PDB-3o1y: Electron transfer complexes: Experimental mapping of the redox-de...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o1y

タイトル

Electron transfer complexes: Experimental mapping of the redox-dependent cytochrome c electrostatic surface

要素

Cytochrome c

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Cytochrome c / globular protein / electron transport chain / electron carrier / mitochondrial respiration

機能・相同性

機能・相同性情報

cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / apoptotic signaling pathway / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / lipid binding / heme binding / metal ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

De March, M. / De Zorzi, R. / Demitri, N. / Gabbiani, C. / Guerri, A. / Casini, A. / Messori, L. / Geremia, S.

引用

ジャーナル: J. Inorg. Biochem. / 年: 2014
タイトル: Nitrate as a probe of cytochrome c surface: crystallographic identification of crucial "hot spots" for protein-protein recognition.
著者: De March, M. / Demitri, N. / De Zorzi, R. / Casini, A. / Gabbiani, C. / Guerri, A. / Messori, L. / Geremia, S.

履歴

登録	2010年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o1y.cif.gz	97.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o1y.ent.gz	74.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o1y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3o1y_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3o1y_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3o1y_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	3o1y_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/3o1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/3o1y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3o20C 1hrcS 1kyo 1l9j 2pcb 2pcc S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ljx-1 1csx-d 1crc-1 1yeb-d 6c4w-d 4rsz-4 5df5-3 4rsz-2 5c0z-3 1raq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
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アポトソーム (Apoptosomes)
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ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
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光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome c

