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- PDB-3ng0: Crystal Structure of Glutamine Synthetase from Synechocystis sp. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ng0
タイトルCrystal Structure of Glutamine Synthetase from Synechocystis sp. PCC 6803
要素Glutamine synthetase
キーワードLIGASE / Glutamine synthetase type I / GSI / Nitrogen Metabolism / Synechocystis
機能・相同性
機能・相同性情報


ammonia assimilation cycle / nitrogen utilization / glutamine synthetase / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / ATP binding / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutamine synthetase, N-terminal domain / Glutamine synthetase type I / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 / Glutamine synthetase, N-terminal conserved site / Glutamine synthetase signature 1. / Glutamine synthetase, beta-Grasp domain / Glutamine synthetase, glycine-rich site / Glutamine synthetase putative ATP-binding region signature. / Glutamine synthetase (GS) beta-grasp domain profile. ...Glutamine synthetase, N-terminal domain / Glutamine synthetase type I / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 / Glutamine synthetase, N-terminal conserved site / Glutamine synthetase signature 1. / Glutamine synthetase, beta-Grasp domain / Glutamine synthetase, glycine-rich site / Glutamine synthetase putative ATP-binding region signature. / Glutamine synthetase (GS) beta-grasp domain profile. / Glutamine synthetase, N-terminal domain superfamily / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase, N-terminal domain / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase (GS) catalytic domain profile. / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Glutamine synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Saelices, L. / Cascio, D. / Florencio, F.J. / Muro-Pastor, M.I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Glutamine Synthetase from Synechocystis sp. PCC 6803
著者: Saelices, L. / Cascio, D. / Florencio, F.J. / Muro-Pastor, M.I.
履歴
登録2010年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamine synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7255
ポリマ－53,0541
非ポリマー6714
水43224
1
A: Glutamine synthetase
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)644,69560
ポリマ－636,64312
非ポリマー8,05248
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation9_556-x,-x+y,-z+11
crystal symmetry operation10_556-y,-x,-z+11
crystal symmetry operation11_556-x+y,y,-z+11
crystal symmetry operation12_556x,x-y,-z+11
Buried area99130 Å2
ΔGint-761 kcal/mol
Surface area173520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.016, 132.016, 202.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

#1: タンパク質 Glutamine synthetase / Glutamate--ammonia ligase


分子量: 53053.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: glnA, slr1756 / プラスミド: pBS-SK+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-ALPHA / 参照: UniProt: P77961, glutamine synthetase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS CRYSTAL CONTAINS 2 MOLECULES PER ASYMMETRIC UNIT. P622 CRYSTAL SYMMETRY GENERATES TWO ...THIS CRYSTAL CONTAINS 2 MOLECULES PER ASYMMETRIC UNIT. P622 CRYSTAL SYMMETRY GENERATES TWO DODECAMERS (BIOLOGICAL UNITS) IN THE UNIT CELL, ONE DODECAMER FROM EACH MONOMER. UNIT CELL TRANSLATIONS ALONG A AND B GENERATE LAYERS IN THE CRYSTAL COMPOSED OF DODECAMER 1 WHICH ARE INTERLEAVED BY SIMILAR LAYERS COMPOSED OF DODECAMER 2. TRANSLOCATION LATTICE DEFECTS (TLD) COMPLICATE THE INTERPRETATION OF THE ELECTRON DENSITY FOR DODECAMER 2. THIS DODECAMER IS DISTRIBUTED RANDOMLY OVER 6 DIFFERENT POSITIONS (DIFFERING IN X,Y COORDINATES) WITHIN THE LAYER. TO FACILITATE INTERPRETATION OF THE ELECTRON DENSITY MAP, THE CONTRIBUTION FROM DODECAMER 2 HAS BEEN REMOVED FROM THE STRUCTURE FACTORS BY APPLYING A LATTICE TRANSLOCATION CORRECTION. ACCORDINGLY, THE COORDINATES FOR THE SECOND MOLECULE ARE NOT INCLUDED IN THIS PDB ENTRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1M sodium acetate,0.1M calcium acetate, 10% PEG 4000, pH 4.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月12日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 25802 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 54.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.213 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.8-2.96.80.424199.2
2.9-3.026.80.37199.5
3.02-3.156.80.302199.3
3.15-3.326.80.274199.1
3.32-3.536.90.233198.7
3.53-3.86.70.21198.7
3.8-4.186.80.196198.4
4.18-4.796.50.178197.5
4.79-6.036.70.176197.2
6.03-1006.30.157193.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 54.72 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å99.51 Å
Translation2.8 Å99.51 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→32.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8182 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7756 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3129 1298 5.04 %RANDOM
Rwork0.2853 ---
obs0.2867 25779 --
原子変位パラメータBiso mean: 28.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.6465 Å20 Å20 Å2
2--6.6465 Å20 Å2
3----13.293 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.546 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→32.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3674 0 34 24 3732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093811HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.165180HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1299SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes97HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes546HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3778HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.53
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4855
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact44734
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.91 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3443 124 4.4 %
Rwork0.3031 2693 -
all0.3048 2817 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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