PDB-3n4v: apo APH(2")-IVa form III

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n4v

タイトル

apo APH(2")-IVa form III

要素

APH(2'')-Id

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / aminoglycoside / phosphotransferase / resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus casseliflavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Smith, C.A. / Toth, M. / Frase, H. / Vakulenko, S.B.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and kinetic mechanism of aminoglycoside phosphotransferase-2''-IVa.
著者: Toth, M. / Frase, H. / Antunes, N.T. / Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.

履歴

登録	2010年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n4v.cif.gz	257.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n4v.ent.gz	211.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n4v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/3n4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/3n4v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3n4tC 3n4uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c4l-2 4dbx-d 6nhk-1 5yez-2 6yfv-2 5axi-2 6cgg-3 6cav-3 4r6e-4 3o61-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: APH(2'')-Id

B: APH(2'')-Id

70.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: APH(2'')-Id

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: APH(2'')-Id

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.966, 65.119, 78.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.68, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	APH(2'')-Id 分子量: 35325.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア) 遺伝子: aph(2'')-Id / 参照: UniProt: O68183
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.2 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→42.183 Å / Num. all: 28901 / Num. obs: 28901 / % possible obs: 95.6 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / R_merge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 72

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→42.183 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2631	1417	5.07 %
R_work	0.1929	-	-
obs	0.1965	27974	92.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 27.362 Å² / k_sol: 0.302 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.3301 Å²	-0 Å²	-2.5078 Å²
2-	-	-6.6972 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.3672 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.183 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4916	0	0	216	5132

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5063
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.153	6835
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.888	1897
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	723
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	886

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4858	0.3456	77	0.2395	1464	X-RAY DIFFRACTION	51
2.4858-2.5853	0.3134	116	0.2481	2202	X-RAY DIFFRACTION	78
2.5853-2.7029	0.3339	137	0.2447	2806	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7029-2.8454	0.3482	160	0.2452	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8454-3.0236	0.2906	151	0.224	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0236-3.257	0.2901	169	0.2176	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
3.257-3.5846	0.2937	165	0.1908	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5846-4.103	0.2396	129	0.1503	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
4.103-5.1678	0.1697	149	0.1229	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1678-42.1891	0.2084	164	0.1629	2947	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5704	-1.435	-0.5034	2.7492	-0.3994	0.6961	-0.1911	0.1512	-0.0528	0.1683	0.127	0.1294	0.0681	-0.0346	0.0464	0.141	-0.0274	0.0286	0.1507	-0.0187	0.0666	-8.1246	1.4053	50.7228
2	0.4361	0.0709	0.7543	0.8912	-0.0332	1.3407	-0.0255	-0.0113	-0.1173	0.0282	0.0676	-0.0751	0.0275	0.1738	0.0216	0.1128	0.0185	-0.0456	0.2271	-0.004	0.2368	12.3081	0.7398	40.8312
3	1.6304	-1.0727	0.1341	0.9982	-0.578	0.7677	0.3697	0.1495	-0.3655	-0.6576	-0.0763	0.0984	0.3761	-0.0322	-0.2304	0.3215	-0.0227	-0.0854	0.1679	-0.0637	0.2142	-4.5027	-4.3799	16.1396
4	0.0676	0.1786	0.2742	0.8394	0.2831	1.6406	-0.0526	-0.0098	-0.1306	0.0035	0.0907	-0.0252	-0.1237	-0.0185	-0.0005	0.0993	0.0041	-0.017	0.1646	0.0128	0.1837	11.2237	2.3163	37.3266
5	0.8278	0.0216	0.2592	0.1456	0.1315	1.0347	-0.0105	0.1478	0.2222	-0.3206	0.0741	-0.1317	-0.4572	0.1539	0.062	0.3278	0.0354	-0.0556	0.1844	0.0488	0.2094	-2.244	5.022	22.657
6	1.1842	-0.067	0.5231	2.1147	1.0422	1.1439	0.0997	-0.1003	-0.0257	0.1036	-0.2061	-0.1819	0.0782	0.0575	0.0782	0.0851	-0.0123	0.0056	0.1653	0.0651	0.1596	49.1747	15.4374	80.6995
7	1.1003	-0.4452	-0.122	1.3809	0.0736	0.1289	0.1184	0.1318	0.0086	-0.2981	-0.008	0.0518	0.1067	-0.0874	-0.04	0.2993	0.0197	0.0253	0.2462	0.0019	0.112	32.5403	14.189	65.2985
8	0.2982	-0.385	-0.0196	0.5522	0.2201	0.5402	-0.0743	-0.1109	-0.2428	0.3335	-0.1342	0.3947	0.4674	-0.0639	0.2064	0.3808	-0.0322	0.2116	0.1717	-0.0121	0.4454	15.8461	9.8207	89.8651
9	1.5844	0.2866	-0.4106	1.3616	-0.8871	0.6725	0.0851	-0.0953	0.1886	0.0347	-0.1171	0.1284	-0.0827	-0.0687	0.0242	0.1654	0.0554	-0.0278	0.1769	-0.0173	0.1292	29.6278	16.1688	67.4867
10	1.1996	-0.7815	0.2201	0.8587	0.2564	0.451	0.2009	-0.0063	0.0686	0.2851	-0.1264	0.2876	-0.0034	-0.1473	-0.0959	0.2524	0.0229	0.1103	0.1867	-0.0367	0.2888	20.8474	19.3635	85.1466

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 1:99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 100:145
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 146:189
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 190:255
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 256:298
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 1:99
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and resid 100:145
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resid 146:189
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain B and resid 190:255
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and resid 256:298

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