PDB-3nva: Dimeric form of CTP synthase from Sulfolobus solfataricus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nva

タイトル

Dimeric form of CTP synthase from Sulfolobus solfataricus

要素

CTP synthase

キーワード

LIGASE / Rossmann fold / CTP synthase activity / nucleotide binding

機能・相同性

機能・相同性情報

CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / CTP biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.504 Å

データ登録者

Harris, P. / Willemoes, M. / Lauritsen, I. / Johansson, E. / Jensen, K.F.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of the dimeric form of CTP synthase from Sulfolobus solfataricus
著者: Lauritsen, I. / Willemoes, M. / Jensen, K.F. / Johansson, E. / Harris, P.

履歴

登録	2010年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年4月25日	Group: Database references
改定 1.3	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.4	2018年5月23日	Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.5	2023年11月1日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nva.cif.gz	431.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nva.ent.gz	355.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nva.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nva_validation.pdf.gz	440.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nva_full_validation.pdf.gz	489 KB	表示
XML形式データ	3nva_validation.xml.gz	43.8 KB	表示
CIF形式データ	3nva_validation.cif.gz	60.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/3nva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/3nva	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vcnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zdi-3 1qvo-d 5w7e-d 4uj4-2 4zdi-1 1xpl-d 4zdi-2 6i6r-d 4zdi-4 2vl5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CTP synthase

B: CTP synthase

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.450, 76.780, 98.870
Angle α, β, γ (deg.)	100.990, 95.360, 108.420
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	CTP synthase / UTP-ammonia ligase / CTP synthetase 分子量: 59833.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: pyrG, SSO0201 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q980S6, CTP synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 6% PEG 8000, 0.1M magnesium acetate, 0.1M sodium acetate buffer pH 4.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

MAX II

/ ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月5日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.04 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→27.392 Å / Num. obs: 39001 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 52.979 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 19.93

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.5-2.6	0.375	0.285	4.7	15232	4548	3930	0.33	86.4
2.6-2.8	0.242	0.186	6.8	27601	7154	6941	0.215	97
2.8-3	0.138	0.115	10.4	21051	5446	5288	0.133	97.1
3-4	0.051	0.05	21.3	52276	13613	13257	0.058	97.4
4-5	0.023	0.031	37.9	18209	4814	4713	0.036	97.9
5-6	0.022	0.031	39.2	8054	2151	2108	0.037	98
6-10	0.021	0.03	41.2	8449	2304	2250	0.035	97.7
10-20	0.021	0.028	39.3	1632	638	514	0.034	80.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.74 Å	28.74 Å
Translation	2.74 Å	28.74 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.6.2_432	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VCN

1vcn

解像度: 2.504→27.392 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7673 / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2822	1948	5 %	RANDOM
R_work	0.2068	-	-	-
all	0.2106	39001	-	-
obs	0.2105	38978	96.47 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 65.016 Å² / k_sol: 0.34 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 208.53 Å² / B_iso mean: 60.9652 Å² / B_iso min: 13.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.0189 Å²	-1.7991 Å²	6.4966 Å²
2-	-	4.7526 Å²	-3.1867 Å²
3-	-	-	-10.7715 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.504→27.392 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8382	0	0	147	8529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8532
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.182	11550
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1344
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1472
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.598	5332

