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- PDB-3o0e: Crystal structure of OmpF in complex with colicin peptide OBS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o0e
タイトルCrystal structure of OmpF in complex with colicin peptide OBS1
要素
  • Colicin-E9
  • Porin OmpF
キーワードMEMBRANE PROTEIN / porin / complex / colicin
機能・相同性
機能・相同性情報


colicin transmembrane transporter activity / extrachromosomal circular DNA / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / disordered domain specific binding ...colicin transmembrane transporter activity / extrachromosomal circular DNA / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / disordered domain specific binding / protein transport / endonuclease activity / monoatomic ion transmembrane transport / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / protein domain specific binding / lipid binding / protein-containing complex / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site ...Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin / His-Me finger superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Porin OmpF / Outer membrane porin F / Colicin-E9
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Wojdyla, J.A. / Housden, N.G. / Korczynska, J. / Grishkovskaya, I. / Kirkpatrick, N. / Brzozowski, A.M. / Kleanthous, C.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Directed epitope delivery across the Escherichia coli outer membrane through the porin OmpF.
著者: Housden, N.G. / Wojdyla, J.A. / Korczynska, J. / Grishkovskaya, I. / Kirkpatrick, N. / Brzozowski, A.M. / Kleanthous, C.
履歴
登録2010年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.02021年5月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / cell / chem_comp / diffrn / entity / entity_src_nat / exptl_crystal_grow / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_asym / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_ncs_ens / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen / symmetry
Item: _cell.volume / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._cell.volume / _chem_comp.pdbx_synonyms / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.SG_entry / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_all / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.occupancy_max / _refine.occupancy_min / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.d_resolution_low / _reflns.number_all / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_ncs_ens.id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.id / _struct_sheet_range.sheet_id / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Model orientation/position
詳細: The direction of OBS1 peptide was re-built, following new experimental data that shows the directionality in which the peptide binds within the OmpF pore.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_ls_shell
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_ls_shell.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Porin OmpF
B: Porin OmpF
C: Porin OmpF
D: Porin OmpF
E: Porin OmpF
F: Porin OmpF
L: Colicin-E9
M: Colicin-E9
N: Colicin-E9
O: Colicin-E9
P: Colicin-E9
Q: Colicin-E9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,78518
ポリマ－232,03112
非ポリマー1,7546
水75742
1
A: Porin OmpF
C: Porin OmpF
E: Porin OmpF
L: Colicin-E9
N: Colicin-E9
P: Colicin-E9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8929
ポリマ－116,0156
非ポリマー8773
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Porin OmpF
D: Porin OmpF
F: Porin OmpF
M: Colicin-E9
O: Colicin-E9
Q: Colicin-E9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8929
ポリマ－116,0156
非ポリマー8773
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.491, 101.618, 162.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"
d_1ens_2(chain "L" and resid 2 through 14)
d_2ens_2chain "M"
d_3ens_2chain "N"
d_4ens_2(chain "O" and resid 2 through 14)
d_5ens_2chain "P"
d_6ens_2(chain "Q" and resid 2 through 14)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAPHEA1 - 340
d_12ens_1BOGBOGB
d_21ens_1ALAPHEC1 - 340
d_22ens_1BOGBOGD
d_31ens_1ALAPHEE1 - 340
d_32ens_1BOGBOGF
d_41ens_1ALAPHEG1 - 340
d_42ens_1BOGBOGH
d_51ens_1ALAPHEI1 - 340
d_52ens_1BOGBOGJ
d_61ens_1ALAPHEK1 - 340
d_62ens_1BOGBOGL
d_11ens_2SERHISM1 - 13
d_21ens_2SERHISN1 - 13
d_31ens_2SERHISO1 - 13
d_41ens_2SERHISP1 - 13
d_51ens_2SERHISQ1 - 13
d_61ens_2SERHISR1 - 13

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

-
要素

#1: タンパク質
Porin OmpF


分子量: 37114.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BE3000 / 参照: UniProt: A0A418U3R0, UniProt: P02931*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
Colicin-E9


分子量: 1557.523 Da / 分子数: 6 / Fragment: UNP Residues 2-18 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P09883, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, sitting drop vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9689 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9689 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20.12 Å / Num. obs: 47846 / % possible obs: 72.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 87.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.232 / Num. unique obs: 65923 / % possible all: 17.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OPF

1opf


解像度: 3.01→20 Å / SU ML: 0.4608 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 37.4756
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3025 2393 5.04 %RANDOM
Rwork0.2651 45089 --
obs0.2669 47482 73.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16304 0 120 42 16466
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216766
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.518822652
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04332299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00213047
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.07262405
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.551461702759
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.513280466406
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.69942504779
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.575409266954
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.523976899294
ens_2d_2MX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.98341853386
ens_2d_3MX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.93654528727
ens_2d_4MX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.41291642429
ens_2d_5MX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.11676653054
ens_2d_6MX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.79793428353
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.01-3.080.3995250.4368598X-RAY DIFFRACTION16.28
3.08-3.140.3804340.3473784X-RAY DIFFRACTION21.67
3.14-3.210.4267510.3662990X-RAY DIFFRACTION27.58
3.22-3.290.3783670.34781260X-RAY DIFFRACTION34.61
3.3-3.380.3761880.33351591X-RAY DIFFRACTION44.25
3.38-3.480.3879910.33462125X-RAY DIFFRACTION58.69
3.48-3.590.36511550.32542711X-RAY DIFFRACTION75.36
3.59-3.720.33951970.32933180X-RAY DIFFRACTION89.22
3.72-3.870.32691850.30523482X-RAY DIFFRACTION95.67
3.87-4.040.31231690.28833548X-RAY DIFFRACTION97.69
4.04-4.260.36342040.27033542X-RAY DIFFRACTION98.24
4.26-4.520.24171670.24213569X-RAY DIFFRACTION98.26
4.52-4.860.26062000.24093553X-RAY DIFFRACTION97.91
4.86-5.350.28672050.22923559X-RAY DIFFRACTION97.79
5.35-6.10.25842010.22683517X-RAY DIFFRACTION97.51
6.1-7.620.26971720.24973592X-RAY DIFFRACTION97.19
7.62-200.32111820.25573488X-RAY DIFFRACTION93.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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