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- PDB-3nr1: A metazoan ortholog of SpoT hydrolyzes ppGpp and plays a role in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nr1
タイトルA metazoan ortholog of SpoT hydrolyzes ppGpp and plays a role in starvation responses
要素HD domain-containing protein 3
キーワードHYDROLASE / stringent response / pyrophosphohydrolase / HD (Histidine and Aspartic acid) family / ppGpp hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase / guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / HD domain / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain profile. / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sun, D.W. / Kim, H.Y. / Kim, K.J. / Jeon, Y.H. / Chung, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: A metazoan ortholog of SpoT hydrolyzes ppGpp and functions in starvation responses
著者: Sun, D.W. / Lee, G. / Lee, J.H. / Kim, H.Y. / Rhee, H.W. / Park, S.Y. / Kim, K.J. / Kim, Y. / Kim, B.Y. / Hong, J.I. / Park, C. / Choy, H.E. / Kim, J.H. / Jeon, Y.H. / Chung, J.
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月9日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HD domain-containing protein 3
B: HD domain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5724
ポリマ－40,4622
非ポリマー1102
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.900, 62.400, 53.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HD domain-containing protein 3 / Metazoan SpoT Homolog 1 / Mesh1


分子量: 20230.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDDC3 / プラスミド: pET28(a) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N4P3
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 % / Mosaicity: 0.37 °
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20-25% PEG 3350, 0.2M sodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 4A10.97953
シンクロトロンPAL/PLS 6C120.97955
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2007年9月12日
ADSC QUANTUM 2102CCD2008年3月6日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979531
20.979551
Reflection冗長度: 7.4 % / Av σ(I) over netI: 21.87 / 数: 158988 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.25 / D res high: 2.05 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 21527 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.425010010.0492.927.4
3.514.4210010.0441.7057.6
3.063.5110010.0571.3667.6
2.783.0610010.0841.1637.6
2.582.7810010.1151.0497.6
2.432.5810010.1260.9417.6
2.312.4310010.1690.8667.6
2.212.3199.910.2110.7967.4
2.122.2199.310.2540.8097
2.052.1297.510.310.7596.5
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 28395 / Num. obs: 28330 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.373 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.973.50.35428440.7341,299.5
1.97-2.053.70.26627880.7961,299.9
2.05-2.143.80.18928230.9131,2100
2.14-2.253.80.15228290.9931,299.9
2.25-2.393.80.12428041.0811,299.9
2.39-2.583.80.10128471.3511,299.9
2.58-2.843.80.08728341.4421,299.9
2.84-3.253.70.07128101.6941,299.9
3.25-4.093.70.05528512.2671,299.8
4.09-503.50.05129002.4971,299.2

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.43 / 反射: 11722
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se19.6360.45300.2190.955
2Se20.8420.2190.6090.4530.924
3Se39.8810.8360.5090.450.419
4Se33.4720.550.6020.1630.363
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
9.04-500.45568
5.69-9.040.5981
4.45-5.690.491249
3.77-4.450.471486
3.33-3.770.441654
3.01-3.330.431819
2.77-3.010.381918
2.58-2.770.352047
Phasing dmFOM : 0.73 / FOM acentric: 0.73 / FOM centric: 0.68 / 反射: 11722 / Reflection acentric: 11101 / Reflection centric: 621
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.1-32.80.90.920.7653345578
4.5-7.10.860.870.8116031483120
3.6-4.50.880.880.7820021883119
3.1-3.60.790.790.712000190694
2.7-3.10.650.650.5834653332133
2.5-2.70.530.530.432119204277

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.13位相決定
RESOLVE2.13位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2302 1890 6.7 %RANDOM
Rwork0.2033 ---
all-28205 --
obs-27178 96.4 %-
溶媒の処理Bsol: 64.5821 Å2
原子変位パラメータBiso max: 69.89 Å2 / Biso mean: 24.3943 Å2 / Biso min: 10.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.177 Å20 Å23.997 Å2
2---0.369 Å20 Å2
3---0.191 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2850 0 2 220 3072
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.032
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2962
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.4992.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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