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- PDB-4g84: Crystal structure of human HisRS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g84
タイトルCrystal structure of human HisRS
要素Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
キーワードLIGASE / synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / mitochondrial translation / translation / protein homodimerization activity / mitochondrion / RNA binding ...histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / mitochondrial translation / translation / protein homodimerization activity / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidyl-anticodon-binding / Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS ...Histidyl-anticodon-binding / Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / S15/NS1, RNA-binding / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wei, Z. / Wu, J. / Zhou, J.J. / Yang, X.-L. / Zhang, M. / Schimmel, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Internally Deleted Human tRNA Synthetase Suggests Evolutionary Pressure for Repurposing.
著者: Xu, Z. / Wei, Z. / Zhou, J.J. / Ye, F. / Lo, W.S. / Wang, F. / Lau, C.F. / Wu, J. / Nangle, L.A. / Chiang, K.P. / Yang, X.L. / Zhang, M. / Schimmel, P.
履歴
登録2012年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
B: Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2566
ポリマ－105,0132
非ポリマー2434
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8230 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area36490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.519, 93.519, 254.533
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic / Histidyl-tRNA synthetase / HisRS


分子量: 52506.434 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 54-506 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HARS, HRS / プラスミド: PET32m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12081, histidine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.58 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M imidazole 20% v/v PEGMME550, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 45571 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.445.80.67922120.878199.9
2.44-2.495.80.55322330.889199.9
2.49-2.535.90.49122520.8751100
2.53-2.595.90.40322320.8891100
2.59-2.6460.36622240.8811100
2.64-2.76.10.32322480.8961100
2.7-2.776.20.2722730.9191100
2.77-2.856.30.21422410.9211100
2.85-2.936.40.17122340.9571100
2.93-3.026.40.14722670.9931100
3.02-3.136.50.11822630.9811100
3.13-3.266.50.09322511.0211100
3.26-3.416.50.0822700.9861100
3.41-3.586.40.06822791.0531100
3.58-3.816.40.06222731.0221100
3.81-4.16.30.05523001.0021100
4.1-4.526.10.05723041.046199.8
4.52-5.175.90.05523311.009199.7
5.17-6.5160.04923680.954199.8
6.51-505.40.03225160.964198.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G85

4g85


解像度: 2.4→32.002 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2498 2124 5.05 %
Rwork0.191 --
obs0.194 42096 93.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.315 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 207.79 Å2 / Biso mean: 54.3744 Å2 / Biso min: 17.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3455 Å20 Å2-0 Å2
2--5.3455 Å2-0 Å2
3----10.6909 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→32.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6903 0 16 166 7085
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53880.2210.66890.74161.09372.0536-0.024-0.08890.01080.0421-0.105-0.035-0.1622-0.28980.09560.18320.04720.03660.14570.00120.1216-28.893636.354611.8789
21.2747-0.74510.00180.44470.49290.41940.11370.03160.1444-0.1581-0.23650.1692-0.4359-0.03160.12430.34840.146-0.13830.1807-0.08740.2734-40.939258.214623.8484
30.4470.2316-0.31781.30170.79250.9304-0.16860.06430.0138-0.2859-0.14380.113-0.0363-0.2750.23130.31950.0384-0.04630.1612-0.02790.2058-30.282245.46612.7382
40.93760.9104-0.34281.32-0.79510.6212-0.0120.0094-0.08910.0208-0.0059-0.1039-0.20140.06860.00990.2254-0.07330.03340.17370.0130.1671-2.198833.6399-20.9169
50.3387-0.5697-0.56790.45940.34641.919-0.02790.0481-0.02610.037-0.08160.02670.2679-0.23590.11760.264-0.10540.01530.08750.00080.1153-27.971322.66624.2701
61.24790.82160.47040.10710.74941.38840.19650.0359-0.41980.28190.0278-0.40890.4388-0.0944-0.22460.3779-0.0209-0.11790.1066-0.00350.3329-14.32163.6453-13.3401
71.9388-0.29641.23680.15570.62582.70020.1711-0.1385-0.4370.15120.05780.04860.7675-0.1423-0.20870.4052-0.0728-0.01470.18190.04960.2609-16.940217.0704-2.0386
81.2119-0.30280.70660.4941-0.38020.5203-0.07490.01090.11810.03680.0122-0.0455-0.04240.19720.07120.24560.0332-0.01740.19390.03140.1638-4.423248.302926.146
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 55:209 )A55 - 209
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 210:326 )A210 - 326
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 327:404 )A327 - 404
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 405:504 )A405 - 504
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 43:172 )B43 - 172
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 173:336 )B173 - 336
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 337:404 )B337 - 404
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 405:504 )B405 - 504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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