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- PDB-3nh2: Crystal structure of RNase T in complex with a stem DNA with a 3'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nh2
タイトルCrystal structure of RNase T in complex with a stem DNA with a 3' overhang
要素
  • 5'-D(P*TP*TP*AP*CP*AP*AP*C)-3'
  • Ribonuclease T
キーワードHYDROLASE/DNA / exoribonuclease / RNA processing / RNA maturation / protein-DNA interactions / protein-DNA complex / exo-nuclease / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / DNA replication proofreading / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / cellular response to UV / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding ...rRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / DNA replication proofreading / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / cellular response to UV / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / DNA damage response / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease T / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Ribonuclease T
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hsiao, Y.-Y. / Yuan, H.S.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
著者: Hsiao, Y.-Y. / Yang, C.-C. / Lin, C.L. / Lin, J.L.J. / Duh, Y. / Yuan, H.S.
履歴
登録2010年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月21日Group: Database references
改定 1.32023年5月31日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn ...database_2 / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease T
B: Ribonuclease T
C: 5'-D(P*TP*TP*AP*CP*AP*AP*C)-3'
D: 5'-D(P*TP*TP*AP*CP*AP*AP*C)-3'
E: Ribonuclease T
F: Ribonuclease T
G: 5'-D(P*TP*TP*AP*CP*AP*AP*C)-3'
H: 5'-D(P*TP*TP*AP*CP*AP*AP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2028
ポリマ－111,2028
非ポリマー00
水6,215345
1
A: Ribonuclease T
B: Ribonuclease T
C: 5'-D(P*TP*TP*AP*CP*AP*AP*C)-3'
D: 5'-D(P*TP*TP*AP*CP*AP*AP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6014
ポリマ－55,6014
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Ribonuclease T
F: Ribonuclease T
G: 5'-D(P*TP*TP*AP*CP*AP*AP*C)-3'
H: 5'-D(P*TP*TP*AP*CP*AP*AP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6014
ポリマ－55,6014
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.379, 62.560, 62.657
Angle α, β, γ (deg.)82.77, 82.92, 66.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Ribonuclease T / RNase T / Exoribonuclease T


分子量: 25719.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / ATCC 53323 / 遺伝子: rnt / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIPL
参照: UniProt: P30014, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖
5'-D(P*TP*TP*AP*CP*AP*AP*C)-3'


分子量: 2081.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ssDNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1% w/v n-Octyl-beta-D-glucoside, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.5, 22% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月14日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 35579 / Num. obs: 35579 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3544 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NGY

3ngy


解像度: 2.3→26.761 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.806 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2409 2693 7.6 %RANDOM
Rwork0.1858 32763 --
all0.2085 35456 --
obs0.19 35456 96.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.97 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 78.83 Å2 / Biso mean: 26.2313 Å2 / Biso min: 8.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.157 Å2-0.5541 Å2-0.5855 Å2
2---1.0876 Å22.4737 Å2
3----0.0694 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→26.761 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6288 524 0 345 7157
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037023
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7369618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4352514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051064
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021176
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.34180.26581390.19831697X-RAY DIFFRACTION95
2.3418-2.38680.33081460.20591733X-RAY DIFFRACTION97
2.3868-2.43550.2641400.20831723X-RAY DIFFRACTION97
2.4355-2.48840.28511390.20251759X-RAY DIFFRACTION96
2.4884-2.54630.34341370.21281718X-RAY DIFFRACTION96
2.5463-2.60990.27441540.20531761X-RAY DIFFRACTION97
2.6099-2.68040.26481180.2021704X-RAY DIFFRACTION97
2.6804-2.75920.2881430.20391751X-RAY DIFFRACTION97
2.7592-2.84820.29881420.2051755X-RAY DIFFRACTION97
2.8482-2.94980.27621350.19221731X-RAY DIFFRACTION97
2.9498-3.06780.24621490.18581716X-RAY DIFFRACTION96
3.0678-3.20720.23781380.18011735X-RAY DIFFRACTION97
3.2072-3.3760.22691470.17141750X-RAY DIFFRACTION97
3.376-3.5870.20521470.16561714X-RAY DIFFRACTION97
3.587-3.86320.21121330.15541723X-RAY DIFFRACTION95
3.8632-4.25060.19391470.16621710X-RAY DIFFRACTION96
4.2506-4.86250.19181540.14551732X-RAY DIFFRACTION96
4.8625-6.11420.18321360.17451674X-RAY DIFFRACTION94
6.1142-26.76230.22851490.19631677X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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