PDB-3nea: Crystal Structure of Peptidyl-tRNA hydrolase from Francisella tul...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nea

タイトル

Crystal Structure of Peptidyl-tRNA hydrolase from Francisella tularensis

要素

Peptidyl-tRNA hydrolase

Alternative ribosome-rescue factor B

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

peptidyl-tRNA (細菌の翻訳)

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-tRNA hydrolase /

aminoacyl-tRNA hydrolase activity /

翻訳 (生物学) /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Lam, R. / McGrath, T.E. / Romanov, V. / Gothe, S.A. / Peddi, S.R. / Razumova, E. / Lipman, R.S. / Branstrom, A.A. / Chirgadze, N.Y.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of Francisella tularensis peptidyl-tRNA hydrolase.
著者: Clarke, T.E. / Romanov, V. / Lam, R. / Gothe, S.A. / Peddi, S.R. / Razumova, E.B. / Lipman, R.S. / Branstrom, A.A. / Chirgadze, N.Y.

履歴

登録	2010年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nea.cif.gz	52.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nea.ent.gz	35.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nea.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3nea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3nea	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pthS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fno-2 4dhw-1 5zk0-2 4qaj-d 2xwg-2 5hqy-d 4jwk-d 4iko-d 6vcj-2 1pl3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptidyl-tRNA hydrolase

ヘテロ分子

23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.683, 93.043, 33.027
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Peptidyl-tRNA hydrolase / Alternative ribosome-rescue factor B / PTH 分子量: 22838.969 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 1-188 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) 遺伝子: FTT_0680c, pth / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus RIPL / 参照: UniProt: Q5NGZ6, peptidyl-tRNA hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.74 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1
4		1
5		1
6		1
7		1
8		1
9		1
10		1

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月28日 / 詳細: VariMax HR

放射

モノクロメーター: VariMax HR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 9412 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Χ²: 1.022 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.25-2.33	6.7	0.49	906	1.03	1	100
2.33-2.42	6.7	0.382	920	1.002	2	100
2.42-2.53	6.7	0.367	931	1.043	3	100
2.53-2.67	6.7	0.302	896	1.044	4	100
2.67-2.83	6.7	0.247	936	1.039	5	100
2.83-3.05	6.7	0.181	935	1.047	6	100
3.05-3.36	6.7	0.122	933	1.039	7	100
3.36-3.85	6.7	0.092	950	1.024	8	100
3.85-4.85	6.6	0.065	967	0.97	9	100
4.85-50	6.1	0.065	1038	0.981	10	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.43 Å	31.13 Å
Translation	2.43 Å	31.13 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CrystalClear		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PTH

2pth

解像度: 2.25→33.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / WR_factor R_free: 0.21 / WR_factor R_work: 0.163 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.62 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	438	4.7 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
obs	0.193	9380	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.76 Å² / B_iso mean: 25.057 Å² / B_iso min: 10.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→33.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1450	0	21	51	1522

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	1501
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.291	1.956	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.863	5	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.208	25.362	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.728	15	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.475	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.575	1.5	928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.096	2	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.794	3	573
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.916	4.5	523

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.25-2.308	0.305	39	0.204	632	673	99.703
2.308-2.371	0.287	27	0.216	642	669	100
2.371-2.439	0.316	30	0.219	586	616	100
2.439-2.514	0.288	28	0.206	607	635	100
2.514-2.596	0.226	29	0.215	567	596	100
2.596-2.687	0.339	20	0.203	565	585	100
2.687-2.787	0.256	29	0.227	544	573	100
2.787-2.9	0.451	24	0.193	521	545	100
2.9-3.028	0.311	23	0.181	513	536	100
3.028-3.175	0.205	27	0.188	463	490	100
3.175-3.345	0.16	18	0.179	471	489	100
3.345-3.545	0.248	22	0.173	432	454	100
3.545-3.787	0.251	24	0.187	418	442	100
3.787-4.086	0.248	12	0.17	396	408	100
4.086-4.469	0.193	25	0.161	353	378	100
4.469-4.985	0.201	17	0.157	328	345	100
4.985-5.735	0.237	15	0.204	295	310	100
5.735-6.971	0.209	15	0.186	259	274	100
6.971-9.646	0.138	9	0.165	208	217	100
9.646-33.027	0.203	5	0.242	142	148	99.324

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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