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- PDB-3nkb: A 1.9A crystal structure of the HDV ribozyme precleavage suggests... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nkb
タイトルA 1.9A crystal structure of the HDV ribozyme precleavage suggests both Lewis acid and general acid mechanisms contribute to phosphodiester cleavage
要素
  • DNA/RNA (5'-D(*(DUR))-D(*GP*G)-R(P*CP*UP*UP*GP*CP*A)-3')
  • The hepatitis delta virus ribozyme
キーワードDNA / RNA / catalytic RNA / metal-mediated catalysis / phosphodiester cleavage
機能・相同性DNA/RNA hybrid / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo Sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.916 Å
データ登録者Chen, J.-H. / Yajima, R. / Chadalavada, D.M. / Chase, E. / Bevilacqua, P.C. / Golden, B.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: A 1.9 A crystal structure of the HDV ribozyme precleavage suggests both Lewis acid and general acid mechanisms contribute to phosphodiester cleavage.
著者: Chen, J.H. / Yajima, R. / Chadalavada, D.M. / Chase, E. / Bevilacqua, P.C. / Golden, B.L.
履歴
登録2010年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA/RNA (5'-D(*(DUR))-D(*GP*G)-R(P*CP*UP*UP*GP*CP*A)-3')
B: The hepatitis delta virus ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,63612
ポリマ－23,3932
非ポリマー24310
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area11940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.837, 84.107, 102.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-D(*(DUR))-D(*GP*G)-R(P*CP*UP*UP*GP*CP*A)-3')


分子量: 2720.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: nucleic acid was chemically synthesized
#2: RNA鎖 The hepatitis delta virus ribozyme


分子量: 20672.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase
由来: (合成) Homo Sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 3.5 mg/mL RNA, 10 mM MgCl2, 50 mM potassium acetate, 1 mM spermine, 30% MPD, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 20583 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 35.67 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 44.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.423 / % possible all: 54.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CX0 WITH PORTIONS OF P2 AND P4 DELETED

1cx0
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.916→27.361 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1994 10.05 %random
Rwork0.2141 ---
obs0.2169 19845 91.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.691 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.2488 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.624 Å20 Å2-0 Å2
2--3.8266 Å20 Å2
3----4.4506 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.916→27.361 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1538 10 168 1716
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031719
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2542678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.206853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078357
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00572
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.916-1.98450.31451170.29141084120157
1.9845-2.06390.29851690.25671474164376
2.0639-2.15780.29611830.26231763194690
2.1578-2.27150.2952060.26451830203695
2.2715-2.41370.2882090.25371907211697
2.4137-2.60.28832280.26581866209498
2.6-2.86140.31871960.27131957215399
2.8614-3.27480.24782030.21341984218799
3.2748-4.12360.19942340.172919692203100
4.1236-27.36330.18812490.17062017226699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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