B: Cytochrome c

C: Cytochrome c

ヘテロ分子

38.5 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Cytochrome c

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cytochrome c

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cytochrome c

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.695, 79.695, 89.247
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-111- NO3
2	1	A-208- HOH
3	1	A-452- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	VAL	VAL	1	A	A	1 - 11	2 - 12
2	1	GLY	GLY	VAL	VAL	1	B	B	1 - 11	2 - 12
3	1	GLY	GLY	VAL	VAL	1	C	C	1 - 11	2 - 12
1	2	GLN	GLN	GLN	GLN	3	A	A	12	13
2	2	GLN	GLN	GLN	GLN	3	B	B	12	13
3	2	GLN	GLN	GLN	GLN	3	C	C	12	13
1	3	LYS	LYS	ALA	ALA	1	A	A	13 - 15	14 - 16
2	3	LYS	LYS	ALA	ALA	1	B	B	13 - 15	14 - 16
3	3	LYS	LYS	ALA	ALA	1	C	C	13 - 15	14 - 16
1	4	GLN	GLN	GLN	GLN	3	A	A	16	17
2	4	GLN	GLN	GLN	GLN	3	B	B	16	17
3	4	GLN	GLN	GLN	GLN	3	C	C	16	17
1	5	CYS	CYS	VAL	VAL	1	A	A	17 - 20	18 - 21
2	5	CYS	CYS	VAL	VAL	1	B	B	17 - 20	18 - 21
3	5	CYS	CYS	VAL	VAL	1	C	C	17 - 20	18 - 21
1	6	GLU	GLU	LYS	LYS	3	A	A	21 - 22	22 - 23
2	6	GLU	GLU	LYS	LYS	3	B	B	21 - 22	22 - 23
3	6	GLU	GLU	LYS	LYS	3	C	C	21 - 22	22 - 23
1	7	GLY	GLY	GLY	GLY	1	A	A	23 - 24	24 - 25
2	7	GLY	GLY	GLY	GLY	1	B	B	23 - 24	24 - 25
3	7	GLY	GLY	GLY	GLY	1	C	C	23 - 24	24 - 25
1	8	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	25 - 27	26 - 28
2	8	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	25 - 27	26 - 28
3	8	LYS	LYS	LYS	LYS	3	C	C	25 - 27	26 - 28
1	9	THR	THR	ARG	ARG	1	A	A	28 - 38	29 - 39
2	9	THR	THR	ARG	ARG	1	B	B	28 - 38	29 - 39
3	9	THR	THR	ARG	ARG	1	C	C	28 - 38	29 - 39
1	10	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	39	40
2	10	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	39	40
3	10	LYS	LYS	LYS	LYS	3	C	C	39	40
1	11	THR	THR	ALA	ALA	1	A	A	40 - 51	41 - 52
2	11	THR	THR	ALA	ALA	1	B	B	40 - 51	41 - 52
3	11	THR	THR	ALA	ALA	1	C	C	40 - 51	41 - 52
1	12	ASN	ASN	LYS	LYS	3	A	A	52 - 53	53 - 54
2	12	ASN	ASN	LYS	LYS	3	B	B	52 - 53	53 - 54
3	12	ASN	ASN	LYS	LYS	3	C	C	52 - 53	53 - 54
1	13	ASN	ASN	TRP	TRP	1	A	A	54 - 59	55 - 60
2	13	ASN	ASN	TRP	TRP	1	B	B	54 - 59	55 - 60
3	13	ASN	ASN	TRP	TRP	1	C	C	54 - 59	55 - 60
1	14	LYS	LYS	GLU	GLU	3	A	A	60 - 62	61 - 63
2	14	LYS	LYS	GLU	GLU	3	B	B	60 - 62	61 - 63
3	14	LYS	LYS	GLU	GLU	3	C	C	60 - 62	61 - 63
1	15	THR	THR	PRO	PRO	1	A	A	63 - 71	64 - 72
2	15	THR	THR	PRO	PRO	1	B	B	63 - 71	64 - 72
3	15	THR	THR	PRO	PRO	1	C	C	63 - 71	64 - 72
1	16	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	72 - 73	73 - 74
2	16	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	72 - 73	73 - 74
3	16	LYS	LYS	LYS	LYS	3	C	C	72 - 73	73 - 74
1	17	TYR	TYR	THR	THR	1	A	A	74 - 78	75 - 79
2	17	TYR	TYR	THR	THR	1	B	B	74 - 78	75 - 79
3	17	TYR	TYR	THR	THR	1	C	C	74 - 78	75 - 79
1	18	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	79	80
2	18	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	79	80
3	18	LYS	LYS	LYS	LYS	3	C	C	79	80
1	19	MET	MET	ILE	ILE	1	A	A	80 - 85	81 - 86
2	19	MET	MET	ILE	ILE	1	B	B	80 - 85	81 - 86
3	19	MET	MET	ILE	ILE	1	C	C	80 - 85	81 - 86
1	20	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	86	87
2	20	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	86	87
3	20	LYS	LYS	LYS	LYS	3	C	C	86	87
1	21	LYS	LYS	LYS	LYS	1	A	A	87	88
2	21	LYS	LYS	LYS	LYS	1	B	B	87	88
3	21	LYS	LYS	LYS	LYS	1	C	C	87	88
1	22	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	88	89
2	22	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	88	89
3	22	LYS	LYS	LYS	LYS	3	C	C	88	89
1	23	THR	THR	LEU	LEU	1	A	A	89 - 98	90 - 99
2	23	THR	THR	LEU	LEU	1	B	B	89 - 98	90 - 99
3	23	THR	THR	LEU	LEU	1	C	C	89 - 98	90 - 99
1	24	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	99 - 100	100 - 101
2	24	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	99 - 100	100 - 101
3	24	LYS	LYS	LYS	LYS	3	C	C	99 - 100	100 - 101
1	25	ALA	ALA	ASN	ASN	1	A	A	101 - 103	102 - 104
2	25	ALA	ALA	ASN	ASN	1	B	B	101 - 103	102 - 104
3	25	ALA	ALA	ASN	ASN	1	C	C	101 - 103	102 - 104

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Cytochrome c 分子量: 11751.635 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: Heart / 参照: UniProt: P00004
#2: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
#3: 化合物	... ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: High concentration of NaNO3 and 10% Ditionite in the wells, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→69.01 Å / Num. obs: 31828 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
REFMAC	5	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HRC

1hrc

解像度: 1.75→69.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 2.74 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24761	1697	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18558	-	-	-
obs	0.18863	31828	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.894 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	-0.15 Å²	0 Å²
2-	-	-0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→69.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2478	0	217	507	3202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	2754
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.742	2.143	3684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.159	5	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.338	25.294	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.05	15	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.189	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	351
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	369
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.271	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.227	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.104	1.5	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.6	2	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.591	3	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.975	4.5	1206

