PDB-3n5k: Structure Of The (Sr)Ca2+-ATPase E2-AlF4- Form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n5k

タイトル

Structure Of The (Sr)Ca2+-ATPase E2-AlF4- Form

要素

Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1

キーワード

HYDROLASE / SERCA / Adenosine Triphosphate / Calcium-Transporting ATPases / Thapsigargin

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Bublitz, M. / Olesen, C. / Poulsen, H. / Morth, J.P. / Moller, J.V. / Nissen, P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Ion pathways in the sarcoplasmic reticulum Ca2+-ATPase.
著者: Bublitz, M. / Musgaard, M. / Poulsen, H. / Thogersen, L. / Olesen, C. / Schiott, B. / Morth, J.P. / Moller, J.V. / Nissen, P.

履歴

登録	2010年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年2月27日	Group: Database references
改定 1.3	2014年3月19日	Group: Refinement description
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n5k.cif.gz	787.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n5k.ent.gz	654.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n5k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/3n5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/3n5k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3n8gC 3fgoS 1xp5 3b9r S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fpb-d 4bew-2 3fgo-1 4bew-1 3ar8-d 4ycn-d 3b9r-2 5zmv-d 6yso-1 4uu0-d 3ar7-d 5a3s-1 5mpm-d 3w5d-d 3ar4-d 3ar3-d 4ycl-d 6yso-2 2eat-d 4ycm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (19) #51 - 2004年3月カルシウムポンプ (Calcium Pump) 類似性 (19) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (19)
#51 - 2004年3月
カルシウムポンプ (Calcium Pump)
類似性 (19)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
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ミオシン (Myosin)
類似性 (1)
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C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
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ニトロゲナーゼ (Nitrogenase)
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#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1

B: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1

ヘテロ分子

221 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.930, 109.420, 276.092
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1 / SR Ca(2+)-ATPase 1 / SERCA1 / Calcium pump 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum ...SR Ca(2+)-ATPase 1 / SERCA1 / Calcium pump 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum type / fast twitch skeletal muscle isoform / Endoplasmic reticulum class 1/2 Ca(2+) ATPase 分子量: 109602.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P04191, Ca2+-transporting ATPase

#1: タンパク質

Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1 / SR Ca(2+)-ATPase 1 / SERCA1 / Calcium pump 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum ...

分子量: 109602.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P04191, Ca2+-transporting ATPase

-
非ポリマー , 6種, 832分子

#2: 化合物	ChemComp-TG1 / OCTANOIC ACID [3S-[3ALPHA, 3ABETA, 4ALPHA, 6BETA, 6ABETA, 7BETA, 8ALPHA(Z), 9BALPHA]]-6-(ACETYLOXY)-2,3,-3A,4,5,6,6A,7,8,9B-DECAHYDRO-3,3A-DIHYDROXY-3,6,9-TRIMETHYL-8-[(2-METHYL-1-OXO-2-BUTENYL)OX Y]-2-OXO-4-(1-OXOBUTOXY)-AZULENO[4,5-B]FURAN-7-YL ESTER / THAPSIGARGIN / タプシガルギン分子量: 650.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₅₀O₁₂ / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF₄
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 820 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y
配列の詳細	RESIDUES DPEDERRK (994-1001) HAVE BEEN REPLACED BY G IN ISOFORM P04191-2

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.67 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 13% PEG 6000, 6% 2-methyl-2,4-pentane diol, 70mM sodium acetate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0007 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年10月11日
放射	モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0007 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→82 Å / Num. obs: 156560 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 38.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 9.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
remdaq.pilatus		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3FGO

3fgo

解像度: 2.2→72 Å / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216	7823	5 %
R_work	0.184	-	-
obs	0.186	156449	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.33 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.6891 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	8.5793 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.8901 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15342	0	122	820	16284

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	15742
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.179	21356
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.455	5998
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	2474
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2720

