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万見
- PDB-3nbn: Crystal structure of a dimer of Notch Transcription Complex trime... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nbn
タイトルCrystal structure of a dimer of Notch Transcription Complex trimers on HES1 DNA
要素
  • (DNA, HES1 promoter) x 2
  • Mastermind-like protein 1
  • Neurogenic locus notch homolog protein 1
  • Recombining binding protein suppressor of hairless
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Promoter Regions / Notch1 / CSL / RBPJ / Mastermind / Transcription Factors / Transcription / Transcriptional Activation / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of reproductive process / blood vessel endothelial cell fate specification / positive regulation of ERBB signaling pathway / regulation of generation of precursor metabolites and energy / club cell differentiation / arterial endothelial cell fate commitment / blood vessel lumenization / regulation of timing of cell differentiation / atrioventricular node cell development / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway ...regulation of reproductive process / blood vessel endothelial cell fate specification / positive regulation of ERBB signaling pathway / regulation of generation of precursor metabolites and energy / club cell differentiation / arterial endothelial cell fate commitment / blood vessel lumenization / regulation of timing of cell differentiation / atrioventricular node cell development / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / secondary heart field specification / pulmonary valve development / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / Defective LFNG causes SCDO3 / dorsal aorta morphogenesis / sebaceous gland development / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / glomerular mesangial cell development / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / endocardium morphogenesis / foregut morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / distal tubule development / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / aortic valve development / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cardiac chamber formation / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / atrioventricular node development / positive regulation of transcription of Notch receptor target / neuroendocrine cell differentiation / collecting duct development / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / cellular response to tumor cell / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / compartment pattern specification / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / T-helper 17 type immune response / regulation of extracellular matrix assembly / endocardial cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / cardiac ventricle morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / cardiac left ventricle morphogenesis / epidermal cell fate specification / mesenchymal cell development / pituitary gland development / negative regulation of collagen biosynthetic process / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / negative regulation of myotube differentiation / left/right axis specification / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / somatic stem cell division / interleukin-17-mediated signaling pathway / negative regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of endothelial cell differentiation / endocardium development / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / Pre-NOTCH Processing in Golgi / cardiac epithelial to mesenchymal transition / atrioventricular canal development / negative regulation of catalytic activity / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / hair follicle maturation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / neuronal stem cell population maintenance / tissue regeneration / calcium-ion regulated exocytosis / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / tube formation
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #970 / Neurogenic mastermind-like, N-terminal / Mastermind-like 1-3 / Neurogenic mastermind-like, N-terminal domain superfamily / : / : / MamL-1 domain / Mastermind-like 1/3, transactivation domain 2 / Mastermind-like 1/3, transactivation domain 1 / MamL-1 domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #970 / Neurogenic mastermind-like, N-terminal / Mastermind-like 1-3 / Neurogenic mastermind-like, N-terminal domain superfamily / : / : / MamL-1 domain / Mastermind-like 1/3, transactivation domain 2 / Mastermind-like 1/3, transactivation domain 1 / MamL-1 domain / LAG1, DNA binding domain / Beta-trefoil DNA-binding domain / RBP-J/Cbf11/Cbf12, DNA binding / Beta-trefoil domain superfamily / RBP-J/Cbf11, DNA binding domain superfamily / RBP-Jkappa, IPT domain / Suppressor of hairless-like / Beta-trefoil DNA-binding domain / LAG1, DNA binding / TIG domain / LAG1, DNA binding / Beta-trefoil DNA-binding domain / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / : / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / Ankyrin repeats (many copies) / : / Calcium-binding EGF domain / Ankyrin repeat-containing domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / p53-like transcription factor, DNA-binding / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Helix non-globular / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Special / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Recombining binding protein suppressor of hairless / Mastermind-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Arnett, K.L. / Blacklow, S.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and mechanistic insights into cooperative assembly of dimeric Notch transcription complexes.
著者: Arnett, K.L. / Hass, M. / McArthur, D.G. / Ilagan, M.X. / Aster, J.C. / Kopan, R. / Blacklow, S.C.
履歴
登録2010年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Recombining binding protein suppressor of hairless
B: Neurogenic locus notch homolog protein 1
C: Mastermind-like protein 1
D: Recombining binding protein suppressor of hairless
E: Neurogenic locus notch homolog protein 1
F: Mastermind-like protein 1
X: DNA, HES1 promoter
Y: DNA, HES1 promoter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,0488
ポリマ－192,0488
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20020 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area69420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)295.112, 108.059, 87.239
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13C
23F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A12 - 434
2111D12 - 434
1121B1921 - 2119
2121E1921 - 2119
1131C16 - 70
2131F16 - 70

