PDB-2y6u: Peroxisomal alpha-beta-hydrolase Lpx1 (Yor084w) from Saccharomyce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y6u

タイトル

Peroxisomal alpha-beta-hydrolase Lpx1 (Yor084w) from Saccharomyces cerevisiae (crystal form II)

要素

PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN LPX1

キーワード

HYDROLASE / PUTATIVE ESTERASE / PUTATIVE LIPASE

機能・相同性

機能・相同性情報

triglyceride catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / triacylglycerol lipase activity / peroxisomal matrix
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Thoms, S. / Niemann, H.H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: The Unusual Extended C-Terminal Helix of the Peroxisomal Alpha-Beta-Hydrolase Lpx1 is Involved in Dimer Contacts But Dispensable for Dimerization
著者: Thoms, S. / Hofhuis, J. / Thoing, C. / Gartner, J. / Niemann, H.H.

履歴

登録	2011年1月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月17日	Group: Database references
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2019年9月25日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other / カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y6u.cif.gz	180.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y6u.ent.gz	144.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2y6u_validation.pdf.gz	448 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y6u_full_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示
XML形式データ	2y6u_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	2y6u_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/2y6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/2y6u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y6vSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4is9-d 2ead-1 5ox3-d 1pst-d 3ppg-d 5mtz-2 4h9l-d 6scg-d 1ry5-d 3ppf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN LPX1

ヘテロ分子

45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN LPX1

ヘテロ分子

A: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN LPX1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.156, 87.156, 125.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2206- HOH

#1: タンパク質	PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN LPX1 / LIPASE OF PEROXISOMES PROTEIN 1 / LPX1-YOR084W 分子量: 45208.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: PST281 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODON PLUS RIL 参照: UniProt: Q12405, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	C-TERMINAL ELEVEN RESIDUES ARE CLONING ARTEFACT (AAALE) AND HEXA-HISTIDINE TAG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法詳細: VAPOR DIFFUSION. DROP CONTAINED 2.5 UL PROTEIN (2.0 MG/ML), 0.5 UL ADDITIVE (0.1 M UREA) AND 2 UL RESERVOIR (8 % PEG 8000, 0.1 M HEPES, PH 7.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.0332
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48 Å / Num. obs: 44068 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.3 % / B_iso Wilson estimate: 25 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y6V

2y6v

解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 4.91 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.179	2219	5 %	RANDOM
R_work	0.15343	-	-	-
obs	0.15474	41757	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.025 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	-0.02 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2967	0	6	280	3253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.022	3163
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.018	1.952	4318
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.088	3	5293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	22.017	5.285	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.353	23.885	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.205	15	543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.857	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.14	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3547
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	646
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.222	1.5	1916
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.393	1.5	762
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.03	2	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.932	3	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.345	4.5	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	162	-
R_work	0.196	3006	-
obs	-	-	99.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1773	0.3618	0.5202	3.6522	1.397	2.3182	0.0357	0.0852	-0.2381	0.2079	-0.1496	0.5407	0.2504	-0.3709	0.1139	0.0667	-0.0144	0.006	0.1706	0.0125	0.1665	-37.0282	-4.4623	8.7453
2	2.455	0.1719	0.129	3.4397	1.2115	3.0669	0.0005	0.2213	-0.1772	-0.0528	-0.0126	0.2372	0.1391	-0.2227	0.0121	0.0154	0.0015	-0.0124	0.1122	-0.0043	0.0496	-31.4446	-3.5166	5.3957
3	1.8989	-0.2958	0.635	1.6313	-0.2479	2.8178	-0.0432	0.3874	0.3271	-0.2836	-0.0156	-0.0553	-0.4295	0.1285	0.0588	0.1416	-0.0034	0.0082	0.1528	0.0251	0.1032	-21.959	6.2272	-0.2924
4	5.3565	0.8049	-0.3807	3.0915	0.1002	6.3397	0.0258	0.2278	0.0133	-0.0911	-0.0208	-0.1605	0.0374	0.3792	-0.005	0.041	0.0412	0.0127	0.1396	-0.0567	0.0756	-10.5905	-7.7053	3.7526
5	3.3117	0.4349	-0.7485	3.0491	-0.0217	5.0939	-0.0643	0.4054	-0.4264	-0.3048	-0.0094	-0.1252	0.5581	0.1224	0.0737	0.0948	0.0179	0.0056	0.1771	-0.105	0.1182	-20.173	-14.0208	-3.5877
6	1.7967	2.8258	0.3425	4.4578	0.5323	0.0689	0.2662	-0.2612	-0.2574	0.1908	-0.3356	-0.4469	0.0793	-0.0478	0.0695	0.9901	-0.1287	0.035	1.3119	0.0166	1.0034	-32.6812	-26.0021	19.866
7	21.0558	3.4366	2.3717	6.2058	0.2505	3.3985	0.1364	-0.02	-0.576	0.073	0.0522	-0.0088	0.3392	-0.063	-0.1887	0.2685	-0.0451	0.0164	0.0821	0.093	0.1929	-30.3424	-24.732	36.9585
8	30.135	-2.4376	8.3774	3.4901	-5.8449	10.4515	1.0868	-0.5199	-1.7782	-0.3553	-0.4039	0.2429	0.7993	0.5684	-0.6829	0.5158	0.0966	-0.1326	0.3141	0.0302	0.5725	-12.1012	-22.9028	39.6455

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	55 - 137
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	138 - 283
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	284 - 316
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	317 - 348
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	349 - 356
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	357 - 376
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	377 - 381

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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