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.2696	254	0.2379	4889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.225-2.2512	0.3122	265	0.2732	4851	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2512-2.2786	0.2371	253	0.234	4903	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2786-2.3075	0.2428	260	0.2148	4892	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3075-2.3379	0.2507	260	0.214	4944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3379-2.3699	0.2469	256	0.2104	4912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3699-2.4037	0.2726	251	0.2045	4808	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4037-2.4396	0.2104	259	0.1981	4940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4396-2.4777	0.2356	262	0.1931	4912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4777-2.5184	0.2599	254	0.1927	4905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5184-2.5618	0.2367	258	0.182	4931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5618-2.6084	0.2296	263	0.1776	4939	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6084-2.6586	0.2379	260	0.1735	4910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6586-2.7128	0.2043	262	0.179	4927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7128-2.7718	0.1971	259	0.1683	4951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7718-2.8363	0.2038	254	0.1695	4922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8363-2.9072	0.2168	264	0.1784	4937	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9072-2.9858	0.2146	258	0.1759	4925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9858-3.0737	0.2287	261	0.1781	4925	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0737-3.1729	0.203	260	0.1783	5001	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1729-3.2863	0.2254	263	0.1792	4948	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2863-3.4179	0.2069	263	0.1846	4997	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4179-3.5734	0.2078	259	0.1774	4961	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5734-3.7618	0.2058	267	0.1729	4996	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7618-3.9975	0.1784	261	0.1641	4954	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9975-4.3061	0.1853	263	0.1566	5020	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3061-4.7394	0.2087	266	0.154	5036	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7394-5.425	0.1897	265	0.1654	5054	X-RAY DIFFRACTION	100
5.425-6.834	0.2056	268	0.1883	5103	X-RAY DIFFRACTION	99
6.834-72.0405	0.1928	275	0.179	5233	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3817	-0.4941	-0.1442	0.5112	0.1794	0.0952	0.2429	0.4516	-0.0452	-0.6666	-0.2307	0.1648	0.1973	-0.3546	-0.0053	0.8986	0.0427	-0.1502	0.8	0.0706	0.2565	36.1891	56.9739	9.1808
2	1.3361	0.0684	-0.0306	1.1555	0.1439	0.0424	0.0497	0.7889	0.0996	-0.8743	0.0493	-0.0359	-0.5544	-0.1524	-0.089	1.1015	0.1101	0.0349	0.7271	0.238	0.1809	46.5993	74.5426	1.1783
3	0.8394	0.0408	0.1867	0.3725	0.219	0.4045	-0.0131	-0.007	-0.0054	0.0078	0.0126	0.0083	0.0199	-0.0185	0.0044	0.2002	-0.0125	0.0219	0.0814	0.0164	0.2111	54.6383	49.0992	60.6381
4	0.0304	-0.0361	-0.1141	0.0456	0.188	0.5888	0.0168	0.3181	0.0118	-0.2915	-0.0414	0.0427	-0.326	-0.2998	0.0419	0.7464	0.0357	0.0501	0.6448	0.0069	0.2422	10.8892	17.466	4.7501
5	0.5602	-0.1003	-0.2793	0.6721	0.2554	0.2046	-0.0254	0.0458	0.0125	-0.3333	-0.0364	-0.128	0.0983	0.7029	0.0623	0.6067	-0.0049	0.1438	0.7638	0.0195	0.225	29.7263	6.9195	1.5198
6	0.983	-0.0517	-0.3349	0.6361	-0.3096	0.6773	-0.0291	-0.0303	-0.0749	-0.0395	-0.0215	0.0836	0.0073	0.0567	0.0464	0.1214	0.0164	-0.0202	0.1072	-0.0227	0.1637	-5.4331	7.1234	56.2834

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 45:122 OR RESID 238:329 ) )	A	45 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 45:122 OR RESID 238:329 ) )	A	238 - 329
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 742:994 )	A	742 - 994
4	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 1:44 OR RESID 123:237 ) )	A	1 - 44
5	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 1:44 OR RESID 123:237 ) )	A	123 - 237
6	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND ( RESID 45:122 OR RESID 238:329 ) )	B	45 - 122
7	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND ( RESID 45:122 OR RESID 238:329 ) )	B	238 - 329
8	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 742:994 )	B	742 - 994
9	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND ( RESID 1:44 OR RESID 123:237 ) )	B	1 - 44
10	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND ( RESID 1:44 OR RESID 123:237 ) )	B	123 - 237

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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