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	85	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	85	tight positional	0.05	0.05
1	3	C	85	tight positional	0.05	0.05
2	1	A	4	tight positional	0.01	0.05
2	2	B	4	tight positional	0.03	0.05
2	3	C	4	tight positional	0.03	0.05
3	1	A	20	tight positional	0.04	0.05
3	2	B	20	tight positional	0.03	0.05
3	3	C	20	tight positional	0.03	0.05
4	1	A	4	tight positional	0.03	0.05
4	2	B	4	tight positional	0.02	0.05
4	3	C	4	tight positional	0.02	0.05
5	1	A	30	tight positional	0.04	0.05
5	2	B	30	tight positional	0.04	0.05
5	3	C	30	tight positional	0.05	0.05
6	1	A	8	tight positional	0.04	0.05
6	2	B	8	tight positional	0.02	0.05
6	3	C	8	tight positional	0.03	0.05
7	1	A	8	tight positional	0.04	0.05
7	2	B	8	tight positional	0.02	0.05
7	3	C	8	tight positional	0.03	0.05
8	1	A	12	tight positional	0.07	0.05
8	2	B	12	tight positional	0.07	0.05
8	3	C	12	tight positional	0.05	0.05
9	1	A	82	tight positional	0.05	0.05
9	2	B	82	tight positional	0.05	0.05
9	3	C	82	tight positional	0.06	0.05
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10	2	B	4	tight positional	0.01	0.05
10	3	C	4	tight positional	0.02	0.05
11	1	A	86	tight positional	0.05	0.05
11	2	B	86	tight positional	0.05	0.05
11	3	C	86	tight positional	0.05	0.05
12	1	A	8	tight positional	0.05	0.05
12	2	B	8	tight positional	0.03	0.05
12	3	C	8	tight positional	0.05	0.05
13	1	A	50	tight positional	0.04	0.05
13	2	B	50	tight positional	0.03	0.05
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14	2	B	12	tight positional	0.04	0.05
14	3	C	12	tight positional	0.04	0.05
15	1	A	76	tight positional	0.04	0.05
15	2	B	76	tight positional	0.04	0.05
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16	1	A	8	tight positional	0.04	0.05
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21	1	A	9	tight positional	0.04	0.05
21	2	B	9	tight positional	0.03	0.05
21	3	C	9	tight positional	0.03	0.05
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2	2	B	5	loose positional	0.9	5
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6	2	B	10	loose positional	1.06	5
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10	1	A	5	loose positional	0.23	5
10	2	B	5	loose positional	0.38	5
10	3	C	5	loose positional	0.17	5
12	1	A	9	loose positional	1.35	5
12	2	B	9	loose positional	0.66	5
12	3	C	9	loose positional	0.71	5
14	1	A	15	loose positional	1.03	5
14	2	B	15	loose positional	0.8	5
14	3	C	15	loose positional	1.33	5
16	1	A	10	loose positional	0.29	5
16	2	B	10	loose positional	0.28	5
16	3	C	10	loose positional	0.37	5
18	1	A	5	loose positional	0.12	5
18	2	B	5	loose positional	0.26	5
18	3	C	5	loose positional	0.19	5
20	1	A	5	loose positional	1.22	5
20	2	B	5	loose positional	1.05	5
20	3	C	5	loose positional	2.26	5
22	1	A	5	loose positional	1.16	5
22	2	B	5	loose positional	0.39	5
22	3	C	5	loose positional	1.11	5
24	1	A	10	loose positional	0.61	5
24	2	B	10	loose positional	0.46	5
24	3	C	10	loose positional	0.33	5
1	1	A	85	tight thermal	0.31	0.5
1	2	B	85	tight thermal	0.3	0.5
1	3	C	85	tight thermal	0.33	0.5
2	1	A	4	tight thermal	0.18	0.5
2	2	B	4	tight thermal	0.33	0.5
2	3	C	4	tight thermal	0.4	0.5
3	1	A	20	tight thermal	0.42	0.5
3	2	B	20	tight thermal	0.29	0.5
3	3	C	20	tight thermal	0.33	0.5
4	1	A	4	tight thermal	0.56	0.5
4	2	B	4	tight thermal	0.36	0.5
4	3	C	4	tight thermal	0.33	0.5
5	1	A	30	tight thermal	0.34	0.5
