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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3np5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an abridged form of the mature ectodomain of the human receptor-type protein tyrosine phosphatase ICA512/IA-2 AT pH 4.5 | ||||||
要素 | Receptor-type tyrosine-protein phosphatase-like N | ||||||
キーワード | HYDROLASE / IA-2 / ICA-512 / PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE / TRANSMEMBRANE PROTEIN / DIABETES / AUTOIMMUNITY / PROTEOLYSIS / GLYCOPROTEIN / RECEPTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dense core granule maturation / positive regulation of type B pancreatic cell proliferation / regulation of secretion / luteinization / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / insulin secretion / spectrin binding / transport vesicle membrane / transcription factor binding / ubiquitin-like protein ligase binding ...dense core granule maturation / positive regulation of type B pancreatic cell proliferation / regulation of secretion / luteinization / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / insulin secretion / spectrin binding / transport vesicle membrane / transcription factor binding / ubiquitin-like protein ligase binding / axon terminus / secretory granule / response to reactive oxygen species / perikaryon / endosome / neuronal cell body / synapse / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Primo, M.E. / Jakoncic, J. / Poskus, E. / Ermacora, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Receptor-Type Protein-Tyrosine Phosphatase Ia-2-Ica512 著者: Primo, M.E. / Jakoncic, J. / Poskus, E. / Ermacora, M.R. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Structure of the Mature Ectodomain of the Human Receptor-Type Protein-Tyrosine Phosphatase Ia-2 著者: Primo, M.E. / Klinke, S. / Sica, M.P. / Goldbaum, F.A. / Jakoncic, J. / Poskus, E. / Ermacora, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3np5.cif.gz | 81.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3np5.ent.gz | 62.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3np5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3np5_validation.pdf.gz | 455 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3np5_full_validation.pdf.gz | 463.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3np5_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3np5_validation.cif.gz | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/3np5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/3np5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2qt7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9637.916 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 470-558 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ICA3, ICA512, PTPRN / プラスミド: PET9B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q16849 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.7 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 30% (W/V) PEG 4000, 0.1 M AcNa/AcH, PH 4.50.2 M CALCIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9537 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月1日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI (111) CHANNEL CUT MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 28186 / Num. obs: 28186 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 40.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.226 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.226 / % possible all: 73.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2QT7 解像度: 1.8→19.84 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.846 Å
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