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- PDB-3o14: Crystal structure of an anti-ECFsigma factor, ChrR (Maqu_0586) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o14
タイトルCrystal structure of an anti-ECFsigma factor, ChrR (Maqu_0586) from MARINOBACTER AQUAEOLEI VT8 at 1.70 A resolution
要素Anti-ECFsigma factor, ChrR
キーワードGENE REGULATION / CHRR / CUPIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


ChrR-like cupin domain / ChrR Cupin-like domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINIC ACID / Anti-ECFsigma factor, ChrR
類似検索 - 構成要素
生物種Marinobacter aquaeolei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an anti-ECFsigma factor, ChrR (Maqu_0586) from Marinobacter aquaeolei VT8 at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-ECFsigma factor, ChrR
B: Anti-ECFsigma factor, ChrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,01526
ポリマ－49,2872
非ポリマー1,72724
水10,016556
1
A: Anti-ECFsigma factor, ChrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,58314
ポリマ－24,6441
非ポリマー93913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Anti-ECFsigma factor, ChrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,43212
ポリマ－24,6441
非ポリマー78811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.105, 45.773, 65.892
Angle α, β, γ (deg.)75.960, 71.080, 63.350
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS AND SIZE-EXCLUSION CHROMATOGRAPHY IN COMBINATION WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Anti-ECFsigma factor, ChrR


分子量: 24643.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinobacter aquaeolei (バクテリア)
株: ATCC 700491 / DSM 11845 / VT8 / 遺伝子: Maqu_0586 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A1TY68

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非ポリマー , 5種, 580分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NIO / NICOTINIC ACID / ニコチン酸


分子量: 123.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.9
詳細: 0.2000M lithium sulfate, 2.5000M ammonium sulfate, 0.1M CAPS pH 10.9, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97936
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月13日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979361
反射解像度: 1.7→29.402 Å / Num. all: 46352 / Num. obs: 46352 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 11.168 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.7-1.740.3172.4675133940.31795.8
1.74-1.790.2572.9645932570.25796.2
1.79-1.840.222.3640632310.2296.4
1.84-1.90.1824.1630931750.18296.5
1.9-1.960.1544.6598330090.15496.6
1.96-2.030.1255.9581529210.12597
2.03-2.110.1056.6574228810.10597.1
2.11-2.190.0976.2545827400.09797.1
2.19-2.290.0858.1524126340.08597.6
2.29-2.40.0778.6503625270.07797.7
2.4-2.530.0778.5483524300.07797.9
2.53-2.690.0718.9449822580.07198
2.69-2.870.0610.3428021460.0698.1
2.87-3.10.05112.2398920030.05198.6
3.1-3.40.04313.1369818570.04398.5
3.4-3.80.051.3333916780.0599
3.8-4.390.03713.1295614820.03798.9
4.39-5.380.0379.6246612370.03799
5.38-7.60.04212.419599810.04299.4
7.6-29.4020.0469.410205110.04697.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
SCALA3.3.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.402 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / SU B: 3.614 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.101
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 6. X-RAY FLUORESCENCE EXCITATION AND WAVELENGTH SCANS AND ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS SUPPORT THE MODELING OF ZINC (ZN) IONS. GEOMETRIC RESTRAINTS WERE INCLUDED BETWEEN THE ZINC IONS AND THE COORDINATING ATOMS FROM THE GLUTAMATE AND HISTIDINE SIDE CHAINS. 7. SULFATE (SO4) AND 1,2-ETHANEDIOL (EDO) FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYOPROTECTION SOLUTION ARE MODELED. 8. NICOTINIC ACID (NIO) IS MODELED BASED ON THE SHAPE OF THE DENSITY AND HYDROGEN BOND DONOR/ACCEPTOR LOCATIONS. IT COULD BE SOME OTHER SIMILAR COMPOUND.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1872 2349 5.1 %RANDOM
Rwork0.1522 ---
obs0.154 46346 97.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.8 Å2 / Biso mean: 15.2051 Å2 / Biso min: 3.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å2-0.53 Å2-0.26 Å2
2--0.27 Å20.13 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.402 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3383 0 100 556 4039
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223691
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.9715006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90836159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9985487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.70123.929168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.43615588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5021529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7771.52269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2281.5929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35723681
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.33631422
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7374.51302
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 158 -
Rwork0.216 3222 -
all-3380 -
obs--95.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.87970.24180.2250.69810.2030.4419-0.02670.04730.0090.01680.0004-0.01710.00030.0190.02630.00920.0040.01150.02370.01130.033351.3725.98523.974
20.69260.03270.0560.61350.18050.5391-0.00540.01770.0053-0.0146-0.0120.0132-0.00690.00890.01740.00710.00610.00810.00990.00890.036561.26511.13755.107
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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