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万見
- EMDB-5013: A 3D EM map of the subcomplex Orc1-5 of the yeast origin recognit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5013
タイトルA 3D EM map of the subcomplex Orc1-5 of the yeast origin recognition complex (ORC).
マップデータThis is a 3D negatively stained EM map of a subcomplex (Orc1-5) of the yeast origin recognition complex (ORC - Orc1-6). This subcomplex does not contain the smallest subunit Orc6 of ORC.
試料
  • 試料: Yeast ORC subcomplex Orc1-5.
  • タンパク質・ペプチド: Chromosomal replication origin recognition protein Orc1p
  • タンパク質・ペプチド: Orc2
  • タンパク質・ペプチド: Orc3
  • タンパク質・ペプチド: Orc4
  • タンパク質・ペプチド: Orc5
キーワードNegative stain electron microscopy / single particle image reconstruction / yeast replication initiation / origin recognition complex / DNA binding protein
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Chen Z / Speck C / Wendel P / Tang C / Stillman B / Li H
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2008
タイトル: The architecture of the DNA replication origin recognition complex in Saccharomyces cerevisiae.
著者: Zhiqiang Chen / Christian Speck / Patricia Wendel / Chunyan Tang / Bruce Stillman / Huilin Li /
要旨: The origin recognition complex (ORC) is conserved in all eukaryotes. The six proteins of the Saccharomyces cerevisiae ORC that form a stable complex bind to origins of DNA replication and recruit ...The origin recognition complex (ORC) is conserved in all eukaryotes. The six proteins of the Saccharomyces cerevisiae ORC that form a stable complex bind to origins of DNA replication and recruit prereplicative complex (pre-RC) proteins, one of which is Cdc6. To further understand the function of ORC we recently determined by single-particle reconstruction of electron micrographs a low-resolution, 3D structure of S. cerevisiae ORC and the ORC-Cdc6 complex. In this article, the spatial arrangement of the ORC subunits within the ORC structure is described. In one approach, a maltose binding protein (MBP) was systematically fused to the N or the C termini of the five largest ORC subunits, one subunit at a time, generating 10 MBP-fused ORCs, and the MBP density was localized in the averaged, 2D EM images of the MBP-fused ORC particles. Determining the Orc1-5 structure and comparing it with the native ORC structure localized the Orc6 subunit near Orc2 and Orc3. Finally, subunit-subunit interactions were determined by immunoprecipitation of ORC subunits synthesized in vitro. Based on the derived ORC architecture and existing structures of archaeal Orc1-DNA structures, we propose a model for ORC and suggest how ORC interacts with origin DNA and Cdc6. The studies provide a basis for understanding the overall structure of the pre-RC.
履歴
登録2008年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年5月14日-
マップ公開2009年4月23日-
更新2011年7月8日-
現状2011年7月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5013_1.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5013.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a 3D negatively stained EM map of a subcomplex (Orc1-5) of the yeast origin recognition complex (ORC - Orc1-6). This subcomplex does not contain the smallest subunit Orc6 of ORC.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.54 Å/pix.
x 100 pix.
= 254. Å		2.54 Å/pix.
x 100 pix.
= 254. Å		2.54 Å/pix.
x 100 pix.
= 254. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-0.0000278656 - 9.865919999999999
平均 (標準偏差)0.0892259 (±0.530543)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-50-50
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 254 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z254.000254.000254.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-127-127-127
NX/NY/NZ255255255
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-50-50-50
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.0009.8660.089

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast ORC subcomplex Orc1-5.

全体名称: Yeast ORC subcomplex Orc1-5.
要素
  • 試料: Yeast ORC subcomplex Orc1-5.
  • タンパク質・ペプチド: Chromosomal replication origin recognition protein Orc1p
  • タンパク質・ペプチド: Orc2
  • タンパク質・ペプチド: Orc3
  • タンパク質・ペプチド: Orc4
  • タンパク質・ペプチド: Orc5

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超分子 #1000: Yeast ORC subcomplex Orc1-5.

超分子名称: Yeast ORC subcomplex Orc1-5. / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was purified by gel filtration and was indeed monodisperse.
集合状態: One heteropentamer (Orc1-Orc2-Orc3-Orc4-Orc5) / Number unique components: 5
分子量理論値: 362 KDa

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分子 #1: Chromosomal replication origin recognition protein Orc1p

分子名称: Chromosomal replication origin recognition protein Orc1p
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Orc1p / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)細胞: Yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 120 KDa / 理論値: 120 KDa
組換発現生物種: Sf9 insect cells / 組換プラスミド: bvORC1

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分子 #2: Orc2

分子名称: Orc2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Orc2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)株: S. cerevisiae / 細胞: Yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 71 KDa / 理論値: 71 KDa
組換発現生物種: Sf9 insect cells / 組換プラスミド: bvORC2

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分子 #3: Orc3

分子名称: Orc3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Orc3 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)株: S. cerevisiae / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 62 KDa / 理論値: 62 KDa
組換発現生物種: Sf9 insect cells / 組換プラスミド: bvORC3

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分子 #4: Orc4

分子名称: Orc4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: Orc4 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)株: S. cerevisiae / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 56 KDa / 理論値: 56 KDa
組換発現生物種: bvORC4 / 組換プラスミド: SF9 insect cells

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分子 #5: Orc5

分子名称: Orc5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: Orc5 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)株: S. cerevisiae / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 53 KDa / 理論値: 53 KDa
組換発現生物種: bvORC5 / 組換プラスミド: SF9 insect cells

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
詳細: 50 mM Hepes-KOH pH 7.6, 100 mM potassium glutamate, 5 mM MgCl2, 1 mM EGTA, and 1mM ATP-gamma-S
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: A 6.0 micro liter drop of sample solution was applied to a glow-discharged 300-mesh copper grid covered with a thin layer of carbon film, and after a brief incubation of 30 - 60 s, the excess ...詳細: A 6.0 micro liter drop of sample solution was applied to a glow-discharged 300-mesh copper grid covered with a thin layer of carbon film, and after a brief incubation of 30 - 60 s, the excess sample solution was blotted with a small piece of filter paper. The grid was then stained in a deep stain procedure by three consecutive 5 micro liter drops of 2.0% uranyl acetate aqueous solution. Each drop was left on grid for 15 - 20 s at room temperature before blotting. After blotting the last stain drop, the grid was quickly dried by a stream of argon to prevent crystallization of the stain salt.
グリッド詳細: 300 mesh copper grid covered with continuous carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200EX
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 250,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: 2
日付2005年10月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 12.7 µm / 実像数: 50 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / Od range: 1.3 / ビット/ピクセル: 14
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 5.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, SPIDER / 使用した粒子像数: 8935
最終 2次元分類クラス数: 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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