5	2	B	30	tight thermal	0.32	0.5
5	3	C	30	tight thermal	0.33	0.5
6	1	A	8	tight thermal	0.59	0.5
6	2	B	8	tight thermal	0.27	0.5
6	3	C	8	tight thermal	0.4	0.5
7	1	A	8	tight thermal	0.37	0.5
7	2	B	8	tight thermal	0.28	0.5
7	3	C	8	tight thermal	0.37	0.5
8	1	A	12	tight thermal	0.39	0.5
8	2	B	12	tight thermal	0.39	0.5
8	3	C	12	tight thermal	0.41	0.5
9	1	A	82	tight thermal	0.31	0.5
9	2	B	82	tight thermal	0.33	0.5
9	3	C	82	tight thermal	0.28	0.5
10	1	A	4	tight thermal	0.19	0.5
10	2	B	4	tight thermal	0.15	0.5
10	3	C	4	tight thermal	0.15	0.5
11	1	A	86	tight thermal	0.26	0.5
11	2	B	86	tight thermal	0.29	0.5
11	3	C	86	tight thermal	0.28	0.5
12	1	A	8	tight thermal	0.21	0.5
12	2	B	8	tight thermal	0.16	0.5
12	3	C	8	tight thermal	0.32	0.5
13	1	A	50	tight thermal	0.22	0.5
13	2	B	50	tight thermal	0.19	0.5
13	3	C	50	tight thermal	0.21	0.5
14	1	A	12	tight thermal	0.38	0.5
14	2	B	12	tight thermal	0.29	0.5
14	3	C	12	tight thermal	0.2	0.5
15	1	A	76	tight thermal	0.27	0.5
15	2	B	76	tight thermal	0.28	0.5
15	3	C	76	tight thermal	0.31	0.5
16	1	A	8	tight thermal	0.3	0.5
16	2	B	8	tight thermal	0.24	0.5
16	3	C	8	tight thermal	0.25	0.5
17	1	A	38	tight thermal	0.24	0.5
17	2	B	38	tight thermal	0.24	0.5
17	3	C	38	tight thermal	0.3	0.5
18	1	A	4	tight thermal	0.21	0.5
18	2	B	4	tight thermal	0.28	0.5
18	3	C	4	tight thermal	0.15	0.5
19	1	A	44	tight thermal	0.31	0.5
19	2	B	44	tight thermal	0.31	0.5
19	3	C	44	tight thermal	0.3	0.5
20	1	A	4	tight thermal	0.18	0.5
20	2	B	4	tight thermal	0.15	0.5
20	3	C	4	tight thermal	0.27	0.5
21	1	A	9	tight thermal	0.3	0.5
21	2	B	9	tight thermal	0.18	0.5
21	3	C	9	tight thermal	0.24	0.5
22	1	A	4	tight thermal	0.17	0.5
22	2	B	4	tight thermal	0.46	0.5
22	3	C	4	tight thermal	0.33	0.5
23	1	A	85	tight thermal	0.32	0.5
23	2	B	85	tight thermal	0.28	0.5
23	3	C	85	tight thermal	0.35	0.5
24	1	A	8	tight thermal	0.23	0.5
24	2	B	8	tight thermal	0.24	0.5
24	3	C	8	tight thermal	0.42	0.5
25	1	A	20	tight thermal	0.3	0.5
25	2	B	20	tight thermal	0.28	0.5
25	3	C	20	tight thermal	0.35	0.5
2	1	A	5	loose thermal	2.13	10
2	2	B	5	loose thermal	0.71	10
2	3	C	5	loose thermal	2.25	10
4	1	A	5	loose thermal	3.42	10
4	2	B	5	loose thermal	1.44	10
4	3	C	5	loose thermal	2.64	10
6	1	A	10	loose thermal	3.21	10
6	2	B	10	loose thermal	2.03	10
6	3	C	10	loose thermal	2.86	10
8	1	A	16	loose thermal	2.71	10
8	2	B	16	loose thermal	2	10
8	3	C	16	loose thermal	1.7	10
10	1	A	5	loose thermal	2.12	10
10	2	B	5	loose thermal	2.81	10
10	3	C	5	loose thermal	0.92	10
12	1	A	9	loose thermal	1.74	10
12	2	B	9	loose thermal	1.65	10
12	3	C	9	loose thermal	2.34	10
14	1	A	15	loose thermal	2.56	10
14	2	B	15	loose thermal	2.61	10
14	3	C	15	loose thermal	1.67	10
16	1	A	10	loose thermal	1.26	10
16	2	B	10	loose thermal	0.91	10
16	3	C	10	loose thermal	1.77	10
18	1	A	5	loose thermal	1.36	10
18	2	B	5	loose thermal	0.53	10
18	3	C	5	loose thermal	1.35	10
20	1	A	5	loose thermal	2.93	10
20	2	B	5	loose thermal	2.77	10
20	3	C	5	loose thermal	1.84	10
22	1	A	5	loose thermal	1.97	10
22	2	B	5	loose thermal	3.54	10
22	3	C	5	loose thermal	1.83	10
24	1	A	10	loose thermal	2.29	10
24	2	B	10	loose thermal	2.92	10
24	3	C	10	loose thermal	1.34	10

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	111	-
R_work	0.264	2314	-
obs	-	-	99.59 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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