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- PDB-3nvi: Structure of N-terminal truncated Nop56/58 bound with L7Ae and bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nvi
タイトルStructure of N-terminal truncated Nop56/58 bound with L7Ae and box C/D RNA
要素
  • 50S ribosomal protein L7Ae
  • NOP5/NOP56 related protein
  • RNA (5'-R(*CP*UP*CP*UP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*UP*GP*AP*UP*GP*AP*GP*C)-3')
キーワードTransferase/RNA / Kink turn / ribosome biogenesis / Transferase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D methylation guide snoRNP complex / snoRNA binding / small-subunit processome / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #4070 / Nop domain / : / : / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / Helix hairpin bin domain superfamily / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / Ribosomal protein L7Ae, archaea / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain ...Helix Hairpins - #4070 / Nop domain / : / : / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / Helix hairpin bin domain superfamily / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / Ribosomal protein L7Ae, archaea / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Ribosomal protein L30/S12 / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein eL8 / NOP5/NOP56 related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.709 Å
データ登録者Li, H. / Xue, S. / Wang, R.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
著者: Xue, S. / Wang, R. / Yang, F. / Terns, R.M. / Terns, M.P. / Zhang, X. / Maxwell, E.S. / Li, H.
履歴
登録2010年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Derived calculations
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NOP5/NOP56 related protein
B: 50S ribosomal protein L7Ae
C: NOP5/NOP56 related protein
D: 50S ribosomal protein L7Ae
E: RNA (5'-R(*CP*UP*CP*UP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*UP*GP*AP*UP*GP*AP*GP*C)-3')
F: RNA (5'-R(*CP*UP*CP*UP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*UP*GP*AP*UP*GP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,8586
ポリマ－131,8586
非ポリマー00
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13070 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area36680 Å2
手法PISA
2
A: NOP5/NOP56 related protein
B: 50S ribosomal protein L7Ae
E: RNA (5'-R(*CP*UP*CP*UP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*UP*GP*AP*UP*GP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9293
ポリマ－65,9293
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
3
C: NOP5/NOP56 related protein
D: 50S ribosomal protein L7Ae
F: RNA (5'-R(*CP*UP*CP*UP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*UP*GP*AP*UP*GP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9293
ポリマ－65,9293
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.216, 91.841, 155.603
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 127:372 )
211chain C and (resseq 127:372 )
112chain E and (resseq 2:25 )
212chain F and (resseq 2:25 )
113chain B and (resseq 4:124 )
213chain D and (resseq 4:124 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 NOP5/NOP56 related protein


分子量: 43937.555 Da / 分子数: 2 / 断片: Sequence database residues 1-369 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF0060 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U4M1
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae


分子量: 14243.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF1367, rpl7ae / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U160
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*UP*CP*UP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*UP*GP*AP*UP*GP*AP*GP*C)-3')


分子量: 7747.679 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: box C/D RNA / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM potassium chloride, 5 mM magnesium chloride, 50 mM TrisHCl (pH 7.5), and 4%- 8% PEG4000 or PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンAPS 22-ID11
シンクロトロンAPS 22-BM21
検出器
タイプID検出器
MAR scanner 300 mm plate1IMAGE PLATE
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 34629 / Num. obs: 29910 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.129
反射 シェル解像度: 2.7→50 Å / % possible all: 86.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.709→31.621 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2487 1372 4.9 %
Rwork0.2079 --
obs0.21 27997 80.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.819 Å2 / ksol: 0.287 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4837 Å2-0 Å20 Å2
2---16.7855 Å20 Å2
3---18.2691 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.709→31.621 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5832 1026 0 12 6870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017072
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3419772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1032890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0931142
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071072
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1981X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C1981X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.064
21E513X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22F513X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.034
31B914X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32D914X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7085-2.80530.3455840.32591596X-RAY DIFFRACTION49
2.8053-2.91750.4431220.32942341X-RAY DIFFRACTION72
2.9175-3.05020.38481520.29152801X-RAY DIFFRACTION86
3.0502-3.21090.31241620.25613012X-RAY DIFFRACTION93
3.2109-3.41180.31561530.24233106X-RAY DIFFRACTION94
3.4118-3.67490.2687890.25121978X-RAY DIFFRACTION84
3.6749-4.0440.2511940.2211852X-RAY DIFFRACTION64
4.044-4.62760.231680.16853268X-RAY DIFFRACTION99
4.6276-5.82440.22911640.19133324X-RAY DIFFRACTION99
5.8244-31.62360.20821840.1873347X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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