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Recombining binding protein suppressor of hairless / J kappa-recombination signal-binding protein / RBP-J kappa / RBP-JK / RBP-J / CBF-1 / Renal ...J kappa-recombination signal-binding protein / RBP-J kappa / RBP-JK / RBP-J / CBF-1 / Renal carcinoma antigen NY-REN-30


分子量: 49237.180 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 23-448 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKJRB, IGKJRB1, RBPJ, RBPJK, RBPSUH / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta II pLysS / 参照: UniProt: Q06330
#2: タンパク質 Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch 1 / hN1 / Translocation-associated notch protein TAN-1 / Notch 1 extracellular truncation / ...Notch 1 / hN1 / Translocation-associated notch protein TAN-1 / Notch 1 extracellular truncation / Notch 1 intracellular domain


分子量: 27885.004 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1872-2126 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTCH1, TAN1 / プラスミド: PDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P46531
#3: タンパク質 Mastermind-like protein 1 / Mam-1


分子量: 7532.758 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 13-74 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0200, MAML1 / プラスミド: pRSET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q92585
#4: DNA鎖 DNA, HES1 promoter


分子量: 11526.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Sequence from mouse and human HES1 promoter region
#5: DNA鎖 DNA, HES1 promoter


分子量: 11211.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Sequence from mouse and human HES1 promoter region
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 3% PEG3350, 10% ethylene glycol, 0.15M NaCl, 0.1M magnesium chloride, 0.1M BIS-TRIS, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→50 Å / Num. obs: 35389 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.069 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.45-3.517.20.39617331.17299.9
3.51-3.577.70.36517771.112100
3.57-3.648.10.3217671.118100
3.64-3.728.80.27917521.099100
3.72-3.89.10.24917791.08100
3.8-3.899.50.21817481.085100
3.89-3.989.70.16817791.04100
3.98-4.099.90.13217361.065100
4.09-4.21100.11117771.095100
4.21-4.3510.10.09317741.038100
4.35-4.510.20.08417521.06199.9
4.5-4.6810.10.0717661.034100
4.68-4.8910.10.0717611.013100
4.89-5.1510.20.0717981.08100
5.15-5.47100.07317491.067100
5.47-5.910.10.07517771.025100
5.9-6.49100.06117731.066100
6.49-7.439.80.04717841.199.8
7.43-9.359.90.03117871.04599.4
9.35-509.90.02918201.04598.8

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.63 Å47.77 Å
Translation3.63 Å47.77 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 37527
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
14.26-10044.90.56507
11-14.2636.40.707606
9.28-1132.40.754751
8.18-9.2839.80.72848
7.4-8.1842.80.716953
6.8-7.445.30.6691038
6.33-6.846.20.6441121
5.94-6.3345.40.6491233
5.62-5.9447.90.6471258
5.35-5.6246.90.6731340
5.11-5.3543.50.6781385
4.9-5.1141.60.7091477
4.71-4.941.10.7171538
4.55-4.7139.60.7251578
4.4-4.5541.30.6871613
4.26-4.441.50.7021700
4.14-4.2644.50.6781699
4.02-4.1444.50.6711764
3.92-4.0246.30.631770
3.82-3.92490.6151767
3.73-3.8250.90.6211772
3.65-3.7351.50.5971756
3.57-3.6552.10.5751671
3.5-3.5749.90.5841552
3.43-3.5550.5591381
3.36-3.4357.70.4961239
3.3-3.3658.30.4961002
3.19-3.362.60.4611208

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: protein components of 2F8X

2f8x


解像度: 3.45→45.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / WRfactor Rfree: 0.299 / WRfactor Rwork: 0.252 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.763 / SU B: 32.278 / SU ML: 0.523 / SU Rfree: 0.631 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.631 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 1802 5.1 %RANDOM
Rwork0.254 ---
obs0.256 35361 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 221.64 Å2 / Biso mean: 126.54 Å2 / Biso min: 63.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20.02 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→45.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10686 1512 0 0 12198
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02112593
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6092.11317339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.049319991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.69351342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41123.684532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.912151938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7061598
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02112933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6811.56722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0731.52714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.266210826
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.03935871
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8734.56513
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A5757TIGHT POSITIONAL0.030.05
1A5757TIGHT THERMAL0.050.5
2B2524TIGHT POSITIONAL0.030.05
2B2524TIGHT THERMAL0.20.5
3C833TIGHT POSITIONAL0.020.05
3C833TIGHT THERMAL0.570.5
LS精密化 シェル解像度: 3.448→3.537 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 109 -
Rwork0.342 2394 -
all-2503 -
obs--96.01 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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