	2.2589	0.6623	1.8025	4.3437	0.1119	2.826	0.1417	0.023	-0.1748	-0.1878	-0.0117	0.0107	0.2408	0.2945	-0.1299	0.0749	0.0175	0.0755	0.2686	-0.0045	0.1887	7.948	10.111	3.085
5	2.1568	-0.056	2.7824	7.4888	0.1473	5.0007	0.0202	-0.9229	-0.115	1.1221	-0.1197	0.9035	0.1281	-0.9092	0.0995	0.2889	-0.0638	0.3106	0.6198	0.0431	0.3921	-3.529	13.447	19.663
6	1.448	0.3469	0.9033	1.0401	-0.0765	4.6174	-0.1155	0.2248	0.1187	0.6584	0.0402	-0.3921	-0.3079	-0.0652	0.0753	0.619	-0.031	-0.2199	0.0705	-0.0001	0.2983	19.108	27.665	29.822
7	4.7564	-0.2199	2.9126	7.3626	2.0354	3.639	0.2496	1.0361	-0.2186	-0.0588	0.0122	-1.3075	-0.4198	0.702	-0.2619	0.6315	0.0105	-0.2278	0.3097	-0.0399	0.338	29.431	31.058	31.918
8	2.4485	0.1828	3.4104	5.17	0.1392	7.7541	-0.1502	0.3962	-0.0761	0.574	0.1615	-0.8504	-0.3754	0.5435	-0.0113	0.5614	-0.0162	-0.2638	0.106	-0.0272	0.2414	25.862	34.905	33.698
9	5.8339	0.0883	2.6031	10.2836	-1.1623	8.731	-0.2251	-0.478	-0.1643	0.9176	-0.141	0.9532	0.2671	-1.5011	0.366	0.6723	0.1013	0.0826	0.4555	-0.0184	0.3547	6.354	31.185	34.334
10	19.6476	2.9417	0.3906	1.2101	1.9918	5.3553	-0.3492	-0.1553	2.0134	-0.4771	0.1777	0.3711	-0.8157	-0.1737	0.1714	1.9352	0.1644	0.0848	1.2249	0.0174	1.1636	1.477	35.094	44.777

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	76 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	91 - 168
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	169 - 187
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	188 - 252
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	253 - 337
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	76 - 143
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	144 - 182
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	183 - 252
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	253 - 285
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	286 - 337

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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