PDB-2y6v: Peroxisomal alpha-beta-hydrolase Lpx1 (Yor084w) from Saccharomyce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y6v

タイトル

Peroxisomal alpha-beta-hydrolase Lpx1 (Yor084w) from Saccharomyces cerevisiae (crystal form I)

要素

PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN LPX1

キーワード

HYDROLASE / PUTATIVE ESTERASE / PUTATIVE LIPASE

機能・相同性

機能・相同性情報

triglyceride catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / triacylglycerol lipase activity / peroxisomal matrix
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.83 Å

データ登録者

Thoms, S. / Niemann, H.H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: The Unusual Extended C-Terminal Helix of the Peroxisomal Alpha-Beta-Hydrolase Lpx1 is Involved in Dimer Contacts But Dispensable for Dimerization
著者: Thoms, S. / Hofhuis, J. / Thoing, C. / Gartner, J. / Niemann, H.H.

履歴

登録	2011年1月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月17日	Group: Database references
改定 1.2	2014年1月22日	Group: Data collection / Version format compliance
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y6v.cif.gz	443.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y6v.ent.gz	370.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y6v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/2y6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/2y6v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y6uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yxx-2 1hkw-d 6f30-2 3n29-d 6f2y-2 6f33-1 6f2t-2 6n2f-d 1htt-2 6f2t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN LPX1

B: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN LPX1

C: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN LPX1

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN LPX1

B: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN LPX1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN LPX1

ヘテロ分子

C: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN LPX1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	140.480, 87.770, 125.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.10, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
1	2	C
2	2	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	B	1 - 381
2	1	1	1	A	1 - 381
1	1	2	1	C	1 - 44
2	1	2	1	A	1 - 44
1	2	2	1	C	52 - 77
2	2	2	1	A	52 - 77
1	3	2	1	C	85 - 132
2	3	2	1	A	85 - 132
1	4	2	1	C	134 - 173
2	4	2	1	A	134 - 173
1	5	2	1	C	186 - 205
2	5	2	1	A	186 - 205
1	6	2	1	C	209 - 344
2	6	2	1	A	209 - 344
1	7	2	1	C	358 - 381
2	7	2	1	A	358 - 381

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.7361, 0.3666, 0.569), (0.3673, -0.4896, 0.7908), (0.5685, 0.7911, 0.2257)	126.3, 32.1, -79.37
2	given	(0.709, 0.4021, -0.5794), (-0.349, -0.5138, -0.7837), (-0.6128, 0.7578, -0.2239)	-10.21, 174, 81.13

#1: タンパク質	PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN LPX1 / LIPASE OF PEROXISOMES PROTEIN 1 / LPX1-YOR084W 分子量: 45208.359 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: PST281 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODONPLUS RIL 参照: UniProt: Q12405, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	C-TERMINAL ELEVEN RESIDUES ARE CLONING ARTEFACT (AAALE) AND HEXA-HISTIDINE TAG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: HANGING OR SITTING DROP VAPOR DIFFUSION AT 20 DEGREES CELSIUS. 4 UL OF PROTEIN (7.9 MG/ML) MIXED WITH 2UL RESERVOIR (0.1 M HEPES, PH 7.5, 10 % PEG 8000).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月3日 / 詳細: VARIMAX HF CONFOCAL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.83→20 Å / Num. obs: 34876 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 36.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 2.83→2.9 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.97 / % possible all: 68.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: ENSEMBLE OF TEN ALPHA-BETA HYDROLASES AS POLY-ALA MODELS TRIMMED TO THE COMMON CORE.

解像度: 2.83→19.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 30.988 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.378 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25408	1744	5 %	RANDOM
R_work	0.20707	-	-	-
obs	0.20938	33131	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.557 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	0 Å²	0.24 Å²
2-	-	-0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.83→19.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8786	0	15	71	8872

