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- PDB-3nmu: Crystal Structure of substrate-bound halfmer box C/D RNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nmu
タイトルCrystal Structure of substrate-bound halfmer box C/D RNP
要素
  • 50S ribosomal protein L7Ae
  • Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
  • NOP5/NOP56 related protein
  • RNA (34-MER)
  • RNA (5'-R(*GP*AP*GP*CP*UP*UP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
キーワードTransferase/RNA / Kink-turn motif / RNA assembly motif / Transferase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AQ104 methyltransferase activity / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D methylation guide snoRNP complex / tRNA processing / snoRNA binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / small-subunit processome ...histone H2AQ104 methyltransferase activity / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D methylation guide snoRNP complex / tRNA processing / snoRNA binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / small-subunit processome / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #220 / Helix Hairpins - #4070 / Nop domain / : / : / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / Helix hairpin bin domain superfamily / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site ...Nucleotidyltransferase; domain 5 - #220 / Helix Hairpins - #4070 / Nop domain / : / : / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / Helix hairpin bin domain superfamily / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / Ribosomal protein L7Ae, archaea / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Ribosomal protein L30/S12 / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Vaccinia Virus protein VP39 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein eL8 / NOP5/NOP56 related protein / Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.729 Å
データ登録者Li, H. / Xue, S. / Wang, R.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
著者: Xue, S. / Wang, R. / Yang, F. / Terns, R.M. / Terns, M.P. / Zhang, X. / Maxwell, E.S. / Li, H.
履歴
登録2010年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NOP5/NOP56 related protein
B: NOP5/NOP56 related protein
C: 50S ribosomal protein L7Ae
D: RNA (34-MER)
E: RNA (34-MER)
F: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
G: 50S ribosomal protein L7Ae
J: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
I: RNA (5'-R(*GP*AP*GP*CP*UP*UP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
K: RNA (5'-R(*GP*AP*GP*CP*UP*UP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,01312
ポリマ－200,21610
非ポリマー7972
水48627
1
A: NOP5/NOP56 related protein
D: RNA (34-MER)
F: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
G: 50S ribosomal protein L7Ae
I: RNA (5'-R(*GP*AP*GP*CP*UP*UP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,5076
ポリマ－100,1085
非ポリマー3981
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10320 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area37820 Å2
手法PISA
2
B: NOP5/NOP56 related protein
C: 50S ribosomal protein L7Ae
E: RNA (34-MER)
J: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
K: RNA (5'-R(*GP*AP*GP*CP*UP*UP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,5076
ポリマ－100,1085
非ポリマー3981
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10300 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area37440 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24320 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area71560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)293.506, 94.054, 96.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ABCGFJ

#1: タンパク質 NOP5/NOP56 related protein


分子量: 43937.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF0060 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U4M1
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae


分子量: 14243.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: rpl7ae, PF1367 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U160
#4: タンパク質 Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase


分子量: 26760.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: flpA, PF0059 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8U4M2, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

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RNA鎖 , 2種, 4分子 DEIK

#3: RNA鎖 RNA (34-MER)


分子量: 11009.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: box C/D RNA / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌)
#5: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*AP*GP*CP*UP*UP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*C)-3')


分子量: 4156.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The RNA was chemically synthesized

-
非ポリマー , 2種, 29分子

#6: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.86 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: The complex was equilibrated with reservoir solutions containing 0-400 mM potassium chloride, 200 mM-1.5 M sodium chloride, 150-250 mM magnesium acetate, 200 mM ammonium acetate, 50 mM HEPES- ...詳細: The complex was equilibrated with reservoir solutions containing 0-400 mM potassium chloride, 200 mM-1.5 M sodium chloride, 150-250 mM magnesium acetate, 200 mM ammonium acetate, 50 mM HEPES-NaOH (pH 7.0), and 0 5% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 63177 / Num. obs: 61445 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 56.33 Å2 / Rsym value: 0.074
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 58.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.729→33.572 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2845 1789 3.26 %
Rwork0.2218 --
obs0.2238 54883 79.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.602 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-50.8446 Å20 Å217.4718 Å2
2---26.8336 Å2-0 Å2
3----24.011 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.729→33.572 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11458 1994 52 27 13531
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113955
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.49119289
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1025661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.12214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082127
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.729-2.80310.4137760.32682307X-RAY DIFFRACTION45
2.8031-2.88560.3698900.3262642X-RAY DIFFRACTION52
2.8856-2.97870.3908950.30592998X-RAY DIFFRACTION59
2.9787-3.0850.35821160.30023481X-RAY DIFFRACTION68
3.085-3.20850.40071300.29523845X-RAY DIFFRACTION76
3.2085-3.35440.32421420.28394220X-RAY DIFFRACTION83
3.3544-3.5310.35581520.25724454X-RAY DIFFRACTION87
3.531-3.7520.29181580.23384559X-RAY DIFFRACTION89
3.752-4.04120.31351580.20984650X-RAY DIFFRACTION91
4.0412-4.44710.23311620.18664793X-RAY DIFFRACTION94
4.4471-5.08870.23921670.19084902X-RAY DIFFRACTION95
5.0887-6.40390.27221700.23175056X-RAY DIFFRACTION98
6.4039-33.57420.2371730.17975187X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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