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- PDB-6o76: Human cytosolic Histidyl-tRNA synthetase (HisRS) with WHEP domain -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6o76 | ||||||
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Title | Human cytosolic Histidyl-tRNA synthetase (HisRS) with WHEP domain | ||||||
![]() | Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic | ||||||
![]() | LIGASE / tRNA / CMT / WHEP domain / alpha beta domain | ||||||
Function / homology | ![]() histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / mitochondrial translation / translation / protein homodimerization activity / mitochondrion / RNA binding ...histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / mitochondrial translation / translation / protein homodimerization activity / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kuhle, B. / Yang, X.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural characteristics of human histidyl-tRNA synthetase Authors: Kim, Y.K. / Chang, J.E. / Kim, S. / Jeon, Y.H. #1: Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2019 Title: Neurodegenerative Charcot-Marie-Tooth disease as a case study to decipher novel functions of aminoacyl-tRNA synthetases. Authors: Wei, N. / Zhang, Q. / Yang, X.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 303.8 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 53.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5w6mC ![]() 4x5oS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 57489.395 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.29 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 18% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2012 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.787→30 Å / Num. obs: 31689 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 65.07 Å2 / Net I/σ(I): 16.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.787→2.87 Å / Num. unique obs: 1954 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 4X5O Resolution: 2.787→29.021 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / Phase error: 30.16 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.787→29.021 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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