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- PDB-3nsp: Crystal structure of tetrameric RXRalpha-LBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nsp
タイトルCrystal structure of tetrameric RXRalpha-LBD
要素Retinoid X receptor, alpha
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor retinoic x recepor alpha ligand binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ion binding / anatomical structure development / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / DNA binding domain binding / positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway ...ion binding / anatomical structure development / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / DNA binding domain binding / positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / LBD domain binding / Carnitine metabolism / retinoic acid binding / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / Signaling by Retinoic Acid / nuclear steroid receptor activity / positive regulation of cholesterol efflux / retinoic acid receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Synthesis of bile acids and bile salts / hormone-mediated signaling pathway / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / RORA activates gene expression / transcription coregulator binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / peptide binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / nuclear receptor binding / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / PPARA activates gene expression / Heme signaling / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Cytoprotection by HMOX1 / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / receptor complex / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / : / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / : / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoic acid receptor RXR-alpha / Retinoic acid receptor RXR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhang, H. / Hu, T. / Li, L. / Zhou, R. / Chen, L. / Hu, L. / Jiang, H. / Shen, X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Danthron functions as a retinoic X receptor antagonist by stabilizing tetramers of the receptor.
著者: Zhang, H. / Zhou, R. / Li, L. / Chen, J. / Chen, L. / Li, C. / Ding, H. / Yu, L. / Hu, L. / Jiang, H. / Shen, X.
履歴
登録2010年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoid X receptor, alpha
B: Retinoid X receptor, alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7122
ポリマ－53,7122
非ポリマー00
水61334
1
A: Retinoid X receptor, alpha
B: Retinoid X receptor, alpha

A: Retinoid X receptor, alpha
B: Retinoid X receptor, alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,4244
ポリマ－107,4244
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area10260 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area36120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.828, 100.271, 47.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Retinoid X receptor, alpha / Retinoid X receptor / alpha / isoform CRA_b


分子量: 26856.039 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1, RP11-473E2.1-002, hCG_18150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2NL52, UniProt: P19793*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Tris, pH6.5, 10% PEG 4000, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→29.72 Å / Num. obs: 10888

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
CNS精密化
REFMAC5.2.0019精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G1U

1g1u


解像度: 2.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.884 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.779 / SU B: 17.51 / SU ML: 0.344 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.494 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30755 557 4.9 %RANDOM
Rwork0.22227 ---
obs0.22627 10878 91.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.193 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å20 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3---1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3040 0 0 34 3074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223105
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5271.984194
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.455380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.0423.308133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.29815567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2391522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2490.21517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.22113
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.295
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2560.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5481.51962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98123075
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.29331267
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1254.51119
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.973 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 42 -
Rwork0.249 808 -
obs--96.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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