PDB-3ny1: Structure of the ubr-box of the UBR1 ubiquitin ligase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ny1

タイトル

Structure of the ubr-box of the UBR1 ubiquitin ligase

要素

E3 ubiquitin-protein ligase UBR1

キーワード

LIGASE / zinc finger-like / ubiquitin ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-leucine binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / cellular response to L-leucine / negative regulation of TOR signaling / ubiquitin ligase complex / proteasome complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.085 Å

データ登録者

Matta-Camacho, E. / Kozlov, G. / Li, F. / Gehring, K.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis of substrate recognition and specificity in the N-end rule pathway.
著者: Matta-Camacho, E. / Kozlov, G. / Li, F.F. / Gehring, K.

履歴

登録	2010年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ny1.cif.gz	42.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ny1.ent.gz	29.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ny1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ny1_validation.pdf.gz	441.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ny1_full_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示
XML形式データ	3ny1_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	3ny1_validation.cif.gz	10 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/3ny1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/3ny1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ny2C 3ny3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gku-d 6o5w-d 3rdv-4 2mpx-d 4cc3-1 5epj-d 4z89-4 6tno-1 3rdv-3 3ny2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase UBR1

B: E3 ubiquitin-protein ligase UBR1

ヘテロ分子

17.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E3 ubiquitin-protein ligase UBR1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.65 kDa, 1 ポリマー
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2

B: E3 ubiquitin-protein ligase UBR1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.65 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	29.702, 49.262, 43.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.51, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase UBR1 / N-recognin-1 / Ubiquitin-protein ligase E3-alpha-1 / Ubiquitin-protein ligase E3-alpha-I 分子量: 8449.517 Da / 分子数: 2 / 断片: ubr-box, UNP residues 98-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBR1 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8IWV7, ubiquitin-protein ligase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 1.2836 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月28日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2836 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→50 Å / Num. all: 7136 / Num. obs: 7043 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.08→2.12 Å / % possible all: 86.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.085→43.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 10.883 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24783	335	4.5 %	RANDOM
R_work	0.19429	-	-	-
all	0.2	7136	-	-
obs	0.19673	7043	98.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.471 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	0 Å²	-1.66 Å²
2-	-	0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.085→43.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1091	0	6	40	1137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.471	1.91	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.579	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.599	23.585	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.124	15	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.995	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	866
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.499	1.5	702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.94	2	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.707	3	415
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.764	4.5	381

LS精密化シェル

解像度: 2.085→2.139 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	26	-
R_work	0.257	441	-
obs	-	-	84.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3677	0.2726	1.7859	0.065	0.3329	2.3828	-0.1164	-0.1228	0.1262	0.0341	-0.0541	0.0141	-0.2509	-0.1219	0.1705	0.2944	-0.0583	-0.0699	0.0703	0.0038	0.085	-10.7122	12.2191	8.3391
2	2.9969	1.0268	0.2065	4.1707	1.5507	5.7531	-0.0852	0.1816	0.1576	0.1797	-0.098	-0.0144	-0.354	-0.0353	0.1832	0.0965	-0.0015	-0.0319	0.0515	0.0353	0.0801	-15.9845	7.8663	-2.9001
3	2.3644	-0.493	7.134	3.2214	4.7475	35.1717	-0.1456	-0.3947	-0.0587	0.1546	0.1463	0.2216	-0.88	-0.7954	-0.0006	0.3108	-0.136	0.1429	0.1714	-0.047	0.0949	-22.1535	11.711	0.9399
4	3.4932	0.1591	-0.0151	2.6899	-0.1702	6.2654	-0.0616	0.1965	0.0561	0.0735	-0.0965	-0.1831	0.0704	0.3275	0.1581	0.0858	-0.0022	-0.046	0.0943	0.0437	0.1018	-9.569	3.2555	1.0277
5	4.6525	-0.7218	3.013	0.2225	0.3172	12.8739	-0.0232	0.5635	-0.1748	-0.096	-0.019	-0.0366	0.2153	0.3269	0.0422	0.3211	-0.109	0.1481	0.1148	-0.0917	0.1156	1.6602	-3.4459	13.2196
6	2.9345	0.4251	-0.3692	1.8659	-0.119	3.845	-0.0543	-0.0887	-0.1644	-0.1581	0.0219	0.1581	0.1577	-0.1475	0.0324	0.0967	-0.0111	-0.0049	0.0764	0.0082	0.0782	-2.3512	1.0667	22.3923
7	3.9792	-1.6132	-6.995	3.1973	3.5197	12.6583	-0.2827	0.5337	-0.1586	-0.12	0.1282	0.3441	0.5672	-0.908	0.1545	0.1498	-0.0824	-0.1294	0.1495	0.0963	0.3027	-6.7111	-2.9826	23.2145
8	1.9785	0.5416	0.3491	2.3282	0.2416	3.4401	0.0133	0.0764	0.0527	-0.0655	-0.1081	-0.0251	-0.1365	0.2311	0.0948	0.0854	0.0063	-0.0135	0.0934	0.0223	0.0813	3.5312	5.2046	20.3758

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	95 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	110 - 136
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	137 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	145 - 167
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	98 - 110
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	111 - 133
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	134 - 143
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	144 - 167

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関連情報:EMDBヘッダ

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