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- PDB-3o0g: Crystal Structure of Cdk5:p25 in complex with an ATP analogue -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o0g
タイトルCrystal Structure of Cdk5:p25 in complex with an ATP analogue
要素
  • Cell division protein kinase 5
  • Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE ACTIVATOR / kinase / Kinase activator complex / kinase inhibitor complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE ACTIVATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


superior olivary nucleus maturation / protein kinase 5 complex / acetylcholine receptor activator activity / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / contractile muscle fiber / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / neuron cell-cell adhesion / Activated NTRK2 signals through CDK5 ...superior olivary nucleus maturation / protein kinase 5 complex / acetylcholine receptor activator activity / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / contractile muscle fiber / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / neuron cell-cell adhesion / Activated NTRK2 signals through CDK5 / layer formation in cerebral cortex / negative regulation of axon extension / protein localization to synapse / receptor catabolic process / regulation of synaptic vesicle cycle / corpus callosum development / cerebellar cortex formation / regulation of dendritic spine morphogenesis / CRMPs in Sema3A signaling / NGF-stimulated transcription / synaptic transmission, dopaminergic / ErbB-3 class receptor binding / negative regulation of protein export from nucleus / axon extension / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / axonal fasciculation / motor neuron axon guidance / calcium ion import / regulation of synaptic vesicle recycling / embryo development ending in birth or egg hatching / dendrite morphogenesis / regulation of neuron differentiation / receptor clustering / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / synaptic vesicle transport / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / tau-protein kinase activity / protein kinase activator activity / beta-tubulin binding / central nervous system neuron development / oligodendrocyte differentiation / synaptic vesicle exocytosis / behavioral response to cocaine / negative regulation of cell cycle / synaptic vesicle endocytosis / DARPP-32 events / positive regulation of protein targeting to membrane / ephrin receptor signaling pathway / alpha-tubulin binding / regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of macroautophagy / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Schwann cell development / phosphorylation / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / skeletal muscle tissue development / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ionotropic glutamate receptor binding / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of microtubule polymerization / synapse assembly / sensory perception of pain / NPAS4 regulates expression of target genes / ephrin receptor binding / regulation of cell migration / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / cell-matrix adhesion / axonogenesis / protein serine/threonine kinase activator activity / cerebellum development / excitatory postsynaptic potential / filopodium / axon guidance / synaptic transmission, glutamatergic / hippocampus development / negative regulation of proteolysis / regulation of actin cytoskeleton organization / peptidyl-threonine phosphorylation / intracellular protein transport / neuron migration / brain development / Hsp90 protein binding / neuromuscular junction / visual learning / tau protein binding / regulation of synaptic plasticity / neuron differentiation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / actin filament binding / rhythmic process / p53 binding / cell junction / lamellipodium / kinase activity / presynapse / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 5 activator / Cyclin-dependent kinase 5 activator protein / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin-like superfamily / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Cyclin-dependent kinase 5 activator / Cyclin-dependent kinase 5 activator protein / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin-like superfamily / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3O0 / Cyclin-dependent kinase 5 / Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Mapelli, M.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2005
タイトル: Defining Cdk5 ligand chemical space with small molecule inhibitors of Tau phosphorylation
著者: Ahn, J.S. / Radhakrishnan, M.L. / Mapelli, M. / Choi, S. / Tidor, B. / Cuny, G.D. / Musacchio, A. / Yeh, L. / Kosik, S.K.
履歴
登録2010年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein kinase 5
D: Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
B: Cell division protein kinase 5
E: Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5075
ポリマ－101,1334
非ポリマー3751
水4,216234
1
A: Cell division protein kinase 5
D: Cyclin-dependent kinase 5 activator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5662
ポリマ－50,5662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
2
B: Cell division protein kinase 5
E: Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9413
ポリマ－50,5662
非ポリマー3751
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.124, 117.124, 155.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein kinase 5 / Cyclin-dependent kinase 5 / Tau protein kinase II catalytic subunit / TPKII catalytic subunit / ...Cyclin-dependent kinase 5 / Tau protein kinase II catalytic subunit / TPKII catalytic subunit / Serine/threonine-protein kinase PSSALRE


分子量: 33349.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Cdk5 / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00535, cyclin-dependent kinase
#2: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 5 activator 1 / CDK5 activator 1 / Cyclin-dependent kinase 5 regulatory subunit 1 / TPKII regulatory subunit / ...CDK5 activator 1 / Cyclin-dependent kinase 5 regulatory subunit 1 / TPKII regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase 5 activator 1 / p25 / p25 / Tau protein kinase II 23 kDa subunit / p23


分子量: 17216.852 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 146-293 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: p25 / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15078
#3: 化合物 ChemComp-3O0 / {4-amino-2-[(4-chlorophenyl)amino]-1,3-thiazol-5-yl}(3-nitrophenyl)methanone


分子量: 374.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H11ClN4O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.66 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: PEG 3350, KI, Bis-Tris Propane, pH 7, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→25 Å / Num. obs: 88794 / % possible obs: 98.6 % / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.29

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.1.24精密化
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H4L

1h4l


解像度: 1.95→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.598 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25626 4474 5 %RANDOM
Rwork0.22613 ---
obs0.22763 84271 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.947 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20.19 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6846 0 25 234 7105
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0217033
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.181.9769523
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1175844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.23350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5231.54260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it126889
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.65432773
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.494.52634
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.951→2.001 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.289 284
Rwork0.263 5433
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1724-0.4923-0.43662.26390.73461.7777-0.0159-0.0979-0.04-0.05930.0231-0.15520.14150.1101-0.00720.00230.0017-0.01010.05590.00730.050246.828730.359633.2754
23.01631.4407-0.6262.7103-0.8553.0111-0.21520.3751-0.1418-0.28750.1363-0.16960.2433-0.04620.07890.0607-0.09580.00330.1520.00270.0789-18.057360.731269.4907
31.1738-1.32330.65844.1318-0.59691.9025-0.0473-0.1325-0.00220.18360.1190.25090.0057-0.1438-0.07160.0878-0.03310.0040.05620.03520.048348.09731.045843.271
43.5588-2.760.49588.8314-1.00234.27620.04630.0565-0.8237-0.14920.1196-0.39130.90660.6305-0.16590.6211-0.0410.10490.4852-0.13560.6763-13.335428.35368.4874
529.81464.861-14.054621.503912.862218.9353-0.35190.0911-0.7526-0.3009-0.4604-1.00750.2956-0.30710.81230.2260.00020.00620.2229-0.00260.2216-5.949660.19660.8667
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 82
2X-RAY DIFFRACTION1A83 - 289
3X-RAY DIFFRACTION2B6 - 82
4X-RAY DIFFRACTION2B83 - 288
5X-RAY DIFFRACTION3D145 - 293
6X-RAY DIFFRACTION4E145 - 293
7X-RAY DIFFRACTION5M1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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