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- PDB-3ng5: Crystal Structure of V30M transthyretin complexed with (-)-epigal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ng5
タイトルCrystal Structure of V30M transthyretin complexed with (-)-epigallocatechin gallate (EGCG)
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / RETINOL-BINDING / SECRETED / THYROID HORMONE / TRANSPORT / VITAMIN A / THYROXINE
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KDH / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Miyata, M. / Nakamura, T. / Ikemizu, S. / Chirifu, M. / Yamagata, Y. / Kai, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of green tea polyphenol(-)-epigallocatechin gallate (EGCG)-transthyretin complex reveals novel binding site distinct from thyroxine binding site
著者: Miyata, M. / Sato, T. / Kugimiya, M. / Sho, M. / Nakamura, T. / Ikemizu, S. / Chirifu, M. / Mizuguchi, M. / Nabeshima, Y. / Suwa, Y. / Morioka, H. / Arimori, T. / Suico, M.A. / Shuto, T. / ...著者: Miyata, M. / Sato, T. / Kugimiya, M. / Sho, M. / Nakamura, T. / Ikemizu, S. / Chirifu, M. / Mizuguchi, M. / Nabeshima, Y. / Suwa, Y. / Morioka, H. / Arimori, T. / Suico, M.A. / Shuto, T. / Sako, Y. / Momohara, M. / Koga, T. / Morino-Koga, S. / Yamagata, Y. / Kai, H.
履歴
登録2010年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0866
ポリマ－27,6192
非ポリマー1,4674
水2,900161
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,17212
ポリマ－55,2384
非ポリマー2,9348
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area19450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.074, 44.189, 65.141
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-165-

HOH

21B-187-

HOH

31B-196-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Transthyretin / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR


分子量: 13809.426 Da / 分子数: 2 / 変異: V30M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PALB, TTR / プラスミド: PET22(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-KDH / (2R,3R)-5,7-dihydroxy-2-(3,4,5-trihydroxyphenyl)-3,4-dihydro-2H-chromen-3-yl 3,4,5-trihydroxybenzoate / (-)-Epigallocatechin-3-gallate / EGCG / (-)-エピガロカテキンガラ-ト


分子量: 458.372 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H18O11
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.3
詳細: 200MM CITRATE, 3M AMMONIUM SULFATE, pH 5.3, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月16日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 28169 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 75.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 2767 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BMZ

1bmz


解像度: 1.7→33.657 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.843 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1342 4.78 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.188 28057 --
obs0.188 28057 99.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.313 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 147.53 Å2 / Biso mean: 37.751 Å2 / Biso min: 10.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.373 Å2-0 Å20 Å2
2---5.543 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1805 0 105 161 2071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091983
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2772718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008339
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.211686
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.695-1.7560.3261140.242525263995
1.756-1.8260.2771270.22926442771100
1.826-1.9090.2811260.21326592785100
1.909-2.010.2651300.226522782100
2.01-2.1360.2551340.19826582792100
2.136-2.30.2341380.18926722810100
2.3-2.5320.2661580.19426572815100
2.532-2.8980.2231420.18627042846100
2.898-3.6510.1961450.16227272872100
3.651-33.6640.1881280.1722817294598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4655-0.1512-0.07541.1487-0.05250.3144-0.0279-0.0464-0.04540.23710.0120.29290.03110.00940.02030.14710.00150.06410.0988-0.00350.1514-13.30720.2457-5.99
20.33930.06670.38031.8365-0.20280.4933-0.0830.04260.0238-0.24580.15560.3846-0.04080.0486-0.06950.1882-0.0427-0.06280.18970.02690.2007-13.031-1.9584-26.1226
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 9:125)A9 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 9:124)B9 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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