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- PDB-3njv: Rhamnogalacturonan lyase from Aspergillus aculeatus K150A substra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3njv
タイトルRhamnogalacturonan lyase from Aspergillus aculeatus K150A substrate complex
要素Rhamnogalacturonase B
キーワードLYASE / Carbohydrate active enzyme / Pectin degradation / Polysaccharide Lyase Family 4
機能・相同性
機能・相同性情報


rhamnogalacturonan endolyase / rhamnogalacturonan endolyase activity / pectin catabolic process / cell wall organization / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Rhamnogalacturonase B, N-terminal / Rhamnogalacturonase B / Rhamnogalacturonan lyase, domain III / Rhamnogalacturonan lyase, domain II / Rhamnogalacturonan lyase B, N-terminal / Polysaccharide lyase family 4, domain III / Polysaccharide lyase family 4, domain II / Carboxypeptidase-like, regulatory domain / Carbohydrate-binding-like fold / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 ...Rhamnogalacturonase B, N-terminal / Rhamnogalacturonase B / Rhamnogalacturonan lyase, domain III / Rhamnogalacturonan lyase, domain II / Rhamnogalacturonan lyase B, N-terminal / Polysaccharide lyase family 4, domain III / Polysaccharide lyase family 4, domain II / Carboxypeptidase-like, regulatory domain / Carbohydrate-binding-like fold / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Distorted Sandwich / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rhamnogalacturonate lyase A
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus aculeatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jensen, M.H. / Otten, H. / Christensen, U. / Borchert, T.V. / Christensen, L.L.H. / Larsen, S. / Lo Leggio, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and Biochemical Studies Elucidate the Mechanism of Rhamnogalacturonan Lyase from Aspergillus aculeatus.
著者: Jensen, M.H. / Otten, H. / Christensen, U. / Borchert, T.V. / Christensen, L.L. / Larsen, S. / Leggio, L.L.
履歴
登録2010年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.32020年4月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / reflns ...chem_comp / reflns / reflns_shell / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.type / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ..._chem_comp.type / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhamnogalacturonase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4986
ポリマ－54,1851
非ポリマー1,3135
水6,521362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.974, 76.974, 170.649
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-902-

SO4

詳細monomer

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要素

#1: タンパク質 Rhamnogalacturonase B / Rhamnogalacturonan lyase / RGase B / RHG B


分子量: 54185.422 Da / 分子数: 1 / 断片: Rhamnogalacturonan Lyase, residues 20-527 / 変異: K150A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus aculeatus (カビ) / 遺伝子: rhgB / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: Q00019, pectin lyase
#2: 多糖 alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranuronic acid-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta- ...alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranuronic acid-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranuronic acid-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 984.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LRhapa1-4DGalpAb1-2LRhapa1-4DGalpAb1-2LRhapa1-4DGalpAb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2112A-1b_1-5][a2211m-1a_1-5]/1-2-1-2-1-2/a4-b1_b2-c1_c4-d1_d2-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-L-Rhap]{[(2+1)][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-L-Rhap]{[(2+1)][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-L-Rhap]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG4000, 0.1 M Ammonium Sulphate, soaked in degraded RG in same conditions as crystallization conditions with 9% PEG400 as cryo protectant, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月3日 / 詳細: myltilayer mirror, curved to focus in the vertical
放射モノクロメーター: Bent Si (220) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 20845 / Num. obs: 20845 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 13.3 / Num. unique obs: 2023 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NKG

1nkg


解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 7.752 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2524 1068 5.1 %RANDOM
Rwork0.18465 ---
all0.1882 19709 --
obs0.1882 19709 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3811 0 83 362 4256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0213996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.141.9525447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.825509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.65923.602161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.98615573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9261519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023024
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.21920
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22734
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2870.2441
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0510.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2491.52571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.44424059
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8231631
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1694.51388
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 74 -
Rwork0.19 1400 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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