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- PDB-3nyp: A bimolecular anti-parallel-stranded Oxytricha nova telomeric qua... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nyp
タイトルA bimolecular anti-parallel-stranded Oxytricha nova telomeric quadruplex in complex with a 3,6-disubstituted acridine ligand containing bis-3-fluoropyrrolidine end side chains
要素5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
キーワードDNA / QUADRUPLEX / OXTYRICHA NOVA / BSU-6039 / BSU6039 / ANTI-PARALLEL / BIMOLECULAR / MACROMOLECULE / G-QUADRUPLEX / TELOMERE / ACRIDINE
機能・相同性: / Chem-RNR / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.179 Å
データ登録者Campbell, N.H. / Neidle, S.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Fluorine in medicinal chemistry: beta-fluorination of peripheral pyrrolidines attached to acridine ligands affects their interactions with G-quadruplex DNA.
著者: Campbell, N.H. / Smith, D.L. / Reszka, A.P. / Neidle, S. / O'Hagan, D.
履歴
登録2010年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2637
ポリマ－7,6112
非ポリマー6525
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area3990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.800, 44.460, 28.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-147-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3805.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This telomeric sequence occurs naturally in the organism Oxytricha nova
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-RNR / 3,6-bis(3-(3'-(R)-fluoropyrrolindino)propionamido)acridine / N,N'-acridine-3,6-diylbis{3-[(3R)-3-fluoropyrrolidin-1-yl]propanamide}


分子量: 495.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H31F2N5O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: The 5 Ul drop contained 1.2 mM quadruplex DNA, 1.2 mM ligand, 4% MPD, 4 mM potassium chloride, 4 mM magnesium chloride, 4 mM sodium chloride, 4 mM lithium sulphate, 3.2 mM spermine.4HCl and ...詳細: The 5 Ul drop contained 1.2 mM quadruplex DNA, 1.2 mM ligand, 4% MPD, 4 mM potassium chloride, 4 mM magnesium chloride, 4 mM sodium chloride, 4 mM lithium sulphate, 3.2 mM spermine.4HCl and 16 mM potassium cacodylate buffer at pH 6.5. This was equilibrated against a reservoir well solution of 500 Ul of 45% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9702 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9702 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→21.99 Å / Num. all: 23982 / Num. obs: 23982 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.18-1.243.50.125.71199134230.1297.8
1.24-1.323.60.0897.41191932890.08998.5
1.32-1.413.60.0748.81139131360.07499.2
1.41-1.523.70.0797.71068029140.07999.3
1.52-1.673.70.0629.1993027200.06299.6
1.67-1.863.70.04910.6901924630.04999.3
1.86-2.153.60.04712.2788121860.04799.7
2.15-2.643.30.05410.5611418420.05498.3
2.64-3.733.40.03715.1480814010.03794.5
3.73-20.7482.80.03217.817146080.03268.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1L1H

1l1h


解像度: 1.179→21.99 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / SU ML: 0.13 / σ(F): 0.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1881 1183 5.08 %Random
Rwork0.1647 ---
obs0.1658 23275 94.59 %-
all-23275 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.946 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 56.09 Å2 / Biso mean: 14.8626 Å2 / Biso min: 4.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5525 Å20 Å2-0 Å2
2--1.2304 Å20 Å2
3----2.7829 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.179→21.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 506 40 177 723
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.024609
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.125937
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.14194
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02227
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.085265
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.179-1.23270.28081400.198324402580244086
1.2327-1.29760.22581280.166325972725259790
1.2976-1.37890.19531420.153926732815267393
1.3789-1.48540.21131610.160227432904274395
1.4854-1.63480.1781510.157428112962281197
1.6348-1.87130.16671490.132928703019287098
1.8713-2.35720.17171610.151329053066290599
2.3572-21.99340.17161510.173130533204305398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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