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- PDB-3cfq: Crystal structure of human wild-type transthyretin in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cfq
タイトルCrystal structure of human wild-type transthyretin in complex with diclofenac
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / transthyretin / thyroxin / familial amyloid polyneurophaty / Disease mutation / Glycoprotein / Hormone / Polymorphism / Polyneuropathy / Retinol-binding / Secreted / Thyroid hormone / Transport / Vitamin A
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-[2,6-DICHLOROPHENYL)AMINO]BENZENEACETIC ACID / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Lima, L.-M.T.R. / Foguel, D. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Identification of a novel ligand binding motif in the transthyretin channel.
著者: Lima, L.M. / Silva, V.D. / Palmieri, L.D. / Oliveira, M.C. / Foguel, D. / Polikarpov, I.
履歴
登録2008年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5154
ポリマ－25,9232
非ポリマー5922
水2,918162
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0318
ポリマ－51,8464
非ポリマー1,1854
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area8550 Å2
ΔGint-36.8 kcal/mol
Surface area18460 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-10.6 kcal/mol
Surface area11260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.070, 85.490, 63.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1-

DIF

21A-206-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR


分子量: 12961.511 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-DIF / 2-[2,6-DICHLOROPHENYL)AMINO]BENZENEACETIC ACID / DICLOFENAC / ジクロフェナク


分子量: 296.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11Cl2NO2 / コメント: 抗炎症剤, 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: mother liquor: 100 mM Tris, pH7.5, 100 mM KCl, 20 % v/v PEG400; drop: 1 uL mother liquor + 1 uL wtTTR 10 mg/mL; crystals appeared in 5 days; complexes obtained by soaking in mother liquor ...詳細: mother liquor: 100 mM Tris, pH7.5, 100 mM KCl, 20 % v/v PEG400; drop: 1 uL mother liquor + 1 uL wtTTR 10 mg/mL; crystals appeared in 5 days; complexes obtained by soaking in mother liquor supplemented with saturating amount of diclofenac, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月3日 / 詳細: Osmic
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→85.49 Å / Num. all: 13772 / Num. obs: 13634 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.09-2.240.3312.3801420180.33197.7
2.2-2.3440.2642.9756718920.26497.1
2.34-2.54.10.2153.6720217700.21596.1
2.5-2.74.10.1634.7674916480.16395.5
2.7-2.964.10.1047.2629115180.10495.5
2.96-3.34.20.06511.3570313530.06593.4
3.3-3.824.20.04315.7511212040.04393
3.82-4.674.30.03716.542769970.03790.9
4.67-6.614.30.02624.133817860.02690.2
6.61-42.764.10.02120.418444480.02184.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.19 Å35.67 Å
Translation2.19 Å35.67 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3CFM

3cfm


解像度: 2.09→35.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 5.412 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 696 5.1 %RANDOM
Rwork0.209 ---
all0.211 13772 --
obs0.211 13634 93.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.972 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0.07 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.107 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→35.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1957 0 38 162 2157
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0212065
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1161.9622845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5145267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.84524.1392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.57715317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6731510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021662
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2860
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21375
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1040.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1150.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4041.51301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.72522084
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.423887
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7324.5761
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 57 -
Rwork0.244 946 -
all-1003 -
obs--96.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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