PDB-3o08: Crystal structure of dimeric KlHxk1 in crystal form I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o08

タイトル

Crystal structure of dimeric KlHxk1 in crystal form I

要素

Hexokinase

キーワード

TRANSFERASE / RNaseH-like fold / Hexokinase / Glycolysis / Glucose repression / ATP binding / Mig1 binding

機能・相同性

機能・相同性情報

mannokinase activity / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity / mannose metabolic process / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Kluyveromyces lactis (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kuettner, E.B. / Kettner, K. / Keim, A. / Kriegel, T.M. / Strater, N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Hexokinase KlHxk1 of Kluyveromyces lactis: A MOLECULAR BASIS FOR UNDERSTANDING THE CONTROL OF YEAST HEXOKINASE FUNCTIONS VIA COVALENT MODIFICATION AND OLIGOMERIZATION.
著者: Kuettner, E.B. / Kettner, K. / Keim, A. / Svergun, D.I. / Volke, D. / Singer, D. / Hoffmann, R. / Muller, E.C. / Otto, A. / Kriegel, T.M. / Strater, N.

履歴

登録	2010年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o08.cif.gz	387.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o08.ent.gz	318.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3o08_validation.pdf.gz	472.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3o08_full_validation.pdf.gz	488.8 KB	表示
XML形式データ	3o08_validation.xml.gz	40.2 KB	表示
CIF形式データ	3o08_validation.cif.gz	57.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/3o08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/3o08	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3o1bC 3o1wC 3o4wC 3o5bC 3o6wC 3o80C 3o8mC 1ig8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3o5b-d 4jax-2 3o1b-1 4jax-3 3o4w-d 3o1w-d 5mzm-d 3tbs-d 4jax-1 3176 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Hexokinase

B: Hexokinase

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.692, 113.219, 91.234
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Hexokinase 分子量: 53672.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 株: CBS2359/152 / 遺伝子: KLLA0D11352g, RAG5 / プラスミド: pTSRAG5 / 発現宿主: Kluyveromyces lactis (酵母) / 株 (発現宿主): JA6-delta-rag5 / 参照: UniProt: P33284, hexokinase
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.19 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.4 詳細: 1MICROL RESERVOIR + 1MICROL PROTEIN; RESERVOIR: 2.5M AMMONIA SULFATE, 0.1M CHES PH 9.4, PROTEIN: 10MG/ML KLHXK1, 10MM TRIS PH 7.4, 1MM EDTA, 1MM DTT, 0.5MM PMSF, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.894 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月10日 / 詳細: Si, coated with 200 layers of Mo/Si
放射	モノクロメーター: Si - 111 triangular crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.894 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. all: 69759 / Num. obs: 69639 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 31.3 Å² / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 5044 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1IG8

1ig8

解像度: 2→29.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 9.753 / SU ML: 0.126 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FULL B FACTORS AND ANISO RECORDS WERE COMPUTED BY CCP4 PROGRAMM TLSANL.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24366	1033	1.5 %	RANDOM
R_work	0.18501	-	-	-
obs	0.18587	68555	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.672 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7391	0	123	400	7914

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	7654
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.017	1.995	10378
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.493	5	948
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.912	25.229	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.828	15	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.938	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.146	0.2	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	5655
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.333	3	4715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.109	4	7621
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.2	6	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.974	9	2757
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	75	-
R_work	0.194	4944	-
obs	-	-	98.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0344	-0.0902	0.2457	1.9617	1.3829	2.276	-0.0684	0.0177	0.0927	0.1717	-0.0537	0.0353	-0.1171	-0.1211	0.1222	0.1126	-0.0142	0.0055	0.0242	0.0066	0.1046	52.9471	24.8589	57.9714
2	3.5423	1.2142	0.9808	1.2064	0.8381	3.7181	-0.1386	0.0674	0.1617	-0.0576	0.0315	-0.084	-0.1878	0.2885	0.1071	0.0758	0.0267	0.0098	0.101	0.0134	0.0971	74.3352	14.7016	39.3399
3	1.4581	0.3809	-1.2909	0.9217	-1.5041	5.6224	-0.1627	0.1613	-0.0311	-0.0543	-0.2185	-0.062	0.156	0.4944	0.3812	0.0189	-0.0136	-0.0019	0.1254	0.0412	0.1286	84.2382	7.2424	80.5412
4	0.732	-0.636	0.6181	3.7748	-2.4709	5.9963	-0.1756	0.0984	0.1915	0.3915	0.0077	-0.0053	-0.9914	-0.3116	0.1678	0.2212	0.0966	-0.03	0.1557	-0.0181	0.1667	63.874	19.426	99.0166

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	210 - 456
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	77 - 209
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	457 - 485
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 76
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	210 - 456
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	77 - 209
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	457 - 485

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)