PDB-3net: Crystal structure of histidyl-tRNA synthetase from Nostoc sp. PCC 7120

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3net

タイトル

Crystal structure of histidyl-tRNA synthetase from Nostoc sp. PCC 7120

要素

Histidyl-tRNA synthetase

キーワード

LIGASE / Aminoacyl-tRNA synthetase / Structural Genomics / PSI-2 / MCSG / Nostoc / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Chang, C. / Bigelow, L. / Carroll, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of histidyl-tRNA synthetase from Nostoc sp. PCC 7120
著者: Chang, C. / Bigelow, L. / Carroll, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3net.cif.gz	342.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3net.ent.gz	280.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3net.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3net ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3net	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5dfm-d 2qvy-1 1wu7-d 5olb-d 4g84-d 1e9y-d 6o76-d 3ws6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC39058

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Histidyl-tRNA synthetase

B: Histidyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.656, 73.656, 521.912
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

#1: タンパク質	Histidyl-tRNA synthetase / Histidine--tRNA ligase / HisRS 分子量: 52132.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) 遺伝子: hisS, all5012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q8YMC2, histidine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.77 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M calicium Acetate, 0.1M Sodium cacodylate, 40% PEG 300, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月8日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 39794 / Num. obs: 38504 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 29.6
反射シェル	解像度: 2.7→2.72 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 3.67 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
CNS		精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 20.912 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.317
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26545	1925	5 %	RANDOM
R_work	0.21685	-	-	-
obs	0.21926	36491	93.1 %	-
all	-	38416	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.973 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6457	0	4	111	6572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	6550
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.206	1.976	8861
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.565	5	833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.107	24.397	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.742	15	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.334	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4862
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.59	1.5	4193
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.125	2	6716
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.766	3	2357
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.992	4.5	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.879	3	6550
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.771 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	177	-
R_work	0.243	2750	-
obs	-	-	99.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2807	0.3458	0.0862	1.5371	-0.327	2.8748	-0.1512	-0.1917	-0.3981	-0.0714	-0.0197	-0.0778	0.6925	0.3765	0.171	0.2511	0.1475	0.1195	0.3633	0.1262	0.1796	21.0381	20.3383	220.8096
2	2.0159	0.4075	0.1525	0.6015	-0.3589	3.398	0.0689	-0.2086	-0.0771	0.07	-0.036	-0.1011	0.0618	0.0093	-0.0329	0.1767	0.0871	0.0514	0.2625	0.0559	0.2621	20.0082	34.9478	205.929
3	2.1401	-1.5158	-0.0676	3.008	1.1041	1.0611	0.0812	0.063	-0.0386	-0.2713	0.0574	0.0536	0.0485	0.0469	-0.1386	0.2673	0.0164	0.0196	0.1464	0.0342	0.2235	28.335	28.0573	189.6552
4	5.5601	2.536	1.358	1.8915	1.0679	5.0226	0.1244	-0.3361	-0.5529	-0.0313	-0.1718	-0.2963	0.6252	0.2579	0.0474	0.2692	0.1358	0.0495	0.2362	0.1068	0.2434	25.6497	27.4328	209.3973
5	2.7083	0.8501	-0.1254	3.7667	0.3336	8.6699	0.1662	-0.6635	0.7956	0.4048	0.1226	-0.1543	-1.8011	0.9779	-0.2888	0.4829	-0.2813	0.0387	0.808	-0.1742	0.2981	25.1458	50.0762	247.3773
6	2.9721	0.1171	-0.4333	1.1459	0.1309	3.7098	0.006	-0.7384	-0.4402	0.0797	-0.2299	-0.0541	0.687	0.579	0.224	0.1917	0.1609	0.068	0.5552	0.246	0.1185	22.9932	20.6608	235.8408
7	9.3931	-0.4879	1.6975	1.342	0.6115	8.3858	-0.2615	-0.8612	-0.2017	0.2104	0.026	0.1718	-0.4508	0.0535	0.2355	0.2095	0.0029	0.062	0.7688	0.0506	0.0441	13.1465	30.9916	250.9938
8	2.4792	-0.5318	-0.1393	4.5369	-0.9295	6.4975	-0.1713	-0.9566	-0.4665	0.1334	-0.0644	0.0295	1.1394	0.3409	0.2357	0.3844	0.0653	0.1081	1.2397	0.1729	0.1059	12.7161	20.9226	266.2669
9	3.3108	1.2862	-1.387	0.9456	0.6965	4.8357	-0.0196	-0.9036	-0.6425	0.3085	-0.1874	-0.1905	0.9453	0.356	0.207	0.3802	0.1163	0.0653	0.8457	0.2764	0.2146	14.7717	21.878	247.0222
10	3.8319	-0.3646	1.1168	1.4442	-1.0983	3.9736	-0.0553	-0.3091	0.2456	-0.0503	-0.0141	-0.0117	-0.0586	-0.0909	0.0694	0.0713	0.0489	0.0136	0.2596	-0.0352	0.2251	-1.4399	40.7449	210.7316

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	151 - 184
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	185 - 296
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	297 - 362
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	363 - 461
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 150
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	151 - 184
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	185 - 296
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	297 - 362
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	363 - 461

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