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万見
- PDB-3nbi: Crystal structure of human RMI1 N-terminus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nbi
タイトルCrystal structure of human RMI1 N-terminus
要素RecQ-mediated genome instability protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / OB-fold / RPA-like
機能・相同性
機能・相同性情報


RecQ family helicase-topoisomerase III complex / reduction of food intake in response to dietary excess / resolution of DNA recombination intermediates / resolution of meiotic recombination intermediates / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) ...RecQ family helicase-topoisomerase III complex / reduction of food intake in response to dietary excess / resolution of DNA recombination intermediates / resolution of meiotic recombination intermediates / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / response to glucose / double-strand break repair via homologous recombination / G2/M DNA damage checkpoint / HDR through Homologous Recombination (HRR) / multicellular organism growth / glucose homeostasis / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA replication / nuclear body / nucleotide binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
RecQ-mediated genome instability protein 1, N-terminal domain / RecQ-mediated genome instability protein Rmi1, C-terminal domain / RecQ-mediated genome instability protein 1, C-terminal OB-fold domain / RecQ-mediated genome instability protein 1, N-terminal helical domain superfamily / : / Recq-mediated genome instability protein 1, C-terminal OB-fold / RMI1, N-terminal helical domain / DUF1767 / RecQ mediated genome instability protein 1, N-terminal / RecQ mediated genome instability protein, N-terminal OB-fold superfamily ...RecQ-mediated genome instability protein 1, N-terminal domain / RecQ-mediated genome instability protein Rmi1, C-terminal domain / RecQ-mediated genome instability protein 1, C-terminal OB-fold domain / RecQ-mediated genome instability protein 1, N-terminal helical domain superfamily / : / Recq-mediated genome instability protein 1, C-terminal OB-fold / RMI1, N-terminal helical domain / DUF1767 / RecQ mediated genome instability protein 1, N-terminal / RecQ mediated genome instability protein, N-terminal OB-fold superfamily / RMI1, N-terminal OB-fold domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RecQ-mediated genome instability protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, F. / Yang, Y. / Singh, T.R. / Busygina, V. / Guo, R. / Wan, K. / Wang, W. / Sung, P. / Meetei, A.R. / Lei, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of RMI1 and RMI2, Two OB-Fold Regulatory Subunits of the BLM Complex.
著者: Wang, F. / Yang, Y. / Singh, T.R. / Busygina, V. / Guo, R. / Wan, K. / Wang, W. / Sung, P. / Meetei, A.R. / Lei, M.
履歴
登録2010年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RecQ-mediated genome instability protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4951
ポリマ－24,4951
非ポリマー00
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.896, 57.896, 117.475
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 RecQ-mediated genome instability protein 1 / BLM-associated protein of 75 kDa / BLAP75 / FAAP75


分子量: 24495.408 Da / 分子数: 1 / 断片: RMI1N, residues 2-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RMI1, C9orf76 / プラスミド: pET28b-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H9A7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.99 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: The precipitant/well solution contained 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 18% PEG 3350, 300 mM NaSCN, 10 mM NiCl2 and 10 mM DTT., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月28日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. all: 29816 / Num. obs: 29430 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 31.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 48.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCDデータ収集
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 2827 -RANDOM
Rwork0.222 ---
all-29770 --
obs-29382 98.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1539 0 0 72 1611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34973
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007434

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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