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- PDB-3neq: Crystal structure of the chimeric muscarinic toxin MT7 with loop ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3neq
タイトルCrystal structure of the chimeric muscarinic toxin MT7 with loop 3 from MT1
要素Three-finger muscarinic toxin 7
キーワードTOXIN / Chimeric muscarinic toxin / hM1-muscarinic receptor / snake toxin / green mamba
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake three-finger toxin / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Muscarinic toxin 1 / Muscarinic toxin 7
類似検索 - 構成要素
生物種Dendroaspis angusticeps (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Stura, E.A. / Servent, D. / Menez, R. / Mournier, G. / Menez, A. / Fruchart-Gaillard, C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Engineering of three-finger fold toxins creates ligands with original pharmacological profiles for muscarinic and adrenergic receptors.
著者: Fruchart-Gaillard, C. / Mourier, G. / Blanchet, G. / Vera, L. / Gilles, N. / Menez, R. / Marcon, E. / Stura, E.A. / Servent, D.
履歴
登録2010年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references
改定 1.22012年7月4日Group: Database references
改定 1.32017年5月31日Group: Database references
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Three-finger muscarinic toxin 7
B: Three-finger muscarinic toxin 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5786
ポリマ－15,1932
非ポリマー3844
水5,495305
1
A: Three-finger muscarinic toxin 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7893
ポリマ－7,5971
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Three-finger muscarinic toxin 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7893
ポリマ－7,5971
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Three-finger muscarinic toxin 7
ヘテロ分子

A: Three-finger muscarinic toxin 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5786
ポリマ－15,1932
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_546x+1/2,-y-1/2,-z+11
Buried area1370 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area8840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.820, 56.578, 80.709
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Three-finger muscarinic toxin 7 / MT7 / Muscarinic m1-toxin 1 / MTx1 / MT7 / Muscarinic m1-toxin 1


分子量: 7596.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Sequence from two muscarinic toxins with different selectivity for hM1
由来: (合成) Dendroaspis angusticeps (コブラ) / 参照: UniProt: Q8QGR0, UniProt: P81030
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5
詳細: Crystallization by evaporation using a screw cap eppendorf tube and allowing slow leaking through the rubber seal. Crystal stabilization is 1M ammonium sulfate, 5% methyl pentane diol before ...詳細: Crystallization by evaporation using a screw cap eppendorf tube and allowing slow leaking through the rubber seal. Crystal stabilization is 1M ammonium sulfate, 5% methyl pentane diol before transfering to 80% saturated lithium sulfate as cryosalt and flash cooling in liquid ethane. pH 5.5, EVAPORATION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.975598 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975598 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→40.355 Å / Num. obs: 33683 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.25-1.3213.40.953.90.2591100
3.95-56.5812.60.09121.30.028199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VLW

2vlw


解像度: 1.25→32.854 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.07 / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: Anisotropic / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 12.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1678 1703 5.07 %
Rwork0.1473 --
obs0.1483 33614 99.98 %
all-35317 -
溶媒の処理減衰半径: 0.38 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.825 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→32.854 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1052 0 20 305 1377
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071335
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2171833
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.948527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006244
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.28680.22671370.20822626X-RAY DIFFRACTION100
1.2868-1.32830.19321370.17672576X-RAY DIFFRACTION100
1.3283-1.37580.16611270.15092660X-RAY DIFFRACTION100
1.3758-1.43090.15851470.12852631X-RAY DIFFRACTION100
1.4309-1.4960.15611390.11022595X-RAY DIFFRACTION100
1.496-1.57490.12661470.1082627X-RAY DIFFRACTION100
1.5749-1.67360.11981620.10422620X-RAY DIFFRACTION100
1.6736-1.80280.15471300.11272661X-RAY DIFFRACTION100
1.8028-1.98420.171410.14112673X-RAY DIFFRACTION100
1.9842-2.27120.16371280.14482693X-RAY DIFFRACTION100
2.2712-2.86120.18331700.16322693X-RAY DIFFRACTION100
2.8612-32.86520.17741380.16492856X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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