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万見
- PDB-3nft: Near-atomic resolution analysis of BipD- A component of the type-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nft
タイトルNear-atomic resolution analysis of BipD- A component of the type-III secretion system of Burkholderia pseudomallei
要素Translocator protein bipD
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Virulence / translocation
機能・相同性IpaD-like / IpaD-like / Type III secretion systems tip complex components / BipD-like superfamily / Type III secretion systems tip complex components / Up-down Bundle / extracellular region / Mainly Alpha / Translocator protein BipD
機能・相同性情報
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Pal, M. / Erskine, P.T. / Gill, R.S. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Near-atomic resolution analysis of BipD, a component of the type III secretion system of Burkholderia pseudomallei.
著者: Pal, M. / Erskine, P.T. / Gill, R.S. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.
履歴
登録2010年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translocator protein bipD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0871
ポリマ－33,0871
非ポリマー00
水4,666259
1
A: Translocator protein bipD

A: Translocator protein bipD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1742
ポリマ－66,1742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2540 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area24000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.150, 60.420, 90.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Translocator protein bipD


分子量: 33087.219 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 8-310 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
遺伝子: bipD, BPSS1529 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q63K37
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 35% PEG 4000, 0.1M glycine, 0.02M EDTA, 0.06M cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→34.71 Å / Num. obs: 42898 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6210 / Rsym value: 0.556 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IZP

2izp


解像度: 1.51→34.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.766 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 2157 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
all0.161 ---
obs0.161 40761 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å2-0.12 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.25 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.044 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→34.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2025 0 0 259 2284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2691.9632889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.44433540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3745278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.04924.66103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.43915384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6941519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.451.51343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7391.5550
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.46722171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2183783
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0554.5714
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.54433573
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.8533259
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.25833536
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021447
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.6 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 168 -
Rwork0.29 2965 -
obs-6210 99.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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