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- PDB-3o0r: Crystal structure of nitric oxide reductase from Pseudomonas aeru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o0r
タイトルCrystal structure of nitric oxide reductase from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment
要素
  • (Nitric oxide reductase subunit ...) x 2
  • (antibody fab fragment ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM/OXIDOREDUCTASE / oxidoreductase / electron transport / heme / iron / membrane / cytoplasmic membrane / IMMUNE SYSTEM-OXIDOREDUCTASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide reductase (cytochrome c) / nitric oxide reductase activity / denitrification pathway / cytochrome-c oxidase activity / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I ...: / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN ATOM / Nitric oxide reductase subunit C / Nitric oxide reductase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hino, T. / Matsumoto, Y. / Nagano, S. / Sugimoto, H. / Fukumori, Y. / Murata, T. / Iwata, S. / Shiro, Y.
引用ジャーナル: Science / : 2010
タイトル: Structural basis of biological N2O generation by bacterial nitric oxide reductase
著者: Hino, T. / Matsumoto, Y. / Nagano, S. / Sugimoto, H. / Fukumori, Y. / Murata, T. / Iwata, S. / Shiro, Y.
履歴
登録2010年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月16日Group: Derived calculations
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: antibody fab fragment light chain
H: antibody fab fragment heavy chain
B: Nitric oxide reductase subunit B
C: Nitric oxide reductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,37910
ポリマ-116,4164
非ポリマー1,9636
3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16190 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area39390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.470, 104.520, 195.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
Nitric oxide reductase subunit ... , 2種, 2分子 BC

#3: タンパク質 Nitric oxide reductase subunit B / Nitric oxide reductase cytochrome b subunit / NOR large subunit


分子量: 52215.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / : PAO1 / 参照: UniProt: Q59647, nitric-oxide reductase
#4: タンパク質 Nitric oxide reductase subunit C / Nitric oxide reductase cytochrome c subunit / NOR small subunit


分子量: 16374.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / : PAO1 / 参照: UniProt: Q59646, nitric-oxide reductase

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 antibody fab fragment light chain


分子量: 23735.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 antibody fab fragment heavy chain


分子量: 24089.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 6種, 178分子

#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Fe
#7: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : O
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#9: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C34H34FeN4O4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE RESIDUE 301 ARG IN UNP Q59647 IS MISSING IN THE STRUCTURE ACCORDING TO AUTHORS' SEQUENCING DATA.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 24% PEG 400, 0.1M sodium citrate, 50mM sodium chloride, 20mM magnesium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11
シンクロトロンSPring-8 BL26B221.9
シンクロトロンSPring-8 BL41XU31.74
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX225HE1CCD2009年7月17日
RAYONIX MX-2252CCD2010年4月25日
RAYONIX MX225HE3CCD2010年6月8日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Rotated-inclined double-crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Rotated-inclined double-crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.91
31.741
Reflection冗長度: 11.9 % / Av σ(I) over netI: 5.65 / : 530738 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.094 / Χ2: 2.31 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 44758 / % possible obs: 96.8
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsRsym valueChi squaredRedundancy
7.595096.20.0390.0342.73212.7
6.037.591000.0570.0442.64613.9
5.276.031000.0720.1112.94513
4.795.2799.70.0720.0752.96412.7
4.444.7999.40.0740.0742.74312.6
4.184.4499.90.0830.1172.4812.6
3.974.1899.60.1010.1842.33212.6
3.83.9799.60.1370.3162.2512.7
3.653.899.80.170.4891.89712.6
3.533.6599.50.1950.7862.00612.7
3.423.5399.50.2512.04812.6
3.323.4299.60.3062.08912.6
3.233.3299.40.3952.30712.3
3.153.2399.20.4421.90511.8
3.083.1598.50.4992.48611
3.023.0897.20.5772.03510.4
2.963.0293.70.5591.7959.9
2.92.9689.40.5651.8439.4
2.852.984.70.6671.7118.9
2.82.8581.40.6341.9688.1
反射解像度: 2.7→41.514 Å / Num. all: 50332 / Num. obs: 50332 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.7-2.854.20.78610.7861,2,399
2.85-3.024.20.4891.50.4891,2,398.8
3.02-3.234.20.3162.40.3161,2,398.7
3.23-3.494.20.1843.90.1841,2,398.2
3.49-3.824.20.11760.1171,2,398.2
3.82-4.274.20.0748.70.0741,2,397.7
4.27-4.934.20.0757.60.0751,2,397.2
4.93-6.044.20.1115.30.1111,2,396.7
6.04-8.544.20.044130.0441,2,395.8
8.54-41.5143.80.03417.80.0341,2,387.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 56.55 / Model details: Phaser MODE: MR_RNP
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 44644
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
12.52-10060.50.532514
9.66-12.5258.80.79652
8.15-9.6660.40.777782
7.18-8.1563.90.802913
6.49-7.1864.90.777990
5.97-6.4969.30.7621095
5.55-5.9769.60.781173
5.21-5.5564.60.8151254
4.93-5.2169.70.8261305
4.69-4.9367.50.8271388
4.48-4.6966.10.8511443
4.3-4.48660.8611521
4.14-4.368.50.8451560
3.99-4.1468.40.8281618
3.86-3.9966.40.8341673
3.74-3.8672.50.8261728
3.63-3.7470.60.8431780
3.53-3.6372.70.8481838
3.44-3.5375.50.8411886
3.35-3.4474.80.8521913
3.28-3.3575.30.8351974
3.2-3.2876.10.8212008
3.13-3.279.80.8112019
3.07-3.1378.30.7842075
3.01-3.0780.80.7762088
2.95-3.0182.70.7622024
2.9-2.9581.40.7531964
2.8-2.982.40.6193466

