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- PDB-3ntj: Redox regulation of Plasmodium falciparum ornithine delta-aminotr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ntj
タイトルRedox regulation of Plasmodium falciparum ornithine delta-aminotransferase
要素Ornithine aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / ornithine / alpha-ketoglutarate / aminotransferase / PLP-dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutamate and glutamine metabolism / : / ornithine metabolic process / arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ornithine aminotransferase / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...: / Ornithine aminotransferase / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ornithine aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Fritz-Wolf, K. / Jortzik, E. / Stumpf, M. / Becker, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Redox regulation of Plasmodium falciparum ornithine delta-aminotransferase
著者: Jortzik, E. / Fritz-Wolf, K. / Sturm, N. / Hipp, M. / Rahlfs, S. / Becker, K.
履歴
登録2010年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine aminotransferase
B: Ornithine aminotransferase
C: Ornithine aminotransferase
D: Ornithine aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,1138
ポリマ－188,7294
非ポリマー3844
水32418
1
A: Ornithine aminotransferase
B: Ornithine aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5564
ポリマ－94,3642
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8160 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area28660 Å2
手法PISA
2
C: Ornithine aminotransferase
D: Ornithine aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5564
ポリマ－94,3642
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area27940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.390, 104.970, 181.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 15:126 or resseq 175:280 or resseq 293:405 )
211chain B and (resseq 15:126 or resseq 175:280 or resseq 293:405 )
311chain C and (resseq 15:126 or resseq 175:280 or resseq 293:405 )
411chain D and (resseq 15:126 or resseq 175:280 or resseq 293:405 )

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要素

#1: タンパク質
Ornithine aminotransferase / Ornithine--oxo-acid aminotransferase


分子量: 47182.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: OAT, PFF0435w / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6LFH8, ornithine aminotransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.92 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.2 M amonium sulfate, 100mM citriacidacid, 200m MKCL. Protein concentration in the drop 7.5 mg/ml., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979335 Å
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979335 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 39278 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 34.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1859 / Rsym value: 0.455 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine)モデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1z7d

1z7d


解像度: 3→48.825 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2423 2356 6 %
Rwork0.1913 --
obs0.1944 39278 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.949 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.3077 Å2-0 Å20 Å2
2---0.8811 Å20 Å2
3---7.0422 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.825 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12085 0 20 18 12123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912345
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13516714
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0864520
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731890
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052147
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2584X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2584X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
13C2584X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
14D2584X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.047
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.06120.31881370.24652140X-RAY DIFFRACTION100
3.0612-3.12780.28841370.23582155X-RAY DIFFRACTION100
3.1278-3.20050.28371370.23422135X-RAY DIFFRACTION100
3.2005-3.28050.3041390.22522177X-RAY DIFFRACTION100
3.2805-3.36920.2921360.21472130X-RAY DIFFRACTION100
3.3692-3.46830.23321360.2022143X-RAY DIFFRACTION99
3.4683-3.58030.24071370.18412147X-RAY DIFFRACTION100
3.5803-3.70820.25471360.18792124X-RAY DIFFRACTION98
3.7082-3.85660.24791390.18282176X-RAY DIFFRACTION100
3.8566-4.0320.23911370.18192141X-RAY DIFFRACTION99
4.032-4.24450.21881380.17622176X-RAY DIFFRACTION100
4.2445-4.51030.18521380.16452155X-RAY DIFFRACTION100
4.5103-4.85820.21041410.15372209X-RAY DIFFRACTION100
4.8582-5.34660.23591390.16192173X-RAY DIFFRACTION99
5.3466-6.11890.23361400.18152204X-RAY DIFFRACTION100
6.1189-7.70430.22131430.1772240X-RAY DIFFRACTION100
7.7043-48.83180.19281460.18022297X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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