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- PDB-3ncz: X-Ray Co-structure of Rho-Associated Protein Kinase (ROCK1) with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ncz
タイトルX-Ray Co-structure of Rho-Associated Protein Kinase (ROCK1) with a potent 2H-isoquinolin-1-one inhibitor
要素Rho-associated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Rho Kinase / Dimer / Phosphorylation / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of angiotensin-activated signaling pathway / apical constriction / podocyte cell migration / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of phosphatase activity / regulation of keratinocyte differentiation / myoblast migration / positive regulation of connective tissue replacement / membrane to membrane docking / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis ...regulation of angiotensin-activated signaling pathway / apical constriction / podocyte cell migration / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of phosphatase activity / regulation of keratinocyte differentiation / myoblast migration / positive regulation of connective tissue replacement / membrane to membrane docking / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / response to transforming growth factor beta / : / regulation of cell junction assembly / positive regulation of dephosphorylation / negative regulation of bicellular tight junction assembly / bleb / negative regulation of phosphorylation / negative regulation of amyloid precursor protein catabolic process / neuron projection arborization / embryonic morphogenesis / bleb assembly / negative regulation of biomineral tissue development / leukocyte tethering or rolling / regulation of synapse maturation / positive regulation of amyloid-beta clearance / actomyosin structure organization / regulation of establishment of endothelial barrier / RHO GTPases Activate ROCKs / negative regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of stress fiber assembly / regulation of cell motility / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / response to angiotensin / aortic valve morphogenesis / regulation of establishment of cell polarity / RHOBTB1 GTPase cycle / motor neuron apoptotic process / RND3 GTPase cycle / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of neuron differentiation / cortical actin cytoskeleton organization / regulation of focal adhesion assembly / leukocyte cell-cell adhesion / leukocyte migration / RHOB GTPase cycle / tau-protein kinase activity / EPHA-mediated growth cone collapse / mRNA destabilization / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / Apoptotic cleavage of cellular proteins / RHOC GTPase cycle / negative regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of focal adhesion assembly / mitotic cytokinesis / Rho protein signal transduction / RHOH GTPase cycle / smooth muscle contraction / epithelial to mesenchymal transition / RHOA GTPase cycle / regulation of cell adhesion / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of autophagy / regulation of microtubule cytoskeleton organization / ruffle / EPHB-mediated forward signaling / regulation of cell migration / centriole / negative regulation of angiogenesis / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of protein binding / protein localization to plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / tau protein binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / VEGFA-VEGFR2 Pathway / small GTPase binding / cytoplasmic stress granule / neuron projection development / G alpha (12/13) signalling events / lamellipodium / actin cytoskeleton organization / peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of MAPK cascade / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rho-associated protein kinase 1, HR1 / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Rho-associated protein kinase 1, HR1 / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3NC / Rho-associated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Li, X.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Substituted 2H-isoquinolin-1-ones as potent Rho-kinase inhibitors: Part 2, optimization for blood pressure reduction in spontaneously hypertensive rats.
著者: Ginn, J.D. / Bosanac, T. / Chen, R. / Cywin, C. / Hickey, E. / Kashem, M. / Kerr, S. / Kugler, S. / Li, X. / Prokopowicz, A. / Schlyer, S. / Smith, J.D. / Turner, M.R. / Wu, F. / Young, E.R.
履歴
登録2010年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho-associated protein kinase 1
B: Rho-associated protein kinase 1
C: Rho-associated protein kinase 1
D: Rho-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,3288
ポリマ－192,0494
非ポリマー1,2794
水1,13563
1
A: Rho-associated protein kinase 1
B: Rho-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6644
ポリマ－96,0252
非ポリマー6402
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area36330 Å2
手法PISA
2
C: Rho-associated protein kinase 1
D: Rho-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6644
ポリマ－96,0252
非ポリマー6402
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area36980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.439, 80.863, 166.619
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Rho-associated protein kinase 1 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 1 / p160 ROCK-1 / p160ROCK / Renal carcinoma ...Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 1 / p160 ROCK-1 / p160ROCK / Renal carcinoma antigen NY-REN-35


分子量: 48012.285 Da / 分子数: 4 / 断片: N-TERMINAL AND KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-415 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROCK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13464, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-3NC / cis-4-amino-N-(7-chloro-1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-6-yl)cyclohexanecarboxamide


分子量: 319.786 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18ClN3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 8.5% PEG3350, 0.1M MES, 50 mM CaCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月26日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→44.45 Å / Num. all: 38534 / Num. obs: 38507 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.4 / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 6.42 % / Biso Wilson estimate: 95.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique all% possible all
3-3.116.540.7271.43846100
3.11-3.236.550.6641.73819100
3.23-3.386.520.5412.23802100
3.38-3.566.440.41733820100
3.56-3.786.380.2834.33840100
3.78-4.076.330.1985.93841100
4.07-4.486.390.1298.23861100
4.48-5.136.410.10210.23842100
5.13-6.466.440.08511.93895100
6.46-44.456.170.04223.6394199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
CNX精密化
MAR345dtbデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→44.118 Å / SU ML: 0.51 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3278 1926 5 %RANDOM
Rwork0.255 ---
obs0.2587 38500 99.91 %-
all-38507 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 114.196 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6952 Å20 Å210.6135 Å2
2---8.6106 Å20 Å2
3---7.9154 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→44.118 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12680 0 88 63 12831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01213451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24517669
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2674825
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811864
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052280
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
3-3.0750.38361110.3825732684100
3.075-3.15820.42791400.369925992739100
3.1582-3.25110.39651380.374226192757100
3.2511-3.3560.43611340.346626222756100
3.356-3.47590.38651440.319725912735100
3.4759-3.6150.37641210.307526022723100
3.615-3.77940.37151310.290326002731100
3.7794-3.97850.35331480.285425822730100
3.9785-4.22760.35461540.258125962750100
4.2276-4.55370.3371360.231426352771100
4.5537-5.01140.33351250.225526432768100
5.0114-5.73520.32851350.226126152750100
5.7352-7.22070.28491610.227326152776100
7.2207-44.12240.24831480.19312682283099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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