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
直接法6.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 25.773 / SU ML: 0.241 / SU R Cruickshank DPI: 0.3943 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.394 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24739 2559 5.1 %RANDOM
Rwork0.18523 ---
obs0.18828 47669 97.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 83.756 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8060 0 132 172 8364
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0228453
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9131.9911542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.97851025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84823.204334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.656151304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7551536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.21249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7271.55104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38428224
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17633349
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2234.53318
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 203 -
Rwork0.317 3464 -
obs--98.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.022-1.5820.65653.840.50831.6518-0.17890.5830.0401-0.46040.2025-0.2597-0.28650.4701-0.02360.2324-0.1050.01810.7015-0.23740.468234.695-14.285-0.651
22.98641.00821.4154.89212.72914.4231-0.24470.30130.2749-0.3294-0.13610.4765-0.4292-0.46130.38090.16930.0157-0.07870.5965-0.2230.560113.374-10.9180.285
31.67720.079-0.00643.58512.94414.5059-0.0691-0.14290.3375-0.1966-0.09980.2733-1.20570.15090.16890.7944-0.0664-0.130.1955-0.14210.399624.4925.68435.122
41.3444-0.304-0.788612.41726.64054.4783-0.0925-0.46270.05672.6045-0.42420.41120.8401-0.15290.51661.3023-0.1180.05930.7873-0.16830.507119.39217.07657.012
59.01082.2163.5324.44332.41916.2371-0.19890.1099-0.0535-0.64410.0930.01770.054-0.10320.10590.2409-0.01140.05860.4355-0.1770.404726.439-44.091-21.721
64.017-1.1193-0.9885.01671.32833.4188-0.316-0.4953-0.6942-0.23470.06120.09740.64720.08520.25470.2294-0.0180.07090.674-0.09840.519816.238-47.091-10.313
73.7275-0.75930.50754.10582.15365.337-0.0387-0.1305-0.52680.76770.0775-0.04550.60230.8558-0.03870.47970.0342-0.12520.2707-0.1220.59230.425-2.34328.27
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3B10 - 458
4X-RAY DIFFRACTION3B801 - 803
5X-RAY DIFFRACTION3C804
6X-RAY DIFFRACTION4C5 - 37
7X-RAY DIFFRACTION5L110 - 213
8X-RAY DIFFRACTION6H115 - 214
9X-RAY DIFFRACTION7C38 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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