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5041-2.5936	0.4323	183	0.3232	3485	3668	90
2.5936-2.6973	0.3511	195	0.2881	3706	3901	97
2.6973-2.82	0.4347	196	0.2713	3734	3930	97
2.82-2.9685	0.3499	195	0.2465	3704	3899	97
2.9685-3.1542	0.324	198	0.2397	3744	3942	97
3.1542-3.3973	0.2982	198	0.2215	3764	3962	98
3.3973-3.7385	0.2961	195	0.2157	3717	3912	97
3.7385-4.2777	0.2615	198	0.1887	3754	3952	98
4.2777-5.3827	0.2302	198	0.1646	3768	3966	98
5.3827-27.3936	0.2221	192	0.1728	3654	3846	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.301	0.0022	-0.9163	2.0041	0.0095	4.393	0.0589	-0.117	0.0702	-0.083	-0.0653	0.5031	0.8008	0.7901	0.0996	0.1551	0.1097	-0.0188	0.1246	0.085	0.2706	9.3581	-13.3699	-1.9831
2	-0.0933	0.0085	0.3336	0.2325	-0.0543	2.5118	-0.1203	0.0858	0.0725	-0.0081	0.0536	-0.0566	0.2005	0.3515	0.0415	0.125	0.0363	-0.0061	0.2155	-0.005	0.2107	5.7882	-9.3962	-13.4916
3	0.254	-0.2108	-0.4378	0.5933	0.0544	2.2737	-0.0797	-0.2032	-0.065	0.1947	-0.0354	0.044	0.9948	0.3718	0.1408	0.4588	0.1723	0.0269	0.207	0.0604	0.256	7.2517	-21.3606	5.086
4	0.1729	-0.292	-0.2262	0.4791	0.1769	0.254	-0.0432	-0.0534	0.0544	0.3498	-0.2079	-0.0088	0.1717	-0.0424	0.1373	0.2045	-0.0642	0.0626	0.1688	-0.1073	0.2297	-12.3932	3.7073	10.9318
5	0.3844	0.034	0.3344	0.6771	-0.7764	1.1971	0.017	-0.3434	0.182	0.3433	-0.4409	-0.2392	-0.7306	-0.247	0.0987	0.3199	0.4477	0.0288	-0.049	-0.0001	0.2401	-16.1143	19.2171	0.2851
6	0.8225	-0.0943	-0.3544	0.1129	-0.337	1.308	0.1976	-0.0266	0.1338	0.147	-0.0139	0.0968	-0.8392	0.0231	-0.1711	0.4617	0.0032	0.0481	0.0347	-0.0019	0.3062	-1.1949	18.2329	4.2741
7	0.3897	0.111	-0.7625	1.7084	-0.273	1.8795	-0.2029	0.3091	-0.0772	-0.023	-0.5068	-0.1803	0.7979	-0.9546	0.4747	0.3862	-0.4028	0.1617	0.7313	-0.1576	0.3158	-15.085	-24.8537	-43.59
8	-0.0231	0.0526	0.3586	0.189	0.5537	2.1681	-0.2209	-0.056	0.0488	0.0653	-0.2061	0.0909	0.255	-0.6994	0.3397	0.1377	-0.095	0.0205	0.3937	-0.0661	0.1859	-11.9681	-13.6033	-35.463
9	0.7347	0.0738	-0.6634	0.7878	-0.0574	2.5076	-0.11	0.3337	-0.1728	-0.0002	-0.2041	0.0298	1.7352	-0.8721	0.2732	0.9864	-0.4514	0.1624	0.4655	-0.1313	0.2809	-12.351	-35.1751	-44.9719
10	1.0737	0.515	-0.4655	1.0395	-0.4048	1.4643	-0.2846	-0.3014	-0.2786	-0.2508	-0.2627	0.0528	0.4806	0.0546	0.3102	0.1678	0.0973	0.0392	0.2096	0.0821	0.1301	6.3007	-15.8293	-63.4452
11	0.2086	0.2364	-0.5169	0.9124	-0.6266	1.1208	-0.0717	-0.3347	-0.124	-0.0603	-0.3673	0.0287	0.0361	0.3595	0.3173	0.1406	-0.0493	-0.0124	0.3454	0.0384	0.2592	9.4968	2.9714	-62.2891
12	0.3507	0.2186	-0.17	0.5899	-0.0926	0.5336	-0.0539	-0.1121	0.0932	-0.1445	0.0239	0.249	0.0018	-0.3194	0.0039	0.1601	0.0659	-0.0694	0.3072	0.0175	0.2234	-5.2738	-0.2614	-64.9364

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 2:31)	A	2 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 32:183)	A	32 - 183
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 184:294)	A	184 - 294
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 295:361)	A	295 - 361
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 362:435)	A	362 - 435
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 436:534)	A	436 - 534
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 2:31)	B	2 - 31
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 32:169)	B	32 - 169
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 170:294)	B	170 - 294
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 295:362)	B	295 - 362
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 363:435)	B	363 - 435
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 436:534)	B	436 - 534

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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