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万見
- PDB-3n8t: Native structure of TK1436, a GH57 branching enzyme from hyperthe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n8t
タイトルNative structure of TK1436, a GH57 branching enzyme from hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakaraensis
要素alpha-amylase, GH57 family
キーワードTRANSFERASE / GH57 family member / branching enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-glucan biosynthetic process / 1,4-alpha-glucan branching enzyme / : / 1,4-alpha-glucan branching enzyme activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / 1,4-alpha-glucan branching enzyme, C-terminal / Glycoside hydrolase families 57, central domain / 1,4-alpha-glucan branching enzyme MT3115-like / 1,4-alpha-glucan branching enzyme, C-terminal / immunoglobulin/albumin-binding domain-like / Families 57/38 glycoside transferase, middle domain / Glycoside hydrolase family 57, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 57 / Glycoside hydrolase 38, N terminal domain ...: / 1,4-alpha-glucan branching enzyme, C-terminal / Glycoside hydrolase families 57, central domain / 1,4-alpha-glucan branching enzyme MT3115-like / 1,4-alpha-glucan branching enzyme, C-terminal / immunoglobulin/albumin-binding domain-like / Families 57/38 glycoside transferase, middle domain / Glycoside hydrolase family 57, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 57 / Glycoside hydrolase 38, N terminal domain / 7-stranded beta/alpha barrel / Glycoside hydrolase 38, N-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase families 57/38, central domain superfamily / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 1,4-alpha-glucan branching enzyme TK1436
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Santos, C.R. / Tonoli, C.C.C. / Trindade, D.M. / Betzel, C. / Takata, H. / Kuriki, T. / Kanai, T. / Imanaka, T. / Arni, R.K. / Murakami, M.T.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Structural basis for branching-enzyme activity of glycoside hydrolase family 57: Structure and stability studies of a novel branching enzyme from the hyperthermophilic archaeon ...タイトル: Structural basis for branching-enzyme activity of glycoside hydrolase family 57: Structure and stability studies of a novel branching enzyme from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus Kodakaraensis KOD1.
著者: Santos, C.R. / Tonoli, C.C. / Trindade, D.M. / Betzel, C. / Takata, H. / Kuriki, T. / Kanai, T. / Imanaka, T. / Arni, R.K. / Murakami, M.T.
履歴
登録2010年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha-amylase, GH57 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4683
ポリマ－66,1681
非ポリマー3002
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.424, 78.953, 134.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 alpha-amylase, GH57 family


分子量: 66167.953 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-562 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: KOD1 / 遺伝子: TK1436 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q5JDJ7, 1,4-alpha-glucan branching enzyme
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM sodium acetate (pH 5.5), 15% (w/v) PEG 8000, 10% (v/v) PEG 400 and 200 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日
放射モノクロメーター: Si (111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→68.1 Å / Num. obs: 29790 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 46.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2906 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UFA

1ufa


解像度: 2.4→68.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 6.93 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24181 1510 5.1 %RANDOM
Rwork0.18148 ---
obs0.18456 28226 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.958 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→68.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4582 0 20 225 4827
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0224740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8061.9486409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8125549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09923.145248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.43915810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4281539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1131.52735
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.11824412
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.26832005
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3374.51997
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 121 -
Rwork0.236 2012 -
obs--98.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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