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	8995
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6131
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.475	1.95	12184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.967	3	14897
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	18.628	5.234	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.289	23.58	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.396	15	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.662	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	9886
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.304	1.5	5478
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.143	1.5	2187
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.553	2	8883
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.913	3	3517
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.294	4.5	3301
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	4836	tight positional	0.04	0.05
1	2	A	4836	tight positional	0.04	0.05
2	1	C	4410	tight positional	0.05	0.05
2	2	A	4410	tight positional	0.05	0.05
1	1	B	4836	tight thermal	0.1	0.5
1	2	A	4836	tight thermal	0.1	0.5
2	1	C	4410	tight thermal	0.11	0.5
2	2	A	4410	tight thermal	0.11	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.827→2.899 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	89	-
R_work	0.263	1700	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6004	-0.7972	0.0227	1.9342	-0.1965	2.2969	-0.0345	0.1166	-0.1937	-0.0867	0.1073	-0.0505	0.2139	0.1512	-0.0728	0.0816	-0.0004	0.0308	0.03	-0.0269	0.0397	103.9396	52.3618	15.264
2	1.5672	-0.5281	-0.8079	1.4218	0.5656	2.5571	0.0537	0.3689	0.2752	-0.3358	-0.0085	-0.3664	-0.2697	0.3023	-0.0452	0.1653	-0.0416	0.056	0.2375	0.0197	0.2105	114.5842	64.7537	8.1668
3	5.1456	0.0445	-0.519	2.6621	1.8026	3.1682	-0.0915	-0.2262	0.0157	0.3481	0.1233	-0.2951	0.1572	0.4749	-0.0318	0.1151	0.0653	-0.0786	0.148	-0.009	0.0921	117.1126	53.047	27.5857
4	4.617	-0.1119	0.2915	5.5974	0.9551	0.6893	-0.2314	0.1902	-0.2219	0.2989	0.408	-0.4366	0.3249	0.4093	-0.1766	0.4099	0.1159	-0.0241	0.3449	0.0096	0.2667	84.8551	34.0038	38.3006
5	2.5514	-0.0872	-0.408	3.1746	0.0162	1.4233	-0.0471	0.132	0.0924	-0.2554	0.0541	0.2387	0.0007	-0.2973	-0.007	0.0901	-0.0152	0.0219	0.0654	0.0016	0.0525	77.3129	57.3052	23.9902
6	2.6444	0.3843	0.314	0.8462	-0.0395	0.7458	0.0445	-0.363	-0.3087	0.2145	0.0326	0.2674	0.187	-0.3505	-0.0771	0.2002	-0.045	0.0612	0.2048	0.0516	0.2109	70.2722	48.9503	38.8368
7	6.1478	0.5026	0.3251	2.6741	0.0154	4.0829	0.0098	-0.3132	0.3399	0.2433	-0.0036	0.2909	-0.2932	-0.0953	-0.0063	0.1524	0.0484	0.0435	0.0562	-0.0514	0.1291	75.2475	70.9643	35.4114
8	2.313	-1.9909	0.3421	2.1213	0.2432	4.9918	-0.2101	0.1674	0.1949	0.0116	-0.1483	0.2022	-0.2539	-0.6032	0.3584	0.3731	-0.051	-0.0174	0.1824	0.0578	0.4476	97.1969	76.6211	4.1669
9	1.3204	0.2994	-0.2861	1.241	0.1554	2.1657	-0.076	0.1425	0.1945	-0.1315	-0.0347	-0.0019	-0.2197	-0.022	0.1107	0.0503	-0.0064	0.0042	0.0199	0.0197	0.1047	74.8513	100.6383	51.8464
10	9.324	-2.9221	-2.533	2.8453	3.1744	11.8778	-0.4622	-0.7356	-0.5502	0.7474	-0.068	0.0393	1.8327	-0.2638	0.5302	0.4735	0.0341	-0.0159	0.4036	0.0896	0.4992	84.6904	76.8405	71.8495
11	2.6845	1.1576	-0.4814	1.8643	-0.2699	1.3343	0.0394	-0.1741	0.0589	0.176	-0.1048	-0.305	-0.0458	0.5126	0.0653	0.0556	-0.01	0.0124	0.1989	0.0386	0.1586	92.2985	94.323	58.1372
12	4.1046	-0.1873	-1.462	3.8773	-0.604	3.2874	0.0886	0.326	-0.4549	-0.2523	-0.0862	0.02	0.2686	0.1034	-0.0024	0.0932	0.0225	0.0226	0.0451	-0.0578	0.1069	78.1544	84.2887	43.3183
13	1.4779	-1.3078	-0.5428	1.3024	0.0396	1.8884	0.0976	0.0509	0.1316	-0.2225	0.0036	-0.0748	0.1287	-0.0748	-0.1012	0.3057	-0.0725	-0.0796	0.2031	-0.0566	0.2131	42.3578	97.7152	45.5689
14	36.0616	18.6686	-9.455	35.7237	7.5015	36.0108	0.6285	-0.3454	-2.5095	0.4726	-0.1701	0.8738	-0.2331	-0.0483	-0.4584	0.301	-0.0603	-0.0761	0.2641	0.0799	0.563	29.7907	71.975	51.3469

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 191
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	192 - 283
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	284 - 348
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	349 - 381
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 191
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	192 - 283
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	284 - 348
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	349 - 381
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	3 - 174
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	175 - 191
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	192 - 283
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	284 - 348
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	349 - 381
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	382 - 387

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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